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万見
- PDB-6dxz: Rabbit N-acylethanolamine-hydrolyzing acid amidase (NAAA) in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dxz
タイトルRabbit N-acylethanolamine-hydrolyzing acid amidase (NAAA) in complex with non-covalent benzothiazole-piperazine inhibitor ARN19702, in presence of Triton X-100
要素(N-acylethanolamine acid amidase ...) x 2
キーワードHYDROLASE / endocannabinoid / lipase
機能・相同性
機能・相同性情報


N-(long-chain-acyl)ethanolamine deacylase / sphingosine metabolic process / N-(long-chain-acyl)ethanolamine deacylase activity / ceramidase / N-acylsphingosine amidohydrolase activity / : / N-acylethanolamine metabolic process / N-acylphosphatidylethanolamine metabolic process / fatty acid amide hydrolase activity / lipid catabolic process ...N-(long-chain-acyl)ethanolamine deacylase / sphingosine metabolic process / N-(long-chain-acyl)ethanolamine deacylase activity / ceramidase / N-acylsphingosine amidohydrolase activity / : / N-acylethanolamine metabolic process / N-acylphosphatidylethanolamine metabolic process / fatty acid amide hydrolase activity / lipid catabolic process / fatty acid metabolic process / lysosome / membrane
類似検索 - 分子機能
Acid ceramidase-like / Acid ceramidase, N-terminal / beta subunit of N-acylethanolamine-hydrolyzing acid amidase / Choloylglycine hydrolase/NAAA C-terminal / Linear amide C-N hydrolases, choloylglycine hydrolase family
類似検索 - ドメイン・相同性
4-(2,4,4-trimethylpentan-2-yl)phenol / : / Chem-TON / Chem-WTF / N-acylethanolamine-hydrolyzing acid amidase
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Gorelik, A. / Gebai, A. / Illes, K. / Piomelli, D. / Nagar, B.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)MOP-133535 カナダ
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Molecular mechanism of activation of the immunoregulatory amidase NAAA.
著者: Gorelik, A. / Gebai, A. / Illes, K. / Piomelli, D. / Nagar, B.
履歴
登録2018年7月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月10日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / entity
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _entity.formula_weight
改定 1.22018年10月24日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / entity
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _entity.formula_weight
改定 1.32018年11月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42019年4月17日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: entity / Item: _entity.pdbx_ec
改定 1.52020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.62020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.72023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.82024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N-acylethanolamine acid amidase alpha-subunit
B: N-acylethanolamine acid amidase beta-subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,51610
ポリマ－38,3812
非ポリマー2,1358
水2,882160
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6610 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area14020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)159.143, 159.143, 159.143
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number212
Space group name H-MP4332
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-351-

HOH

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要素

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N-acylethanolamine acid amidase ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 N-acylethanolamine acid amidase alpha-subunit


分子量: 12124.106 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 3-98 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: NAAA
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: G1T7U7, N-(long-chain-acyl)ethanolamine deacylase
#2: タンパク質 N-acylethanolamine acid amidase beta-subunit


分子量: 26256.689 Da / 分子数: 1 / 断片: CBAH domain residues 99-330 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: NAAA
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: G1T7U7, N-(long-chain-acyl)ethanolamine deacylase

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糖 , 1種, 2分子

#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 6種, 166分子

#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物 ChemComp-TRT / FRAGMENT OF TRITON X-100 / 1-{2-[2-(2-METHOXYETHOXY)ETHOXY]ETHOXY}-4-(1,1,3,3-TETRAMETHYLBUTYL)BENZENE


分子量: 352.508 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36O4 / コメント: 可溶化剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-27L / 4-(2,4,4-trimethylpentan-2-yl)phenol / 4-tert-オクチルフェノ-ル


分子量: 206.324 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H22O
#7: 化合物 ChemComp-WTF / [2-(ethylsulfonyl)phenyl][(2S)-4-(6-fluoro-1,3-benzothiazol-2-yl)-2-methylpiperazin-1-yl]methanone


分子量: 447.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H22FN3O3S2
#8: 化合物 ChemComp-TON / 2-{2-[4-(1,1,3,3-TETRAMETHYLBUTYL)PHENOXY]ETHOXY}ETHANOL / 2-[2-(4-tert-オクチルフェノキシ)エトキシ]エタノ-ル


分子量: 294.429 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H30O3
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 160 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.89 %
結晶化手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.2 M tripotassium citrate with 20 % PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 19528 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 71.9 % / Net I/σ(I): 38.5
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5U7Z

5u7z


解像度: 2.7→45.941 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 20.64 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2215 1917 10 %
Rwork0.1816 --
obs0.1856 19162 98.19 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→45.941 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2594 0 145 160 2899
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0042851
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7833909
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.1281650
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046423
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004483
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7001-2.76760.28591020.2521918X-RAY DIFFRACTION75
2.7676-2.84240.31081360.22321227X-RAY DIFFRACTION100
2.8424-2.9260.25981350.22271216X-RAY DIFFRACTION100
2.926-3.02040.25741360.21691232X-RAY DIFFRACTION100
3.0204-3.12840.24831380.20881230X-RAY DIFFRACTION100
3.1284-3.25360.20341380.19241240X-RAY DIFFRACTION100
3.2536-3.40160.26681360.1881232X-RAY DIFFRACTION100
3.4016-3.58090.21011370.16681230X-RAY DIFFRACTION100
3.5809-3.80520.20771370.16591241X-RAY DIFFRACTION100
3.8052-4.09880.18891420.14471264X-RAY DIFFRACTION100
4.0988-4.51090.16471390.13861262X-RAY DIFFRACTION100
4.5109-5.16290.16121410.13981264X-RAY DIFFRACTION100
5.1629-6.50180.22961440.18621303X-RAY DIFFRACTION100
6.5018-45.94730.2781560.22891386X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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