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万見
- PDB-2vn1: Crystal structure of the FK506-binding domain of Plasmodium falci... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vn1
タイトルCrystal structure of the FK506-binding domain of Plasmodium falciparum FKBP35 in complex with FK506
要素70 KDA PEPTIDYLPROLYL ISOMERASE
キーワードISOMERASE / FKBP / FK506 / TPR REPEAT / PLASMODIUM FALCIPARUM
機能・相同性
機能・相同性情報


HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / protein peptidyl-prolyl isomerization / FK506 binding / : / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P3 isomerase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P6 isomerase activity / peptidylprolyl isomerase / protein folding / protein dimerization activity ...HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / protein peptidyl-prolyl isomerization / FK506 binding / : / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P3 isomerase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P6 isomerase activity / peptidylprolyl isomerase / protein folding / protein dimerization activity / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Chitinase A; domain 3 - #40 / Chitinase A; domain 3 / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain superfamily / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats ...: / Chitinase A; domain 3 - #40 / Chitinase A; domain 3 / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain superfamily / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
8-DEETHYL-8-[BUT-3-ENYL]-ASCOMYCIN / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP35
類似検索 - 構成要素
生物種PLASMODIUM FALCIPARUM (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Kotaka, M. / Alag, R. / Ye, H. / Preiser, P.R. / Yoon, H.S. / Lescar, J.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2008
タイトル: Crystal Structure of the Fk506 Binding Domain of Plasmodium Falciparum Fkbp35 in Complex with Fk506.
著者: Kotaka, M. / Ye, H. / Alag, R. / Hu, G. / Bozdech, Z. / Preiser, P.R. / Yoon, H.S. / Lescar, J.
履歴
登録2008年1月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 70 KDA PEPTIDYLPROLYL ISOMERASE
B: 70 KDA PEPTIDYLPROLYL ISOMERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,6714
ポリマ－29,0632
非ポリマー1,6082
水2,918162
1
A: 70 KDA PEPTIDYLPROLYL ISOMERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,3352
ポリマ－14,5311
非ポリマー8041
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: 70 KDA PEPTIDYLPROLYL ISOMERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,3352
ポリマ－14,5311
非ポリマー8041
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)63.064, 63.064, 167.990
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.7224, -0.6915, 0.0035), (0.6914, -0.7223, -0.0146), (0.0126, -0.0081, 0.9999)
ベクター: 22.2011, 54.699, 21.2802)

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要素

#1: タンパク質 70 KDA PEPTIDYLPROLYL ISOMERASE / PLASMODIUM FALCIPARUM FKBP35


分子量: 14531.420 Da / 分子数: 2 / 断片: FK506-BINDING DOMAIN, RESIDUES 1-127 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) PLASMODIUM FALCIPARUM (マラリア病原虫)
株: 3D7 / プラスミド: PET29B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8I4V8, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物 ChemComp-FK5 / 8-DEETHYL-8-[BUT-3-ENYL]-ASCOMYCIN / K506 / タクロリムス


分子量: 804.018 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C44H69NO12 / コメント: 薬剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.6 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5 / 詳細: 2.7M NA MALONATE, PH5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.933
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→30 Å / Num. obs: 14883 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 20.7 % / Biso Wilson estimate: 30.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 41.1
反射 シェル解像度: 2.35→2.43 Å / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 8.5 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.2精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MrBUMP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1YAT

1yat


解像度: 2.35→29.65 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 1800752.84 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25 733 4.9 %RANDOM
Rwork0.194 ---
obs0.194 14825 99.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 40.8564 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 35.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.66 Å20 Å20 Å2
2--6.66 Å20 Å2
3----13.31 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.41 Å0.28 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.49 Å0.33 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→29.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1938 0 114 162 2214
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.74
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it5.074
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it6.528
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it10.058
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it11.9112
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.5 Å / Rfactor Rfree error: 0.033 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.348 113 4.7 %
Rwork0.275 2269 -
obs--99.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2FK5_PRODRG.PARFK5_PRODRG.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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