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- PDB-6e4y: Anti-PCSK9 fab 6E2 bound to the N-terminal peptide from PCSK9, un... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6e4y
タイトルAnti-PCSK9 fab 6E2 bound to the N-terminal peptide from PCSK9, unmodified
要素
  • 6E2 heavy chain
  • 6E2 light chain
  • Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9
キーワードIMMUNE SYSTEM / Antibody / Hydrolase / PCSK9 / FAB complex
機能・相同性
機能・相同性情報


low-density lipoprotein particle receptor catabolic process / negative regulation of receptor-mediated endocytosis involved in cholesterol transport / extrinsic component of external side of plasma membrane / negative regulation of sodium ion import across plasma membrane / PCSK9-LDLR complex / PCSK9-AnxA2 complex / negative regulation of receptor recycling / apolipoprotein receptor binding / very-low-density lipoprotein particle binding / low-density lipoprotein particle binding ...low-density lipoprotein particle receptor catabolic process / negative regulation of receptor-mediated endocytosis involved in cholesterol transport / extrinsic component of external side of plasma membrane / negative regulation of sodium ion import across plasma membrane / PCSK9-LDLR complex / PCSK9-AnxA2 complex / negative regulation of receptor recycling / apolipoprotein receptor binding / very-low-density lipoprotein particle binding / low-density lipoprotein particle binding / positive regulation of low-density lipoprotein particle receptor catabolic process / LDL clearance / lipoprotein metabolic process / very-low-density lipoprotein particle receptor binding / negative regulation of receptor internalization / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / sodium channel inhibitor activity / endolysosome membrane / negative regulation of low-density lipoprotein particle clearance / signaling receptor inhibitor activity / lysosomal transport / triglyceride metabolic process / low-density lipoprotein particle receptor binding / protein autoprocessing / positive regulation of receptor internalization / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / apolipoprotein binding / cholesterol metabolic process / regulation of neuron apoptotic process / phospholipid metabolic process / neurogenesis / VLDLR internalisation and degradation / cholesterol homeostasis / cellular response to starvation / Post-translational protein phosphorylation / kidney development / liver development / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / cellular response to insulin stimulus / neuron differentiation / late endosome / positive regulation of neuron apoptotic process / early endosome / lysosome / endoplasmic reticulum lumen / lysosomal membrane / serine-type endopeptidase activity / apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / cell surface / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / extracellular space / RNA binding / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9, C-terminal domain 3 / Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9, C-terminal domain 2 / Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9, C-terminal domain 1 / Proprotein convertase subtilisin-like/kexin type 9 C-terminal domain / Proprotein convertase subtilisin-like/kexin type 9 C-terminal domain / Proprotein convertase subtilisin-like/kexin type 9 C-terminal domain / Proteinase K-like catalytic domain / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 / Peptidase inhibitor I9 / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 superfamily ...Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9, C-terminal domain 3 / Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9, C-terminal domain 2 / Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9, C-terminal domain 1 / Proprotein convertase subtilisin-like/kexin type 9 C-terminal domain / Proprotein convertase subtilisin-like/kexin type 9 C-terminal domain / Proprotein convertase subtilisin-like/kexin type 9 C-terminal domain / Proteinase K-like catalytic domain / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 / Peptidase inhibitor I9 / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 superfamily / : / : / Peptidase S8, subtilisin-related / Serine proteases, subtilase domain profile. / Peptidase S8/S53 domain superfamily / Subtilase family / Peptidase S8/S53 domain / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Anti-lox-1 15C4 light chain / Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.24 Å
データ登録者Ultsch, M.H. / Kirchhofer, D.K.
引用ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2019
タイトル: Identification of a Helical Segment within the Intrinsically Disordered Region of the PCSK9 Prodomain.
著者: Ultsch, M. / Li, W. / Eigenbrot, C. / Di Lello, P. / Lipari, M.T. / Gerhardy, S. / AhYoung, A.P. / Quinn, J. / Franke, Y. / Chen, Y. / Kong Beltran, M. / Peterson, A. / Kirchhofer, D.
履歴
登録2018年7月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: 6E2 heavy chain
L: 6E2 light chain
P: Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,0628
ポリマ－50,7653
非ポリマー2975
水2,396133
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: surface plasmon resonance
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5090 Å2
ΔGint-145 kcal/mol
Surface area20460 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)70.378, 100.527, 86.715
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11H-446-

HOH

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要素

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タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 P

#3: タンパク質・ペプチド Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9 / Neural apoptosis-regulated convertase 1 / NARC-1 / Proprotein convertase 9 / PC9 / Subtilisin/kexin- ...Neural apoptosis-regulated convertase 1 / NARC-1 / Proprotein convertase 9 / PC9 / Subtilisin/kexin-like protease PC9


分子量: 2468.516 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 32-53 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8NBP7

-
抗体 , 2種, 2分子 HL

#1: 抗体 6E2 heavy chain


分子量: 24255.182 Da / 分子数: 1 / 断片: Fab / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pBR322 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): 64B4
#2: 抗体 6E2 light chain


分子量: 24040.912 Da / 分子数: 1 / 断片: Fab / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pBR322 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): 64B4 / 参照: UniProt: A0A097PUG4

-
非ポリマー , 3種, 138分子

#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.29 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 15% w/v PEG8000, 0.2 M zinc acetate, 0.1 M sodium cacodylate, pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年9月18日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.24→50 Å / Num. obs: 30008 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 54.58 Å2 / CC1/2: 0.824 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.078 / Χ2: 1.001 / Net I/σ(I): 21
反射 シェル解像度: 2.24→2.33 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.683 / Mean I/σ(I) obs: 2.78 / Num. unique obs: 2967 / CC1/2: 0.824 / Rpim(I) all: 0.304 / Rrim(I) all: 0.749 / Χ2: 0.981 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.6精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1QYG

1qyg


解像度: 2.24→48.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.224 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.228 / SU Rfree Blow DPI: 0.196 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.196
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.255 960 3.2 %RANDOM
Rwork0.212 ---
obs0.214 30008 99.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 70.65 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--11.7071 Å20 Å20 Å2
2--5.2765 Å20 Å2
3---6.4305 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.32 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.24→48.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3384 0 19 133 3536
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013477HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.24726HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1167SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes76HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes503HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3477HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd1SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.53
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.99
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion450SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3747SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.24→2.32 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.264 -2.72 %
Rwork0.236 2607 -
all0.237 2680 -
obs--92.47 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.3815-0.7817-0.37373.23990.15622.405-0.0566-0.2097-0.08320.54420.1189-0.35350.07130.0608-0.0623-0.0628-0.0464-0.1332-0.17960.0153-0.0166109.78913.099899.2534
24.8745-0.5122-2.79541.8195-1.02394.16390.0148-0.1898-0.09190.5442-0.0260.54420.5442-0.2550.01110.3040.02030.152-0.304-0.1201-0.30488.32889.0459125.204
34.4241-1.85290.44013.8354-0.01571.9011-0.1077-0.33340.54420.50530.0213-0.1947-0.4009-0.15910.0864-0.0474-0.0052-0.0341-0.2139-0.0278-0.036997.858832.169598.3219
42.4072-1.7481-0.66843.3627-1.68798.05530.0018-0.54420.04050.43110.33280.05650.1896-0.0011-0.33450.3040.00510.152-0.0946-0.0814-0.30487.967923.3714133.697
51.5836-2.9104-0.67714.2621-1.01132.4930.02760.17040.0669-0.24290.0661-0.086-0.1542-0.2485-0.0937-0.040.0327-0.00580.01670.08120.0078101.93520.362381.5505
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{H|1 - 114}
2X-RAY DIFFRACTION2{H|115 - 214}
3X-RAY DIFFRACTION3{L|1 - 107}
4X-RAY DIFFRACTION4{L|108 - 213}
5X-RAY DIFFRACTION5{P|35 - 48}

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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