PDB-6e9i: The crystal structure of bovine ultralong antibody BOV-4

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6e9i

タイトル

The crystal structure of bovine ultralong antibody BOV-4

要素

Bovine ultralong antibody BOV-4 heavy chain
Bovine ultralong antibody BOV-4 light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / B-lymphocytes / antigen-antibody reactions / antibodies / monoclonal / antibody diversity / Bos taurus

機能・相同性

機能・相同性情報

immunoglobulin complex / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Dong, J. / Crowe, J.E.

引用

ジャーナル: Front Immunol / 年: 2019
タイトル: Structural Diversity of Ultralong CDRH3s in Seven Bovine Antibody Heavy Chains.
著者: Dong, J. / Finn, J.A. / Larsen, P.A. / Smith, T.P.L. / Crowe Jr., J.E.

履歴

登録	2018年8月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年5月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年5月8日	Group: Data collection / Derived calculations カテゴリ: pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop Item: _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.value
改定 1.2	2024年10月23日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6e9i.cif.gz	536.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6e9i.ent.gz	443.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6e9i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e9/6e9i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e9/6e9i	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6e8vC 6e9gC 6e9hC 6e9kC 6e9qC 6e9uC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5oyj-d 2rcy-d 3vdx-d 6lhm-d 6n44-d 3qs1-d 3g5g-d 6xp3-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (2) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Bovine ultralong antibody BOV-4 heavy chain

B: Bovine ultralong antibody BOV-4 light chain

C: Bovine ultralong antibody BOV-4 heavy chain

D: Bovine ultralong antibody BOV-4 light chain

H: Bovine ultralong antibody BOV-4 heavy chain

L: Bovine ultralong antibody BOV-4 light chain

153 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Bovine ultralong antibody BOV-4 heavy chain

B: Bovine ultralong antibody BOV-4 light chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
51.1 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Bovine ultralong antibody BOV-4 heavy chain

D: Bovine ultralong antibody BOV-4 light chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
51.1 kDa, 2 ポリマー
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3

H: Bovine ultralong antibody BOV-4 heavy chain

L: Bovine ultralong antibody BOV-4 light chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
51.1 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	148.547, 148.547, 165.443
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: 抗体	Bovine ultralong antibody BOV-4 heavy chain 分子量: 28581.701 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	Bovine ultralong antibody BOV-4 light chain 分子量: 22549.596 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: IGL@ / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q3T101
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 327 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.19 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸発脱水法詳細: 30% PEG 1000, 0.1 M sodium malonate pH 8.0, 0.1 M Tris-HCl pH 8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→46.65 Å / Num. obs: 66205 / % possible obs: 90.1 % / 冗長度: 6.3 % / R_merge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 20.3
反射シェル	解像度: 2.5→2.64 Å / R_merge(I) obs: 0.456 / Num. unique all: 9588

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.14_3211: ???)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.5→41.867 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.44 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2431	3357	5.08 %
R_work	0.2024	-	-
obs	0.2044	66135	90.26 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→41.867 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10392	0	0	327	10719

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	10636
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.597	14521
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	8.672	6284
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	1683
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1842

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.5357	0.3727	129	0.2925	2602	X-RAY DIFFRACTION	91
2.5357-2.5736	0.3618	143	0.2868	2613	X-RAY DIFFRACTION	91
2.5736-2.6138	0.3666	157	0.2832	2555	X-RAY DIFFRACTION	90
2.6138-2.6566	0.2983	124	0.2713	2612	X-RAY DIFFRACTION	90
2.6566-2.7024	0.3483	126	0.2532	2607	X-RAY DIFFRACTION	90
2.7024-2.7516	0.2977	146	0.2461	2575	X-RAY DIFFRACTION	90
2.7516-2.8045	0.3274	161	0.2636	2569	X-RAY DIFFRACTION	90
2.8045-2.8617	0.3151	148	0.2525	2587	X-RAY DIFFRACTION	90
2.8617-2.9239	0.2856	155	0.259	2573	X-RAY DIFFRACTION	90
2.9239-2.9919	0.337	122	0.2629	2593	X-RAY DIFFRACTION	90
2.9919-3.0667	0.3408	121	0.2653	2618	X-RAY DIFFRACTION	90
3.0667-3.1496	0.3005	124	0.2562	2628	X-RAY DIFFRACTION	90
3.1496-3.2423	0.3045	155	0.2489	2567	X-RAY DIFFRACTION	90
3.2423-3.3469	0.2426	146	0.2289	2595	X-RAY DIFFRACTION	90
3.3469-3.4664	0.3091	114	0.2196	2672	X-RAY DIFFRACTION	91
3.4664-3.6051	0.2413	149	0.2097	2598	X-RAY DIFFRACTION	90
3.6051-3.7691	0.2099	143	0.1994	2646	X-RAY DIFFRACTION	91
3.7691-3.9677	0.2393	147	0.1854	2608	X-RAY DIFFRACTION	91
3.9677-4.2161	0.1894	128	0.1689	2668	X-RAY DIFFRACTION	91
4.2161-4.5412	0.1949	155	0.1517	2631	X-RAY DIFFRACTION	91
4.5412-4.9976	0.172	155	0.1444	2647	X-RAY DIFFRACTION	91
4.9976-5.7192	0.2183	141	0.1605	2658	X-RAY DIFFRACTION	90
5.7192-7.1996	0.2132	142	0.1828	2662	X-RAY DIFFRACTION	90
7.1996-41.8726	0.1764	126	0.1675	2694	X-RAY DIFFRACTION	87

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 21.2497 Å / Origin y: -44.1533 Å / Origin z: 19.1446 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.3137 Å²	0.0427 Å²	0.0044 Å²	-	0.4038 Å²	0.0714 Å²	-	-	0.3919 Å²
L	-0.0833 °²	-0.0772 °²	0.1447 °²	-	0.5469 °²	-0.4037 °²	-	-	0.4503 °²
S	-0.0749 Å °	-0.0071 Å °	0.0203 Å °	0.1715 Å °	-0.0432 Å °	-0.1346 Å °	-0.1105 Å °	0.1135 Å °	0.0874 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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