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- PDB-6e4l: The structure of the N-terminal domain of human clathrin heavy ch... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6e4l
タイトルThe structure of the N-terminal domain of human clathrin heavy chain 1 (nTD) in complex with ES9
要素Clathrin heavy chain 1
キーワードENDOCYTOSIS / Clathrin-mediated endocytosis (CME) / Clathrin N-terminal domain (nTD) / chemical inhibition
機能・相同性
機能・相同性情報


clathrin coat of trans-Golgi network vesicle / clathrin coat / clathrin light chain binding / negative regulation of hyaluronan biosynthetic process / clathrin complex / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / Entry of Influenza Virion into Host Cell via Endocytosis / amyloid-beta clearance by transcytosis / clathrin coat of coated pit ...clathrin coat of trans-Golgi network vesicle / clathrin coat / clathrin light chain binding / negative regulation of hyaluronan biosynthetic process / clathrin complex / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / Entry of Influenza Virion into Host Cell via Endocytosis / amyloid-beta clearance by transcytosis / clathrin coat of coated pit / transferrin transport / clathrin coat assembly / clathrin coat disassembly / Retrograde neurotrophin signalling / clathrin-coated endocytic vesicle / mitotic spindle microtubule / LDL clearance / Formation of annular gap junctions / Gap junction degradation / clathrin-dependent endocytosis / ALK mutants bind TKIs / endolysosome membrane / retrograde transport, endosome to Golgi / clathrin-coated vesicle / low-density lipoprotein particle receptor binding / Lysosome Vesicle Biogenesis / RHOV GTPase cycle / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / ubiquitin-specific protease binding / Recycling pathway of L1 / RHOU GTPase cycle / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / negative regulation of protein localization to plasma membrane / MHC class II antigen presentation / receptor-mediated endocytosis / regulation of mitotic spindle organization / VLDLR internalisation and degradation / trans-Golgi network membrane / intracellular protein transport / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / receptor internalization / autophagy / centriolar satellite / spindle / osteoblast differentiation / disordered domain specific binding / mitotic spindle / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / melanosome / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / extracellular vesicle / mitotic cell cycle / double-stranded RNA binding / Clathrin-mediated endocytosis / lysosome / endosome / cell division / focal adhesion / intracellular membrane-bounded organelle / protein kinase binding / structural molecule activity / protein-containing complex / RNA binding / extracellular exosome / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Clathrin heavy-chain terminal domain / Clathrin, heavy chain, linker, core motif / Clathrin heavy chain, N-terminal / Clathrin, heavy chain / Clathrin, heavy chain, propeller repeat / : / Region in Clathrin and VPS / Clathrin propeller repeat / Clathrin, heavy-chain linker / Clathrin-H-link ...Clathrin heavy-chain terminal domain / Clathrin, heavy chain, linker, core motif / Clathrin heavy chain, N-terminal / Clathrin, heavy chain / Clathrin, heavy chain, propeller repeat / : / Region in Clathrin and VPS / Clathrin propeller repeat / Clathrin, heavy-chain linker / Clathrin-H-link / Clathrin heavy chain repeat homology / Clathrin, heavy chain/VPS, 7-fold repeat / Clathrin heavy-chain (CHCR) repeat profile. / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Armadillo-type fold / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / 5-bromo-N-(4-nitrophenyl)thiophene-2-sulfonamide / Clathrin heavy chain 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Dejonghe, W. / Sharma, I. / Denoo, B. / Munck, S.D. / Bulut, H. / Mylle, E. / Vasileva, M. / Lu, Q. / Savatin, D.V. / Mishev, K. ...Dejonghe, W. / Sharma, I. / Denoo, B. / Munck, S.D. / Bulut, H. / Mylle, E. / Vasileva, M. / Lu, Q. / Savatin, D.V. / Mishev, K. / Nerinckx, W. / Staes, A. / Drozdzecki, A. / Audenaert, D. / Madder, A. / Friml, J. / Damme, D.V. / Gevaert, K. / Haucke, V. / Savvides, S. / Winne, J. / Russinova, E.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2019
タイトル: Disruption of endocytosis through chemical inhibition of clathrin heavy chain function.
著者: Dejonghe, W. / Sharma, I. / Denoo, B. / De Munck, S. / Lu, Q. / Mishev, K. / Bulut, H. / Mylle, E. / De Rycke, R. / Vasileva, M. / Savatin, D.V. / Nerinckx, W. / Staes, A. / Drozdzecki, A. / ...著者: Dejonghe, W. / Sharma, I. / Denoo, B. / De Munck, S. / Lu, Q. / Mishev, K. / Bulut, H. / Mylle, E. / De Rycke, R. / Vasileva, M. / Savatin, D.V. / Nerinckx, W. / Staes, A. / Drozdzecki, A. / Audenaert, D. / Yperman, K. / Madder, A. / Friml, J. / Van Damme, D. / Gevaert, K. / Haucke, V. / Savvides, S.N. / Winne, J. / Russinova, E.
履歴
登録2018年7月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22019年5月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月11日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Clathrin heavy chain 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,97410
ポリマ－41,0611
非ポリマー9139
水3,243180
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1740 Å2
ΔGint10 kcal/mol
Surface area16530 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)71.210, 74.340, 84.230
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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抗体 , 1種, 1分子 A

#1: 抗体 Clathrin heavy chain 1 / Clathrin heavy chain on chromosome 17 / CLH-17


分子量: 41061.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CLTC, CLH17, CLTCL2, KIAA0034 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q00610

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非ポリマー , 6種, 189分子

#2: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 化合物 ChemComp-HRS / 5-bromo-N-(4-nitrophenyl)thiophene-2-sulfonamide


分子量: 363.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H7BrN2O4S2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 180 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.69 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 20% PEG 3350, 150 MM POTASSIUM ACETATE, 0.1 M TRIS, pH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年8月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→51.424 Å / Num. obs: 58329 / % possible obs: 97.75 % / 冗長度: 4.3 % / Net I/σ(I): 17.53
反射 シェル解像度: 1.6→1.657 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4G55

4g55


解像度: 1.6→51.424 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.93
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2143 2014 3.45 %
Rwork0.1879 --
obs0.1888 58324 97.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→51.424 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2803 0 53 180 3036
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082945
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9083990
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.881776
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058447
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005518
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6001-1.64010.33011410.29563714X-RAY DIFFRACTION92
1.6401-1.68440.31751380.27034026X-RAY DIFFRACTION98
1.6844-1.7340.29361340.24793977X-RAY DIFFRACTION98
1.734-1.790.26841440.2353962X-RAY DIFFRACTION98
1.79-1.85390.24961470.21434011X-RAY DIFFRACTION98
1.8539-1.92820.28221460.21134015X-RAY DIFFRACTION98
1.9282-2.01590.20351410.19363993X-RAY DIFFRACTION98
2.0159-2.12220.22891440.19163996X-RAY DIFFRACTION98
2.1222-2.25520.20081450.18034042X-RAY DIFFRACTION99
2.2552-2.42930.23411460.18484025X-RAY DIFFRACTION98
2.4293-2.67380.21491440.18654063X-RAY DIFFRACTION98
2.6738-3.06060.22361440.18754096X-RAY DIFFRACTION99
3.0606-3.85590.1971490.17674134X-RAY DIFFRACTION99
3.8559-51.45060.17341510.16524256X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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