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万見
- PDB-6e1p: Structure of AtTPC1(DDE) in state 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6e1p
タイトルStructure of AtTPC1(DDE) in state 2
要素Two pore calcium channel protein 1
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Two-pore channel
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of jasmonic acid biosynthetic process / seed germination / regulation of stomatal movement / plant-type vacuole / vacuole / vacuolar membrane / monoatomic ion channel complex / voltage-gated calcium channel activity / calcium-mediated signaling / calcium ion transport ...regulation of jasmonic acid biosynthetic process / seed germination / regulation of stomatal movement / plant-type vacuole / vacuole / vacuolar membrane / monoatomic ion channel complex / voltage-gated calcium channel activity / calcium-mediated signaling / calcium ion transport / calcium ion binding / Golgi apparatus / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Two pore calcium channel protein 1, plant / Voltage-dependent channel domain superfamily / EF-hand, calcium binding motif / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / Ion transport domain / Ion transport protein / EF-hand domain pair
類似検索 - ドメイン・相同性
PALMITIC ACID / Two pore calcium channel protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Kintzer, A.F. / Green, E.M. / Cheng, Y. / Stroud, R.M.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM24485 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM098672 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2018
タイトル: Structural basis for activation of voltage sensor domains in an ion channel TPC1.
著者: Alexander F Kintzer / Evan M Green / Pawel K Dominik / Michael Bridges / Jean-Paul Armache / Dawid Deneka / Sangwoo S Kim / Wayne Hubbell / Anthony A Kossiakoff / Yifan Cheng / Robert M Stroud /
要旨: Voltage-sensing domains (VSDs) couple changes in transmembrane electrical potential to conformational changes that regulate ion conductance through a central channel. Positively charged amino acids ...Voltage-sensing domains (VSDs) couple changes in transmembrane electrical potential to conformational changes that regulate ion conductance through a central channel. Positively charged amino acids inside each sensor cooperatively respond to changes in voltage. Our previous structure of a TPC1 channel captured an example of a resting-state VSD in an intact ion channel. To generate an activated-state VSD in the same channel we removed the luminal inhibitory Ca-binding site (Ca), which shifts voltage-dependent opening to more negative voltage and activation at 0 mV. Cryo-EM reveals two coexisting structures of the VSD, an intermediate state 1 that partially closes access to the cytoplasmic side but remains occluded on the luminal side and an intermediate activated state 2 in which the cytoplasmic solvent access to the gating charges closes, while luminal access partially opens. Activation can be thought of as moving a hydrophobic insulating region of the VSD from the external side to an alternate grouping on the internal side. This effectively moves the gating charges from the inside potential to that of the outside. Activation also requires binding of Ca to a cytoplasmic site (Ca). An X-ray structure with Ca removed and a near-atomic resolution cryo-EM structure with Ca removed define how dramatic conformational changes in the cytoplasmic domains may communicate with the VSD during activation. Together four structures provide a basis for understanding the voltage-dependent transition from resting to activated state, the tuning of VSD by thermodynamic stability, and this channel's requirement of cytoplasmic Ca ions for activation.
履歴
登録2018年7月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22019年12月18日Group: Author supporting evidence / Other / カテゴリ: atom_sites / pdbx_audit_support
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-8960
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Two pore calcium channel protein 1
B: Two pore calcium channel protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,39823
ポリマ－169,0942
非ポリマー4,30321
水362
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 Two pore calcium channel protein 1 / Calcium channel protein 1 / AtCCH1 / Fatty acid oxygenation up-regulated protein 2 / Voltage- ...Calcium channel protein 1 / AtCCH1 / Fatty acid oxygenation up-regulated protein 2 / Voltage-dependent calcium channel protein TPC1 / AtTPC1


分子量: 84547.203 Da / 分子数: 2 / 変異: D230N, D444N, Q518E / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: TPC1, CCH1, FOU2, At4g03560, F9H3.19, T5L23.5 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q94KI8
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸


分子量: 256.424 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: AtTPC1(DDE) / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: MULTIPLE SOURCES
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
緩衝液pH: 7.3
試料濃度: 0.8 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Sample reconstituted into saposin A.
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 20 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI POLARA 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 31000 X / 倍率（補正後）: 41132 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影平均露光時間: 0.2 sec. / 電子線照射量: 1 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 3408
画像スキャン動画フレーム数/画像: 60 / 利用したフレーム数/画像: 2-60

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.13_2998精密化
PHENIX1.13_2998精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2SerialEM画像取得
4GctfCTF補正
5RELIONCTF補正
10PHENIX1.13-2998モデル精密化
11RELION2.1.0初期オイラー角割当
12RELION2.1.0最終オイラー角割当
14RELION2.1.0３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 996035
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 67308 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
精密化立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.011911047
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.205214912
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.06451670
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00781814
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d10.2526240

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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