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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6e6o | ||||||
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タイトル | Pheromone from Euplotes raikovi, Er-1 | ||||||
![]() | Mating pheromone Er-1/Er-3 | ||||||
![]() | SIGNALING PROTEIN / PHEROMONE | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Finke, A.D. / Marsh, M.E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Ab initio crystal structure determination of Euplotes raikovi pheromones from high-resolution data 著者: Finke, A.D. / Pedrini, B. / Alimenti, C. / Vallesi, A. / Luporini, P. / Marsh, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 26 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 19.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 416.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 416.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 4.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4417.881 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 16.31 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 3.5 詳細: 0.1 M to 0.2 M (NH4)2SO4, 0.05 M Na Citrate pH 3.5 and 6% (v/v) ethanol, using 5-ul protein drops and 5 ul of reservoir solution |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.6192 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 0.7→25.02 Å / Num. obs: 39777 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 12.3 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.09503 / Net I/σ(I): 9.41 |
反射 シェル | 解像度: 0.7→0.725 Å / Rmerge(I) obs: 1.63 / CC1/2: 0.447 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 0.7→25.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.98 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.973 / SU B: 0.43 / SU ML: 0.013 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.012 / ESU R Free: 0.013 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.6 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 7.895 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 0.7→25.02 Å
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拘束条件 |
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