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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4idx | ||||||
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Title | hexameric crystal structure of Schmallenberg virus nucleoprotein | ||||||
![]() | Nucleocapsid protein | ||||||
![]() | DNA BINDING PROTEIN / nucleoprotein / Protects genomic RNA / RNA replication and transcription / SBV nucleoprotein | ||||||
Function / homology | ![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Dong, H. / Dong, C. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structure of Schmallenberg orthobunyavirus nucleoprotein suggests a novel mechanism of genome encapsidation Authors: Dong, H. / Li, P. / Elliott, R.M. / Dong, C. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Data in XML | ![]() | 28.5 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 37.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4iduSC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: _ / Refine code: _
NCS ensembles :
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Components
#1: Protein | Mass: 26208.291 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.18 Å3/Da / Density % sol: 61.31 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: 0.075M Tris, 1.5M ammonium sulphate, 25% glycerol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 273 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 4r / Detector: CCD / Date: Jun 20, 2012 |
Radiation | Monochromator: Graphite / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9919 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.21→49.94 Å / Num. all: 16505 / Num. obs: 16400 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 2.08 / Observed criterion σ(I): 2.5 / Redundancy: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 60 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rsym value: 0.072 / Net I/σ(I): 2 |
Reflection shell | Resolution: 3.21→3.28 Å / Redundancy: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.683 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 1080 / Rsym value: 0.683 / % possible all: 99.9 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4IDU Resolution: 3.21→49.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.837 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.741 / SU B: 108.953 / SU ML: 0.735 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.145 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 92.028 Å2
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Refine analyze |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.21→49.94 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Type: interatomic distance / Weight position: 0.05
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LS refinement shell | Resolution: 3.21→3.291 Å / Rfactor Rfree error: 0.05 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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