+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6dux | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | 2.25 Angstrom Resolution Crystal Structure of 6-phospho-alpha-glucosidase from Klebsiella pneumoniae in Complex with NAD. | ||||||
![]() | 6-phospho-alpha-glucosidase | ||||||
![]() | HYDROLASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / 6-phospho-alpha-glucosidase / NAD | ||||||
機能・相同性 | ![]() maltose-6'-phosphate glucosidase / maltose-6'-phosphate glucosidase activity / sucrose metabolic process / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Endres, M. / Satchell, K.J.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: A Structural Systems Biology Approach to High-Risk CG23 Klebsiella pneumoniae. 著者: Inniss, N.L. / Kochan, T.J. / Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Chang, C. / Tan, K. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Pshenychnyi, S. / Wu, R. / Dubrovska, I. / Babnigg, G. / Endres, M. / ...著者: Inniss, N.L. / Kochan, T.J. / Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Chang, C. / Tan, K. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Pshenychnyi, S. / Wu, R. / Dubrovska, I. / Babnigg, G. / Endres, M. / Anderson, W.F. / Hauser, A.R. / Joachimiak, A. / Satchell, K.J.F. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 357.9 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 297.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6dt3C ![]() 6dvvC ![]() 6dxnC ![]() 6e85C ![]() 6nauC ![]() 6nbgC ![]() 6ndiC ![]() 6wn5C ![]() 6wn8C ![]() 6x1lC ![]() 7rjjC ![]() 7tl5C ![]() 7tzpC C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ | |
その他のデータベース |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||
単位格子 |
| |||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-
要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 50334.691 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
---|
-非ポリマー , 7種, 370分子 ![](data/chem/img/NAD.gif)
![](data/chem/img/LMR.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/BCT.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/LMR.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/BCT.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-LMR / ( | #4: 化合物 | ChemComp-ACT / | #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-CL / #7: 化合物 | ChemComp-BCT / | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.9 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: Protein: 10.3 mg/ml, 0.01M Tris-HCl pH 8.3, 2mM NAD; Screen: Classics II (B11) 2.1M DL-malic acid pH 7.0; Cryo: Screen + 20% glycerol. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年6月6日 / 詳細: C(111) |
放射 | モノクロメーター: Be / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97872 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.25→30 Å / Num. obs: 46596 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.5 % / Biso Wilson estimate: 40.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.109 / Rsym value: 0.102 / Χ2: 1.367 / Net I/σ(I): 22.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.25→2.29 Å / 冗長度: 8.6 % / Rmerge(I) obs: 0.782 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 2254 / CC1/2: 0.854 / Rpim(I) all: 0.282 / Rrim(I) all: 0.832 / Rsym value: 0.782 / Χ2: 1.009 / % possible all: 100 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 49.003 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.25→29.89 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|