PDB-2mxq: The solution structure of DEFA1, a highly potent antimicrobial pe...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2mxq

タイトル

The solution structure of DEFA1, a highly potent antimicrobial peptide from the horse

要素

Paneth cell-specific alpha-defensin 1

キーワード

ANTIMICROBIAL PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

disruption of plasma membrane integrity in another organism / innate immune response in mucosa / phospholipid binding / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / antibacterial humoral response / cellular response to lipopolysaccharide / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / extracellular space
類似検索 - 分子機能

生物種

Equus caballus (ウマ)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics

Model details

lowest energy, model1

データ登録者

Jung, S. / Michalek, M. / Shomali, M. / Soennichsen, F.D.

引用

ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2015
タイトル: Solution structure and functional studies of the highly potent equine antimicrobial peptide DEFA1.
著者: Michalek, M. / Jung, S. / Shomali, M.R. / Cauchard, S. / Sonnichsen, F.D. / Grotzinger, J.

履歴

登録	2015年1月12日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年4月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月14日	Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2mxq.cif.gz	129.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2mxq.ent.gz	107.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2mxq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2mxq_validation.pdf.gz	454.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2mxq_full_validation.pdf.gz	564.4 KB	表示
XML形式データ	2mxq_validation.xml.gz	22.5 KB	表示
CIF形式データ	2mxq_validation.cif.gz	20.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mx/2mxq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mx/2mxq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6ay7-2 1wr4-d 4znf-d 2k4u-d 1la4-d 3tjw-1 1vzm-2 1c49-d 1sco-d 1wy4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 25424

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#162 - 2013年6月ダームシジン (Dermcidin) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Paneth cell-specific alpha-defensin 1

4.09 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	10 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	Paneth cell-specific alpha-defensin 1 分子量: 4086.807 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 65-98 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Equus caballus (ウマ) / 参照: UniProt: A6YB85
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-1H NOESY
1	2	1	2D 1H-1H TOCSY

-
試料調製

詳細	内容: 0.5 mM protein, 93% H2O/7% D2O / 溶媒系: 93% H2O/7% D2O
試料	濃度: 0.5 mM / 構成要素: entity-1
試料状態	イオン強度: 0.02 / pH: 5.7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AMX / 製造業者: Bruker / モデル: AMX / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software	名称: CYANA / 開発者: Guntert P. / 分類: 精密化
精密化	手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造	選択基準: lowest energy
NMRアンサンブル	コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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