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- PDB-6e0o: Structure of Elizabethkingia meningoseptica CdnE cyclic dinucleot... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6e0o
タイトルStructure of Elizabethkingia meningoseptica CdnE cyclic dinucleotide synthase with pppA[3'-5']pA
要素
  • RNA (5'-D(*(ATP))-R(P*A)-3')
  • cGAS/DncV-like nucleotidyltransferase in E. coli homolog
キーワードTRANSFERASE/RNA / cGAS / DncV / cyclic dinucleotide / nucleotide second messenger / nucleotidyltransferase / TRANSFERASE / TRANSFERASE-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


3',3'-cyclic GMP-AMP synthase activity / diguanylate cyclase / diadenylate cyclase / diadenylate cyclase activity / diguanylate cyclase activity / nucleotide metabolic process / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / defense response to virus / GTP binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Second Messenger Oligonucleotide or Dinucleotide Synthetase domain / 2-5OAS/ClassI-CCAase, nucleotidyltransferase domain / Nucleotidyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / Cyclic dipurine nucleotide synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Elizabethkingia meningoseptica ATCC 13253 = NBRC 12535 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.25 Å
データ登録者Eaglesham, J.B. / Whiteley, A.T. / de Oliveira Mann, C.C. / Morehouse, B.R. / Nieminen, E.A. / King, D.S. / Lee, A.S.Y. / Mekalanos, J.J. / Kranzusch, P.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI018045 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2019
タイトル: Bacterial cGAS-like enzymes synthesize diverse nucleotide signals.
著者: Whiteley, A.T. / Eaglesham, J.B. / de Oliveira Mann, C.C. / Morehouse, B.R. / Lowey, B. / Nieminen, E.A. / Danilchanka, O. / King, D.S. / Lee, A.S.Y. / Mekalanos, J.J. / Kranzusch, P.J.
履歴
登録2018年7月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年2月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月6日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22019年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cGAS/DncV-like nucleotidyltransferase in E. coli homolog
C: RNA (5'-D(*(ATP))-R(P*A)-3')
B: RNA (5'-D(*(ATP))-R(P*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7704
ポリマ－35,7463
非ポリマー241
水6,792377
1
A: cGAS/DncV-like nucleotidyltransferase in E. coli homolog
C: RNA (5'-D(*(ATP))-R(P*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9973
ポリマ－34,9732
非ポリマー241
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: RNA (5'-D(*(ATP))-R(P*A)-3')


  • 登録者が定義した集合体
  • 773 Da, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7731
ポリマ－7731
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.195, 58.231, 99.446
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 cGAS/DncV-like nucleotidyltransferase in E. coli homolog


分子量: 34199.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Elizabethkingia meningoseptica ATCC 13253 = NBRC 12535 (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DSP2*PLUS
#2: RNA鎖 RNA (5'-D(*(ATP))-R(P*A)-3')


分子量: 773.414 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Elizabethkingia meningoseptica ATCC 13253 = NBRC 12535 (バクテリア)
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 377 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.9 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 8% PEG-3350, 100 mM trisodium citrate pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.25→37.92 Å / Num. obs: 92915 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.7 % / Rpim(I) all: 0.025 / Net I/σ(I): 13.9
反射 シェル解像度: 1.25→1.27 Å / 冗長度: 6.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 4497 / Rpim(I) all: 0.457 / % possible all: 98.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.25→37.813 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 14.87
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1636 3592 3.87 %5
Rwork0.1422 ---
obs0.143 92824 98.58 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.25→37.813 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2254 106 1 377 2738
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062448
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0413337
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.954922
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07362
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005421
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.2423-1.25860.2954840.23772154X-RAY DIFFRACTION63
1.2586-1.27580.23041450.21033424X-RAY DIFFRACTION100
1.2758-1.29410.21911350.19413446X-RAY DIFFRACTION100
1.2941-1.31340.24571380.19133442X-RAY DIFFRACTION100
1.3134-1.33390.22831460.18353414X-RAY DIFFRACTION100
1.3339-1.35580.20951350.17613474X-RAY DIFFRACTION100
1.3558-1.37920.27071400.18153415X-RAY DIFFRACTION100
1.3792-1.40420.21041330.16993470X-RAY DIFFRACTION100
1.4042-1.43120.20341380.15143453X-RAY DIFFRACTION100
1.4312-1.46050.17821410.1323461X-RAY DIFFRACTION100
1.4605-1.49220.1521410.12053442X-RAY DIFFRACTION100
1.4922-1.52690.14911350.11693451X-RAY DIFFRACTION100
1.5269-1.56510.13751400.11143460X-RAY DIFFRACTION100
1.5651-1.60740.12591420.1113465X-RAY DIFFRACTION100
1.6074-1.65470.13941330.11323467X-RAY DIFFRACTION100
1.6547-1.70820.15791410.11823466X-RAY DIFFRACTION100
1.7082-1.76920.1461400.12283475X-RAY DIFFRACTION100
1.7692-1.840.16091360.12583474X-RAY DIFFRACTION100
1.84-1.92380.14871420.133477X-RAY DIFFRACTION100
1.9238-2.02520.16191460.12673495X-RAY DIFFRACTION100
2.0252-2.15210.14651380.12683513X-RAY DIFFRACTION100
2.1521-2.31820.14681410.12243497X-RAY DIFFRACTION100
2.3182-2.55150.15361430.13073546X-RAY DIFFRACTION100
2.5515-2.92050.14721450.1453538X-RAY DIFFRACTION100
2.9205-3.67910.15311470.14763572X-RAY DIFFRACTION100
3.6791-37.83070.1831470.16783741X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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