PDB-6dxe: Crystal structure of chalcone synthase from Arabidopsis thaliana ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6dxe

タイトル

Crystal structure of chalcone synthase from Arabidopsis thaliana - M64I F170S G173A S213G Q217A T270V C347S mutant

要素

Chalcone synthase

キーワード

TRANSFERASE / Thiolase / Flavonoid / Polyketide synthase

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of anthocyanin biosynthetic process / chalcone synthase / naringenin-chalcone synthase activity / plant-type vacuole membrane / auxin polar transport / flavonoid biosynthetic process / response to jasmonic acid / response to gravity / response to auxin / response to UV-B ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.608 Å

データ登録者

Liou, G. / Chiang, Y.C. / Wang, Y. / Weng, J.K.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Mechanistic basis for the evolution of chalcone synthase catalytic cysteine reactivity in land plants.
著者: Liou, G. / Chiang, Y.C. / Wang, Y. / Weng, J.K.

履歴

登録	2018年6月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年10月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年12月19日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2019年11月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection / Database references カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.1	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dx/6dxe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dx/6dxe	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6dx7C 6dx8C 6dx9C 6dxaC 6dxbC 6dxcC 6dxdC 6dxfC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1i89-1 1chw-1 6dxb-2 7bur-d 6dxb-1 1i88-1 1u0w-1 1z1f-1 3wy0-d 1i8b-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Chalcone synthase

C: Chalcone synthase

86 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.800, 55.900, 100.210
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 92.510, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Chalcone synthase / Naringenin-chalcone synthase / Protein TRANSPARENT TESTA 4 分子量: 43017.441 Da / 分子数: 2 / 変異: M64I, F170S, G173A, S213G, Q217A, T270V, C347S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: CHS, TT4, At5g13930, MAC12.11, MAC12.14 / プラスミド: pHis8-4B / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P13114, chalcone synthase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 859 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.73 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.125 NaSCN, 20% (v/v) PEG 3350, and 5 mM DTT

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月24日
放射	モノクロメーター: single crystal Si(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.608→60.11 Å / Num. obs: 175827 / % possible obs: 91.6 % / 冗長度: 2.9 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.04526 / R_pim(I) all: 0.03089 / R_rim(I) all: 0.05506 / Net I/σ(I): 11.1
反射シェル	解像度: 1.608→1.665 Å / 冗長度: 2.8 % / R_merge(I) obs: 0.5779 / Mean I/σ(I) obs: 1.18 / Num. unique obs: 7995 / CC_1/2: 0.778 / R_pim(I) all: 0.392 / R_rim(I) all: 0.7013 / % possible all: 76.72

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.8.4_1496	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.608→60.107 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 20.85

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2015	3515	2 %
R_work	0.1698	-	-
obs	0.1704	175827	85.68 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 74.54 Å² / B_iso mean: 21.36 Å² / B_iso min: 7.13 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.608→60.107 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5956	0	0	859	6815
B_iso mean	-	-	-	31.6	-
残基数	-	-	-	-	778

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	6188
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.258	8395
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	959
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1088
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.89	2313

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 25

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.608-1.63	0.2453	110	0.264	5728	5838	72
1.63-1.6533	0.2871	125	0.2609	5894	6019	73
1.6533-1.678	0.3151	115	0.2535	5932	6047	74
1.678-1.7042	0.2508	157	0.2479	6110	6267	76
1.7042-1.7322	0.2667	116	0.2401	6297	6413	77
1.7322-1.762	0.2501	145	0.2355	6153	6298	78
1.762-1.7941	0.2472	115	0.232	6476	6591	80
1.7941-1.8286	0.2569	155	0.234	6681	6836	83
1.8286-1.8659	0.2964	134	0.2287	6770	6904	84
1.8659-1.9065	0.236	143	0.2257	6876	7019	86
1.9065-1.9509	0.2523	118	0.21	6603	6721	82
1.9509-1.9996	0.2107	158	0.1977	7308	7466	91
1.9996-2.0537	0.2284	154	0.191	7408	7562	92
2.0537-2.1141	0.238	140	0.1774	7390	7530	92
2.1141-2.1824	0.2238	141	0.1696	7344	7485	91
2.1824-2.2604	0.1979	135	0.1595	7368	7503	91
2.2604-2.3509	0.1881	146	0.1541	7292	7438	91
2.3509-2.4579	0.2144	136	0.151	7279	7415	91
2.4579-2.5875	0.1555	156	0.1485	7295	7451	90
2.5875-2.7496	0.1736	156	0.1596	6785	6941	85
2.7496-2.9619	0.2019	145	0.1586	7455	7600	92
2.9619-3.2599	0.1717	168	0.1567	7546	7714	94
3.2599-3.7316	0.1538	151	0.1435	7518	7669	94
3.7316-4.7011	0.1978	154	0.1307	7407	7561	92
4.7011-60.1489	0.166	142	0.1414	7397	7539	92

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5936	0.3158	-0.0942	0.7952	0.0303	1.2445	0.0091	-0.2507	0.1042	0.1323	-0.1012	0.1259	-0.1619	0.0142	0.0622	0.099	0.0094	0.0302	0.1324	-0.0601	0.1391	-9.7139	5.8911	30.5391
2	4.7072	-0.4858	-0.775	4.8173	-3.6402	6.0068	0.0283	0.2525	0.2527	-0.3138	-0.0802	0.4234	-0.0114	-0.2557	-0.027	0.2176	0.0733	-0.0807	0.1387	-0.0338	0.2385	-25.3788	12.127	4.2055
3	1.3725	0.5141	-1.0074	0.6629	-0.6887	1.5922	-0.0557	0.0563	0.4594	-0.013	0.0844	0.2229	-0.2711	-0.1578	-0.039	0.2166	0.0632	-0.0458	0.1361	-0.0376	0.2852	-16.8709	19.4032	14.8642
4	0.6644	0.5612	-0.9594	1.8967	-2.8576	6.1791	0.0935	-0.141	0.3546	0.1851	0.0102	0.2112	-0.465	-0.2119	-0.0395	0.178	0.026	0.0042	0.1378	-0.0812	0.1847	-8.3008	16.428	30.0724
5	0.4869	0.1629	-0.7264	0.7954	-0.3938	1.3337	0.0522	-0.3074	0.1917	0.0864	-0.138	0.0312	-0.2294	0.1403	0.0129	0.1458	-0.0065	0.0044	0.1967	-0.0709	0.124	0.1012	12.9656	35.6572
6	0.8564	0.0458	0.0003	0.5646	-0.0945	0.521	0.0377	-0.077	0.0786	-0.0447	-0.0921	0.0668	-0.0238	0.0029	0.052	0.1147	0.0299	0.0088	0.0988	-0.0287	0.1041	-6.4703	5.8041	25.0471
7	0.7611	0.3037	0.897	1.6893	1.3792	5.1645	0.091	-0.407	-0.0173	0.2634	-0.1818	0.1023	0.2699	-0.074	0.1146	0.1436	-0.0199	0.0216	0.2104	0.0068	0.1147	-7.0445	-5.0847	40.9113
8	1.6777	2.6682	-0.1896	4.3994	-0.2236	0.0343	-0.2013	0.23	0.0642	-0.6544	0.1509	0.1405	0.1596	0.0043	0.0144	0.2461	0.0295	-0.0165	0.1384	-0.001	0.1093	-5.3868	2.3866	8.6518
9	1.5584	0.1804	-0.0305	2.5925	-1.2125	3.7173	0.0089	-0.0069	-0.2642	-0.1472	-0.0529	-0.002	0.5375	-0.0283	0.0268	0.1794	-0.0043	-0.0069	0.0867	-0.0127	0.1338	-13.2938	-14.4849	23.8254
10	1.9874	-0.8206	-0.4029	7.6324	1.5798	3.5897	-0.0111	-0.0695	-0.1973	-0.0532	-0.0138	0.5174	0.2326	-0.2843	0.02	0.0936	0.0222	-0.0158	0.1253	-0.0179	0.1665	-22.7319	-5.4221	22.44
11	2.1277	0.4956	-0.9753	2.3238	-0.9281	3.2829	0.0477	-0.2046	0.0012	0.1025	-0.0901	0.2069	0.0981	-0.2113	0.0398	0.0856	-0.0195	-0.01	0.1271	-0.0379	0.095	-15.8841	-5.2329	32.4006
12	0.6524	-0.0638	0.3352	0.668	-0.157	0.7806	-0.001	-0.1541	-0.1449	-0.0353	-0.2618	-0.276	0.0438	0.4247	0.226	0.1162	0.0578	0.0046	0.2108	0.0394	0.0994	17.1189	1.88	23.2665
13	1.1781	0.3392	-0.2542	2.5776	-1.6812	1.1051	-0.3671	0.0777	0.3949	0.4249	-0.3036	-0.3457	-0.6885	0.7211	0.5121	0.3023	-0.1339	-0.1145	0.3457	0.0954	0.2495	26.4107	30.4802	11.0331
14	1.0085	0.1044	0.1941	1.4836	-0.7773	1.0893	-0.1091	0.0437	0.006	-0.1671	-0.0231	-0.071	-0.0208	0.2816	0.1092	0.1453	0.0334	0.0287	0.2166	0.0374	0.0967	17.2133	10.1271	9.6422
15	1.7701	-0.1477	0.3214	1.0517	0.3207	0.7536	0.0113	0.0475	-0.2055	-0.1547	-0.107	-0.0912	0.1838	0.1551	0.0538	0.1469	0.0684	0.04	0.134	0.0243	0.1121	7.7913	-5.2284	17.9111
16	1.0179	0.3753	-0.1367	0.6318	-0.358	1.2496	0.0249	-0.1984	0.0342	0.0578	-0.1472	-0.0887	-0.0844	0.2692	0.0952	0.0933	0.0189	0.0031	0.1977	0.0233	0.0907	13.6161	7.948	25.529
17	3.2854	-2.9893	2.9174	8.4948	-7.5131	9.3328	-0.1381	-0.7503	0.341	0.4172	0.1265	-0.0337	-0.4147	0.0222	-0.0068	0.1732	-0.0588	-0.0121	0.4266	-0.0905	0.2063	19.8349	14.3154	43.2422
18	1.1856	-0.3608	1.3899	0.2125	-0.1686	2.4892	-0.0301	-0.3122	0.2017	0.1883	-0.0871	-0.1331	-0.3455	0.5779	0.1639	0.1631	-0.0682	-0.0309	0.4498	0.0322	0.1911	28.3699	13.2581	37.8438
19	2.4427	-2.1304	-0.4689	3.8701	-0.6704	1.1559	0.0206	-0.1244	0.0913	0.0817	-0.0781	-0.3067	-0.0511	0.4502	0.0221	0.0854	-0.001	0.0022	0.3649	0.0647	0.1468	29.6753	6.2626	26.3413
20	1.5065	-0.1962	0.6341	0.4166	-0.2582	0.7743	0.067	-0.4534	-0.066	0.1188	-0.1051	-0.0676	-0.1524	0.4978	0.0624	0.0255	0.0524	-0.0226	0.482	0.1133	0.1573	24.3884	3.2072	36.6216

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 7 through 48 )	A	7 - 48
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 49 through 67 )	A	49 - 67
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 68 through 95 )	A	68 - 95
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 96 through 122 )	A	96 - 122
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 123 through 159 )	A	123 - 159
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 160 through 230 )	A	160 - 230
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 231 through 252 )	A	231 - 252
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 253 through 276 )	A	253 - 276
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 277 through 312 )	A	277 - 312
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 313 through 343 )	A	313 - 343
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 344 through 395 )	A	344 - 395
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 7 through 48 )	C	7 - 48
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 49 through 66 )	C	49 - 66
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 67 through 122 )	C	67 - 122
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 123 through 159 )	C	123 - 159
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 160 through 276 )	C	160 - 276
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 277 through 296 )	C	277 - 296
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 297 through 326 )	C	297 - 326
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 327 through 362 )	C	327 - 362
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 363 through 395 )	C	363 - 395

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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