[日本語] English
万見
- PDB-6dux: 2.25 Angstrom Resolution Crystal Structure of 6-phospho-alpha-glu... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dux
タイトル2.25 Angstrom Resolution Crystal Structure of 6-phospho-alpha-glucosidase from Klebsiella pneumoniae in Complex with NAD.
要素6-phospho-alpha-glucosidase
キーワードHYDROLASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / 6-phospho-alpha-glucosidase / NAD
機能・相同性
機能・相同性情報


maltose-6'-phosphate glucosidase / maltose-6'-phosphate glucosidase activity / sucrose metabolic process / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 4, conserved site / Glycosyl hydrolases family 4 signature. / Glycoside hydrolase, family 4 / Glycosyl hydrolase, family 4, C-terminal / Family 4 glycosyl hydrolase / Family 4 glycosyl hydrolase C-terminal domain / L-2-Hydroxyisocaproate Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain ...Glycoside hydrolase, family 4, conserved site / Glycosyl hydrolases family 4 signature. / Glycoside hydrolase, family 4 / Glycosyl hydrolase, family 4, C-terminal / Family 4 glycosyl hydrolase / Family 4 glycosyl hydrolase C-terminal domain / L-2-Hydroxyisocaproate Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / BICARBONATE ION / (2S)-2-hydroxybutanedioic acid / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / 6-phospho-alpha-glucosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Endres, M. / Satchell, K.J.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: Microbiol Resour Announc / 年: 2023
タイトル: A Structural Systems Biology Approach to High-Risk CG23 Klebsiella pneumoniae.
著者: Inniss, N.L. / Kochan, T.J. / Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Chang, C. / Tan, K. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Pshenychnyi, S. / Wu, R. / Dubrovska, I. / Babnigg, G. / Endres, M. / ...著者: Inniss, N.L. / Kochan, T.J. / Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Chang, C. / Tan, K. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Pshenychnyi, S. / Wu, R. / Dubrovska, I. / Babnigg, G. / Endres, M. / Anderson, W.F. / Hauser, A.R. / Joachimiak, A. / Satchell, K.J.F.
履歴
登録2018年6月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年7月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 6-phospho-alpha-glucosidase
B: 6-phospho-alpha-glucosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,61214
ポリマ－100,6692
非ポリマー1,94212
水6,449358
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5790 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area32980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.226, 85.226, 228.858
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-746-

HOH

21B-725-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 6-phospho-alpha-glucosidase


分子量: 50334.691 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: aglB / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) magic / 参照: UniProt: Q9AGA6, maltose-6'-phosphate glucosidase

-
非ポリマー , 7種, 370分子

#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-LMR / (2S)-2-hydroxybutanedioic acid / L-Malate / L-りんご酸


分子量: 134.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O5
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物 ChemComp-BCT / BICARBONATE ION / 炭酸水素アニオン


分子量: 61.017 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 358 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.9 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: Protein: 10.3 mg/ml, 0.01M Tris-HCl pH 8.3, 2mM NAD; Screen: Classics II (B11) 2.1M DL-malic acid pH 7.0; Cryo: Screen + 20% glycerol.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年6月6日 / 詳細: C(111)
放射モノクロメーター: Be / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→30 Å / Num. obs: 46596 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.5 % / Biso Wilson estimate: 40.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.109 / Rsym value: 0.102 / Χ2: 1.367 / Net I/σ(I): 22.9
反射 シェル解像度: 2.25→2.29 Å / 冗長度: 8.6 % / Rmerge(I) obs: 0.782 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 2254 / CC1/2: 0.854 / Rpim(I) all: 0.282 / Rrim(I) all: 0.832 / Rsym value: 0.782 / Χ2: 1.009 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0230精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.25→29.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 10.611 / SU ML: 0.131 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.25 / ESU R Free: 0.179 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19129 2358 5.1 %RANDOM
Rwork0.15427 ---
obs0.15612 44168 99.81 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 49.003 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.94 Å20.47 Å20 Å2
2--0.94 Å20 Å2
3----3.05 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.25→29.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6807 0 122 359 7288
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0147149
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0176382
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3651.7029725
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.4441.70214964
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.2725877
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.1422.67367
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.27151085
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.2591542
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.2930
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0410.028029
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0370.021309
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7093.2733491
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.7053.2733490
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.654.8984367
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.6494.8994368
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.343.6563657
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.3393.6563657
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.5995.375357
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.73740.0418200
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.62839.8228135
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.252→2.31 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.266 154 -
Rwork0.214 3209 -
obs--99.12 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.34820.8918-0.53132.53770.7412.6091-0.0704-0.34370.09880.2619-0.114-0.0408-0.11160.08490.18440.1398-0.0711-0.08180.2226-0.02590.104624.05720.156441.0108
20.79380.1283-0.1180.7303-0.25581.28570.0345-0.07350.01840.2225-0.1115-0.0913-0.26690.17310.0770.1168-0.0801-0.01130.0895-0.05990.143517.738825.533721.014
30.8217-0.30670.630.2424-0.41131.3843-0.0754-0.10210.26780.2067-0.0603-0.0904-0.58620.0720.13570.3912-0.1173-0.03710.1098-0.10320.272617.660239.453724.0426
40.77140.2329-0.13370.5919-0.14981.61950.026-0.06820.07390.0481-0.0734-0.1131-0.1540.20060.04740.0262-0.0357-0.00380.0598-0.02580.122819.101521.924611.7228
51.53870.1621-0.40350.8070.32991.8352-0.0434-0.0480.2683-0.105-0.06050.4113-0.1901-0.46650.10390.03610.0342-0.03850.257-0.04880.2915-28.306710.666212.7099
60.6154-0.2229-0.67710.7610.01063.2597-0.0567-0.1358-0.01020.15850.02490.02510.3743-0.20330.03180.1367-0.08040.01480.1093-0.00060.0323-7.7701-2.042425.2199
70.7974-0.4629-0.23210.7937-0.03250.4419-0.1858-0.1139-0.2070.21310.02220.270.1707-0.17660.16370.2299-0.1490.08860.2175-0.04270.2349-23.3747-8.316716.7461
80.94210.1679-0.26190.74870.3231.092-0.0514-0.01790.0309-0.07370.00250.16190.0934-0.27550.04890.0304-0.0474-0.01510.114-0.01040.0955-13.37563.71965.9795
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 81
2X-RAY DIFFRACTION2A82 - 217
3X-RAY DIFFRACTION3A218 - 322
4X-RAY DIFFRACTION4A323 - 440
5X-RAY DIFFRACTION5B1 - 165
6X-RAY DIFFRACTION6B166 - 243
7X-RAY DIFFRACTION7B244 - 311
8X-RAY DIFFRACTION8B312 - 440

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る