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- PDB-5hnm: Crystal structure of vancomycin resistance D,D-pentapeptidase Van... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5hnm | ||||||
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Title | Crystal structure of vancomycin resistance D,D-pentapeptidase VanY E175A mutant from VanB-type resistance cassette in complex with Zn(II) | ||||||
![]() | D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase | ||||||
![]() | HYDROLASE / CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS OF INFECTIOUS DISEASES / CSGID / NATIONAL INSTITUTE OF ALLERGY AND INFECTIOUS DISEASES / NIAID / ALPHA+BETA PROTEIN / METALLOPEPTIDASE / HEDGEHOG/DD-PEPTIDASE FOLD / MEROPS M15B SUBFAMILY / ZN2+-DEPENDENT / VANCOMYCIN RESISTANCE / ANTIBIOTIC RESISTANCE | ||||||
Function / homology | ![]() Hydrolases; Acting on peptide bonds (peptidases); Metallocarboxypeptidases / peptidoglycan biosynthetic process / carboxypeptidase activity / cell wall organization / regulation of cell shape / response to antibiotic / proteolysis / metal ion binding / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Stogios, P.J. / Chun, J. / Wawrzak, Z. / Evdokimova, E. / Di Leo, R. / Yim, V. / Courvalin, P. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
![]() | ![]() Title: To be published Authors: Stogios, P.J. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDB format | ![]() | 380.6 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 498.8 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 44.3 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 61.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4murS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 22385.615 Da / Num. of mol.: 6 / Fragment: UNP residues 72-268 / Mutation: E175A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: ATCC 700802 / V583 / Gene: vanYB, EF_2297 / Plasmid: p15Tv lic / Production host: ![]() ![]() References: UniProt: Q47746, serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase #2: Chemical | ChemComp-ZN / #3: Chemical | ChemComp-SO4 / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.56 Å3/Da / Density % sol: 51.96 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 1.5 M ammonium sulfate, 4% sucrose, 0.01 M magnesium chloride |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Aug 8, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.3→18.878 Å / Num. obs: 58200 / % possible obs: 98.3 % / Redundancy: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 8.3 |
Reflection shell | Resolution: 2.3→2.42 Å / Redundancy: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.412 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 97.7 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4MUR Resolution: 2.3→18.878 Å / SU ML: 0.34 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / Phase error: 30.38 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→18.878 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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