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- PDB-3gli: Crystal Structure of the E. coli clamp loader bound to Primer-Tem... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gli
タイトルCrystal Structure of the E. coli clamp loader bound to Primer-Template DNA and Psi Peptide
要素
  • (DNA polymerase III subunit ...) x 4
  • DNA (5'-D(*CP*TP*GP*GP*CP*CP*TP*AP*TP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*GP*GP*CP*CP*AP*G)-3')
キーワードTransferase/DNA / AAA+ ATPase / Clamp Loader / Gamma Complex / Replication / Psi / DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / Nucleotidyltransferase / Transferase / ATP-binding / Nucleotide-binding / Transferase-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA polymerase III, clamp loader complex / DNA clamp loader activity / DNA polymerase III complex / replisome / DNA polymerase processivity factor activity / 3'-5' exonuclease activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / response to radiation / DNA-templated DNA replication / DNA-directed DNA polymerase ...DNA polymerase III, clamp loader complex / DNA clamp loader activity / DNA polymerase III complex / replisome / DNA polymerase processivity factor activity / 3'-5' exonuclease activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / response to radiation / DNA-templated DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA replication / viral translational frameshifting / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase III, psi subunit / DNA polymerase III, psi subunit, subgroup / DNA polymerase III, psi subunit superfamily / DNA polymerase III psi subunit / DNA polymerase III, delta prime subunit / DNA polymerase III, delta subunit, C-terminal / : / DNA polymerase III, delta subunit, C terminal / DNA polymerase III subunit delta', AAA+ ATPase lid domain / DNA polymerase III subunit delta, C-terminal ...DNA polymerase III, psi subunit / DNA polymerase III, psi subunit, subgroup / DNA polymerase III, psi subunit superfamily / DNA polymerase III psi subunit / DNA polymerase III, delta prime subunit / DNA polymerase III, delta subunit, C-terminal / : / DNA polymerase III, delta subunit, C terminal / DNA polymerase III subunit delta', AAA+ ATPase lid domain / DNA polymerase III subunit delta, C-terminal / Processivity clamp loader gamma complex DNA pol III C-term / DNA polymerase III, delta subunit / DNA polymerase III delta, N-terminal / DNA polymerase III, delta subunit / DNA polymerase III, tau subunit, domain V / DNA polymerase III subunit tau, DnaB-binding domain IV / DNA polymerase III, tau subunit, domain V superfamily / DNA polymerase III subunits tau domain IV DnaB-binding / DNA polymerase III tau subunit V interacting with alpha / DNA polymerase III, subunit gamma/tau, helical lid domain / DNA polymerase III clamp loader subunit, ATPase lid domain / DNA polymerase III, subunit gamma/ tau, N-terminal / DNA polymerase III, gamma subunit, domain III / DNA polymerase III subunits gamma and tau domain III / Zinc Finger, Delta Prime; domain 3 - #10 / Zinc Finger, Delta Prime; domain 3 / DNA polymerase III, delta subunit / Ubiquitin-associated (UBA) domain / : / DNA polymerase III, clamp loader complex, gamma/delta/delta subunit, C-terminal / ClpA/B family / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #60 / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Up-down Bundle / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION / DNA / DNA (> 10) / DNA polymerase III subunit tau / DNA polymerase III subunit delta / DNA polymerase III subunit delta' / DNA polymerase III subunit psi
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Escherichia coLI (大腸菌)
ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Simonetta, K.R. / Cantor, A.J. / Kuriyan, J.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2009
タイトル: The mechanism of ATP-dependent primer-template recognition by a clamp loader complex.
著者: Simonetta, K.R. / Kazmirski, S.L. / Goedken, E.R. / Cantor, A.J. / Kelch, B.A. / McNally, R. / Seyedin, S.N. / Makino, D.L. / O'Donnell, M. / Kuriyan, J.
履歴
登録2009年3月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年1月23日Group: Database references
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase III subunit delta
B: DNA polymerase III subunit tau
C: DNA polymerase III subunit tau
D: DNA polymerase III subunit tau
E: DNA polymerase III subunit delta'
F: DNA polymerase III subunit delta
G: DNA polymerase III subunit tau
H: DNA polymerase III subunit tau
I: DNA polymerase III subunit tau
J: DNA polymerase III subunit delta'
K: DNA (5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*GP*GP*CP*CP*AP*G)-3')
L: DNA (5'-D(*CP*TP*GP*GP*CP*CP*TP*AP*TP*A)-3')
M: DNA (5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*GP*GP*CP*CP*AP*G)-3')
N: DNA (5'-D(*CP*TP*GP*GP*CP*CP*TP*AP*TP*A)-3')
O: DNA polymerase III subunit psi
P: DNA polymerase III subunit psi
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)440,40542
ポリマ－436,77616
非ポリマー3,62826
水00
1
A: DNA polymerase III subunit delta
B: DNA polymerase III subunit tau
C: DNA polymerase III subunit tau
D: DNA polymerase III subunit tau
E: DNA polymerase III subunit delta'
K: DNA (5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*GP*GP*CP*CP*AP*G)-3')
L: DNA (5'-D(*CP*TP*GP*GP*CP*CP*TP*AP*TP*A)-3')
O: DNA polymerase III subunit psi
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)220,20221
ポリマ－218,3888
非ポリマー1,81413
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area29090 Å2
ΔGint-153 kcal/mol
Surface area74130 Å2
手法PISA
2
F: DNA polymerase III subunit delta
G: DNA polymerase III subunit tau
H: DNA polymerase III subunit tau
I: DNA polymerase III subunit tau
J: DNA polymerase III subunit delta'
M: DNA (5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*GP*GP*CP*CP*AP*G)-3')
N: DNA (5'-D(*CP*TP*GP*GP*CP*CP*TP*AP*TP*A)-3')
P: DNA polymerase III subunit psi
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)220,20221
ポリマ－218,3888
非ポリマー1,81413
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area29510 Å2
ΔGint-154 kcal/mol
Surface area75510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.690, 217.180, 275.320
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22
13
23
14
24
15
25
16
26
17
27

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain C and (resseq 4:368 or resseq 400:403)
211chain H and (resseq 4:368 or resseq 400:403)
112chain D and (resseq 2:363 or resseq 400:403)
212chain I and (resseq 2:363 or resseq 400:403)
113chain B and (resseq 5:363 or resseq 400:403)
213chain G and (resseq 5:363 or resseq 400:403)
114chain E and (resseq 1:334 or resseq 403)
214chain J and (resseq 1:334 or resseq 403)
115chain A and (resseq 1:333 )
215chain F and (resseq 1:333 )
116chain K or chain L
216chain M or chain N
117chain O and (resseq 2:28)
217chain P and (resseq 2:28)

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7

-
要素

-
DNA polymerase III subunit ... , 4種, 12分子 AFBCDGHIEJOP

#1: タンパク質 DNA polymerase III subunit delta


分子量: 38745.574 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: holA, b0640, JW0635 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P28630, DNA-directed DNA polymerase
#2: タンパク質
DNA polymerase III subunit tau / DNA polymerase III subunit gamma


分子量: 43955.512 Da / 分子数: 6 / Fragment: UNP residues 1-373 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: dnaX, dnaZ, dnaZX, b0470, JW0459 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06710, DNA-directed DNA polymerase
#3: タンパク質 DNA polymerase III subunit delta'


分子量: 36980.484 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coLI (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: holB, b1099, JW1085 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P28631, DNA-directed DNA polymerase
#6: タンパク質・ペプチド DNA polymerase III subunit psi


分子量: 3185.556 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 2-28 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P28632, DNA-directed DNA polymerase

-
DNA鎖 , 2種, 4分子 KMLN

#4: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*GP*GP*CP*CP*AP*G)-3')


分子量: 4589.994 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#5: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*TP*GP*GP*CP*CP*TP*AP*TP*A)-3')


分子量: 3019.991 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成

-
非ポリマー , 4種, 26分子

#7: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE


分子量: 427.201 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#8: 化合物
ChemComp-BEF / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION


分子量: 66.007 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: BeF3
#9: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#10: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.58 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 9% PEG 400, 150 mM MgCl2, 100 mM HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月9日
放射モノクロメーター: KOHZU / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→92.85 Å / Num. all: 75327 / Num. obs: 73670 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 3.5→3.69 Å / % possible all: 97.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASES位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.5→73.034 Å / SU ML: 0.46 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.84 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2573 3721 5.06 %
Rwork0.2216 --
obs0.2234 73513 97.41 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 64.003 Å2 / ksol: 0.338 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-25.7914 Å20 Å20 Å2
2---5.5889 Å2-0 Å2
3----20.2026 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→73.034 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数27965 974 200 0 29139
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01329801
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.56740698
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.79411192
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0854676
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0065076
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11C2871X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12H2871X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.057
21D2851X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22I2851X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.064
31B2824X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
32G2824X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.051
41E2602X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
42J2602X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.066
51A2650X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
52F2650X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.055
61K487X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
62M487X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.062
71O224X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
72P224X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.043
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.5-3.54430.34691210.31132521X-RAY DIFFRACTION96
3.5443-3.5910.32941400.29632492X-RAY DIFFRACTION97
3.591-3.64020.30661430.29232538X-RAY DIFFRACTION96
3.6402-3.69220.31271470.27752527X-RAY DIFFRACTION97
3.6922-3.74730.32481420.26982558X-RAY DIFFRACTION98
3.7473-3.80580.31941230.26352561X-RAY DIFFRACTION97
3.8058-3.86820.30661230.26162562X-RAY DIFFRACTION98
3.8682-3.93490.2951410.24672547X-RAY DIFFRACTION97
3.9349-4.00650.30841370.23182550X-RAY DIFFRACTION98
4.0065-4.08350.27421310.24152574X-RAY DIFFRACTION97
4.0835-4.16680.28991320.23792559X-RAY DIFFRACTION97
4.1668-4.25740.24171490.21812587X-RAY DIFFRACTION98
4.2574-4.35650.24331340.21452550X-RAY DIFFRACTION98
4.3565-4.46540.25181320.20222581X-RAY DIFFRACTION98
4.4654-4.58610.23011570.19472576X-RAY DIFFRACTION98
4.5861-4.7210.27481170.20672582X-RAY DIFFRACTION97
4.721-4.87340.23561330.19762600X-RAY DIFFRACTION98
4.8734-5.04750.24451340.20752585X-RAY DIFFRACTION97
5.0475-5.24960.26191150.20492596X-RAY DIFFRACTION97
5.2496-5.48840.24651460.21252581X-RAY DIFFRACTION97
5.4884-5.77770.27911350.20552632X-RAY DIFFRACTION99
5.7777-6.13950.291500.21982612X-RAY DIFFRACTION98
6.1395-6.61320.27341570.21022621X-RAY DIFFRACTION98
6.6132-7.27820.21011420.18512638X-RAY DIFFRACTION99
7.2782-8.33010.19741610.15772641X-RAY DIFFRACTION98
8.3301-10.49010.13791280.12882670X-RAY DIFFRACTION97
10.4901-73.050.23051510.22562751X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.89490.71190.36812.5181.87681.69270.2108-0.5692-0.48230.9409-0.71970.87430.3804-0.870501.25720.0272-0.10051.4661-0.20441.4758.054720.259151.512
23.2470.8191-0.30952.81780.52412.599-0.0377-0.08560.6582-0.2717-0.09410.1409-0.9334-0.2712-00.91620.1699-0.26680.7-0.14891.001535.496839.589551.3803
34.4408-1.3145-0.1871.58270.77621.4374-0.04350.04340.1485-0.61630.1438-0.5883-0.56160.496900.6708-0.32060.01870.8492-0.15980.940266.355725.745949.3524
40.8559-0.0180.26853.24770.4792.4695-0.1314-0.1601-0.23890.42810.3152-0.7250.48660.577300.46540.1365-0.12070.9692-0.29311.060371.504-8.017249.4299
51.66741.4371.19072.65371.51032.71590.2012-0.4353-0.15211.01540.017-0.20121.124-0.1642-01.07710.0493-0.05930.7194-0.04220.701348.8326-27.22447.5857
60.92661.00822.84972.6336-0.80222.6725-0.38970.70640.8498-0.0354-0.0027-0.7967-0.65921.2236-01.80420.05790.05341.17260.23151.635511.740822.1262-43.966
73.07470.5429-1.24222.8821-1.39783.6151-0.34290.3070.3698-0.01710.34790.6349-0.3055-0.643401.07870.3070.15680.75160.12040.9708-16.5517-0.2866-45.7219
81.6695-0.51040.58255.4883-1.14022.3668-0.06020.08120.00840.06020.20480.5522-0.0302-0.419100.47520.0370.19920.64840.08420.6082-12.032-32.6174-43.8376
93.8811-1.63711.32341.1263-0.33243.11640.19170.2638-0.39280.0004-0.0874-0.18910.54010.2149-00.6568-0.00050.10090.45580.05350.587618.2645-48.1727-43.0059
103.66021.48362.12421.4005-0.02023.11980.20050.57320.0949-0.37440.0355-0.43590.26890.9964-00.67160.02840.21630.8622-0.04380.714643.4893-33.2307-39.8842
111.58970.3787-0.16012.25640.1891.8437-0.08590.00790.1574-0.24630.0964-0.3212-0.23110.399100.6848-0.07670.00070.7656-0.05950.554648.0611-2.246218.5638
121.75630.13110.37971.6433-0.1821.00140.0274-0.05640.10170.1358-0.01370.1016-0.3347-0.048400.72580.00030.09670.5701-0.03210.421219.0867-24.4006-11.8781
13-0.086-0.554-0.50812.51040.62030.45410.72610.2413-0.0196-0.1097-0.09850.31870.3437-1.4589-00.89570.0116-0.10141.1741-0.18990.88736.69226.220952.5961
141.8491-2.35510.53820.2064-0.94890.06520.0446-0.23650.61130.39030.5744-0.0066-0.99110.6843-01.2159-0.0731-0.00210.85210.08910.745815.8468-10.6791-46.0468
150.8264-0.91520.2380.2507-0.50.6203-0.03491.04770.6476-1.8951-0.15660.5394-1.0838-0.108801.3312-0.16740.30831.2448-0.04780.818357.85615.82775.7366
160.879-0.0512-0.34280.492-0.11440.8246-0.0548-2.01411.37880.79910.28120.5139-0.2411-0.7321-0.00891.0010.08140.33151.0230.10510.68847.8631-31.46960.5376
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and resseq 1:211A1 - 211
2X-RAY DIFFRACTION2(chain B and resseq 5:246) or (chain B and (resseq 400:403))B5 - 246
3X-RAY DIFFRACTION2(chain B and resseq 5:246) or (chain B and (resseq 400:403))B400 - 403
4X-RAY DIFFRACTION3(chain C and resseq 4:246) or (chain C and (resseq 400:403))C4 - 246
5X-RAY DIFFRACTION3(chain C and resseq 4:246) or (chain C and (resseq 400:403))C400 - 403
6X-RAY DIFFRACTION4(chain D and resseq 2:246) or (chain D and (resseq 400:403))D2 - 246
7X-RAY DIFFRACTION4(chain D and resseq 2:246) or (chain D and (resseq 400:403))D400 - 403
8X-RAY DIFFRACTION5(chain E and resseq 1:207) or (chain E and resseq 403)E1 - 207
9X-RAY DIFFRACTION5(chain E and resseq 1:207) or (chain E and resseq 403)E403
10X-RAY DIFFRACTION6chain F and resseq 1:211F1 - 211
11X-RAY DIFFRACTION7(chain G and resseq -9:246) or (chain G and (resseq 400:403))G-9 - 246
12X-RAY DIFFRACTION7(chain G and resseq -9:246) or (chain G and (resseq 400:403))G400 - 403
13X-RAY DIFFRACTION8(chain H and resseq 4:246) or (chain H and (resseq 400:403))H4 - 246
14X-RAY DIFFRACTION8(chain H and resseq 4:246) or (chain H and (resseq 400:403))H400 - 403
15X-RAY DIFFRACTION9(chain I and resseq 2:246) or (chain I and (resseq 400:403))I2 - 246
16X-RAY DIFFRACTION9(chain I and resseq 2:246) or (chain I and (resseq 400:403))I400 - 403
17X-RAY DIFFRACTION10(chain J and resseq 1:207) or (chain J and resseq 403)J1 - 207
18X-RAY DIFFRACTION10(chain J and resseq 1:207) or (chain J and resseq 403)J403
19X-RAY DIFFRACTION11(chain A and resseq 212:333) or (chain B and resseq 247:363) or (chain C and resseq 247:368) or (chain D and resseq 247:363) or (chain E and resseq 208:334)A212 - 333
20X-RAY DIFFRACTION11(chain A and resseq 212:333) or (chain B and resseq 247:363) or (chain C and resseq 247:368) or (chain D and resseq 247:363) or (chain E and resseq 208:334)B247 - 363
21X-RAY DIFFRACTION11(chain A and resseq 212:333) or (chain B and resseq 247:363) or (chain C and resseq 247:368) or (chain D and resseq 247:363) or (chain E and resseq 208:334)C247 - 368
22X-RAY DIFFRACTION11(chain A and resseq 212:333) or (chain B and resseq 247:363) or (chain C and resseq 247:368) or (chain D and resseq 247:363) or (chain E and resseq 208:334)D247 - 363
23X-RAY DIFFRACTION11(chain A and resseq 212:333) or (chain B and resseq 247:363) or (chain C and resseq 247:368) or (chain D and resseq 247:363) or (chain E and resseq 208:334)E208 - 334
24X-RAY DIFFRACTION12(chain F and resseq 212:334) or (chain G and resseq 247:363) or (chain H and resseq 247:368) or (chain I and resseq 247:363) or (chain J and resseq 208:334)F212 - 334
25X-RAY DIFFRACTION12(chain F and resseq 212:334) or (chain G and resseq 247:363) or (chain H and resseq 247:368) or (chain I and resseq 247:363) or (chain J and resseq 208:334)G247 - 363
26X-RAY DIFFRACTION12(chain F and resseq 212:334) or (chain G and resseq 247:363) or (chain H and resseq 247:368) or (chain I and resseq 247:363) or (chain J and resseq 208:334)H247 - 368
27X-RAY DIFFRACTION12(chain F and resseq 212:334) or (chain G and resseq 247:363) or (chain H and resseq 247:368) or (chain I and resseq 247:363) or (chain J and resseq 208:334)I247 - 363
28X-RAY DIFFRACTION12(chain F and resseq 212:334) or (chain G and resseq 247:363) or (chain H and resseq 247:368) or (chain I and resseq 247:363) or (chain J and resseq 208:334)J208 - 334
29X-RAY DIFFRACTION13chain K or chain LK2 - 15
30X-RAY DIFFRACTION13chain K or chain LL1 - 10
31X-RAY DIFFRACTION14chain M or chain NM2 - 15
32X-RAY DIFFRACTION14chain M or chain NN1 - 10
33X-RAY DIFFRACTION15chain OO2 - 28
34X-RAY DIFFRACTION16chain PP2 - 28

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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