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Yorodumi- PDB-5oyj: Crystal structure of VEGFR-2 domains 4-5 in complex with DARPin D4b -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5oyj | |||||||||
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Title | Crystal structure of VEGFR-2 domains 4-5 in complex with DARPin D4b | |||||||||
Components |
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Keywords | SIGNALING PROTEIN / glycoprotein receptor kinase designed ankyrin repeat protein angiogenesis | |||||||||
Function / homology | Function and homology information blood vessel endothelial cell differentiation / cellular response to hydrogen sulfide / regulation of bone development / regulation of hematopoietic progenitor cell differentiation / Signaling by membrane-tethered fusions of PDGFRA or PDGFRB / endothelium development / Neurophilin interactions with VEGF and VEGFR / vascular endothelial growth factor binding / positive regulation of endothelial cell chemotaxis by VEGF-activated vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / vascular endothelial growth factor receptor-2 signaling pathway ...blood vessel endothelial cell differentiation / cellular response to hydrogen sulfide / regulation of bone development / regulation of hematopoietic progenitor cell differentiation / Signaling by membrane-tethered fusions of PDGFRA or PDGFRB / endothelium development / Neurophilin interactions with VEGF and VEGFR / vascular endothelial growth factor binding / positive regulation of endothelial cell chemotaxis by VEGF-activated vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / vascular endothelial growth factor receptor-2 signaling pathway / VEGF binds to VEGFR leading to receptor dimerization / endocardium development / vascular wound healing / vascular endothelial growth factor receptor activity / post-embryonic camera-type eye morphogenesis / endothelial cell differentiation / mesenchymal cell proliferation / lymph vessel development / positive regulation of vasculogenesis / positive regulation of BMP signaling pathway / surfactant homeostasis / epithelial cell maturation / anchoring junction / cell migration involved in sprouting angiogenesis / positive regulation of positive chemotaxis / vascular endothelial growth factor signaling pathway / embryonic hemopoiesis / positive regulation of mesenchymal cell proliferation / positive regulation of mitochondrial depolarization / positive regulation of mitochondrial fission / branching involved in blood vessel morphogenesis / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / lung alveolus development / positive regulation of stem cell proliferation / positive regulation of nitric-oxide synthase biosynthetic process / growth factor binding / sorting endosome / positive regulation of focal adhesion assembly / regulation of MAPK cascade / semaphorin-plexin signaling pathway / positive regulation of macroautophagy / : / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / calcium ion homeostasis / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / cell fate commitment / vasculogenesis / Integrin cell surface interactions / coreceptor activity / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / peptidyl-tyrosine autophosphorylation / ovarian follicle development / positive regulation of endothelial cell proliferation / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / positive regulation of endothelial cell migration / VEGFR2 mediated cell proliferation / epithelial cell proliferation / stem cell proliferation / Hsp90 protein binding / receptor protein-tyrosine kinase / VEGFA-VEGFR2 Pathway / peptidyl-tyrosine phosphorylation / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / positive regulation of angiogenesis / cell migration / integrin binding / cell junction / regulation of cell shape / angiogenesis / protein tyrosine kinase activity / negative regulation of neuron apoptotic process / positive regulation of MAPK cascade / protein autophosphorylation / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / early endosome / receptor complex / endosome / positive regulation of cell migration / cadherin binding / positive regulation of protein phosphorylation / membrane raft / external side of plasma membrane / negative regulation of gene expression / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / extracellular region / ATP binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | synthetic construct (others) Homo sapiens (human) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.38 Å | |||||||||
Authors | Piscitelli, C.L. / Thieltges, K.M. / Markovic-Mueller, S. / Binz, H.K. / Ballmer-Hofer, K. | |||||||||
Funding support | Switzerland, 1items
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Citation | Journal: Angiogenesis / Year: 2018 Title: Characterization of a drug-targetable allosteric site regulating vascular endothelial growth factor signaling. Authors: Thieltges, K.M. / Avramovic, D. / Piscitelli, C.L. / Markovic-Mueller, S. / Binz, H.K. / Ballmer-Hofer, K. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5oyj.cif.gz | 331 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5oyj.ent.gz | 271.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5oyj.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oy/5oyj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oy/5oyj | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
-Protein , 2 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 18339.438 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) synthetic construct (others) / Production host: Escherichia coli BL21 (bacteria) #2: Protein | Mass: 26253.711 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: KDR, FLK1, VEGFR2 / Cell line (production host): HEK-293 EBNA / Production host: Homo sapiens (human) References: UniProt: P35968, receptor protein-tyrosine kinase |
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-Sugars , 2 types, 10 molecules
#3: Polysaccharide | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source #4: Polysaccharide | |
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-Non-polymers , 5 types, 277 molecules
#5: Chemical | ChemComp-CA / #6: Chemical | ChemComp-NA / | #7: Chemical | ChemComp-CAC / | #8: Chemical | ChemComp-ACT / | #9: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.64 Å3/Da / Density % sol: 66.25 % |
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Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.4 Details: 0.2 M calcium acetate monohydrate, 15% PEG 4000, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.4, cryoprotected with 15% trehalose |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06SA / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: May 28, 2016 |
Radiation | Monochromator: SI(111) MONOCHROMATOR / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.38→55.9 Å / Num. obs: 52035 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 13.2 % / Biso Wilson estimate: 50.83 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.136 / Rpim(I) all: 0.038 / Net I/σ(I): 10.7 |
Reflection shell | Resolution: 2.38→2.44 Å / Redundancy: 13 % / Rmerge(I) obs: 2.37 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 3808 / CC1/2: 0.675 / Rpim(I) all: 0.68 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4BSJ, 2QYJ Resolution: 2.38→38.749 Å / SU ML: 0.36 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 25.46
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.38→38.749 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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