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Yorodumi- PDB-6eay: Structural Basis for Broad Neutralization of Ebolaviruses by an A... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6eay | |||||||||
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Title | Structural Basis for Broad Neutralization of Ebolaviruses by an Antibody Targeting the Glycoprotein Fusion Loop | |||||||||
Components |
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Keywords | VIRAL PROTEIN / ebolavirus / glycoprotein / cross-protective antibody / broadly neutralizing antibody / CA45 / fusion loop / cross-reactive / filovirus | |||||||||
Function / homology | Function and homology information host cell endoplasmic reticulum / viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / suppression by virus of host tetherin activity / host cell cytoplasm / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / symbiont entry into host cell / membrane raft / fusion of virus membrane with host endosome membrane ...host cell endoplasmic reticulum / viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / suppression by virus of host tetherin activity / host cell cytoplasm / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / symbiont entry into host cell / membrane raft / fusion of virus membrane with host endosome membrane / lipid binding / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / extracellular region / identical protein binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Macaca fascicularis (crab-eating macaque) Zaire ebolavirus | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.72 Å | |||||||||
Authors | Janus, B.M. / Ofek, G. | |||||||||
Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2018 Title: Structural basis for broad neutralization of ebolaviruses by an antibody targeting the glycoprotein fusion loop. Authors: Janus, B.M. / van Dyk, N. / Zhao, X. / A Howell, K. / Soto, C. / Aman, M.J. / Li, Y. / Fuerst, T.R. / Ofek, G. | |||||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6eay.cif.gz | 299.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6eay.ent.gz | 239.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6eay.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6eay_validation.pdf.gz | 823 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6eay_full_validation.pdf.gz | 825.4 KB | Display | |
Data in XML | 6eay_validation.xml.gz | 26.5 KB | Display | |
Data in CIF | 6eay_validation.cif.gz | 35.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ea/6eay ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ea/6eay | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 2 types, 2 molecules AB
#3: Protein | Mass: 18636.875 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Zaire ebolavirus (strain Mayinga-76) / Strain: Mayinga-76 / Gene: GP / Cell line (production host): HEK293S GNTI-/- / Production host: Homo sapiens (human) / References: UniProt: Q05320 |
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#4: Protein | Mass: 35319.570 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Zaire ebolavirus (strain Mayinga-76) / Strain: Mayinga-76 / Gene: GP / Cell line (production host): HEK293S GNTI-/- / Production host: Homo sapiens (human) / References: UniProt: Q05320 |
-Antibody , 2 types, 2 molecules LH
#1: Antibody | Mass: 23291.760 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Macaca fascicularis (crab-eating macaque) Cell: B cell / Cell line (production host): HEK 293F / Production host: Homo sapiens (human) |
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#2: Antibody | Mass: 25169.197 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Macaca fascicularis (crab-eating macaque) Cell: B cell / Cell line (production host): HEK 293F / Production host: Homo sapiens (human) |
-Sugars , 2 types, 3 molecules
#5: Polysaccharide | alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source |
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#6: Sugar |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.71 Å3/Da / Density % sol: 73.46 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6 / Details: 1M Potassium Sodium Tartrate, 0.1M MES pH 6.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-ID / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: RAYONIX MX300-HS / Detector: CCD / Date: Nov 27, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.72→76.71 Å / Num. obs: 14037 / % possible obs: 87.2 % / Redundancy: 9.8 % / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.181 / Rpim(I) all: 0.054 / Net I/σ(I): 9.9 |
Reflection shell | Resolution: 3.72→4.07 Å / Redundancy: 9.7 % / Rmerge(I) obs: 0.589 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique obs: 1402 / CC1/2: 0.859 / Rpim(I) all: 0.176 / % possible all: 88.5 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5JQ3, 3Q6G Resolution: 3.72→45.128 Å / SU ML: 0.47 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 31.98 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.72→45.128 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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