PDB-6duf: Crystal structure of HIV-1 reverse transcriptase V106A/F227L muta...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6duf

タイトル

Crystal structure of HIV-1 reverse transcriptase V106A/F227L mutant in complex with non-nucleoside inhibitor 25a

要素

p51 RT
p66 RT

キーワード

REPLICATION / HIV-1 reverse transcriptase / non-nucleoside inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency ...
類似検索 - 分子機能

HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1 / HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.963 Å

データ登録者

Yang, Y. / Nguyen, L.A. / Smithline, Z.B. / Steitz, T.A.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2018
タイトル: Structural basis for potent and broad inhibition of HIV-1 RT by thiophene[3,2-d]pyrimidine non-nucleoside inhibitors.
著者: Yang, Y. / Kang, D. / Nguyen, L.A. / Smithline, Z.B. / Pannecouque, C. / Zhan, P. / Liu, X. / Steitz, T.A.

履歴

登録	2018年6月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年8月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年11月20日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6duf.cif.gz	436.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6duf.ent.gz	355.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6duf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6duf_validation.pdf.gz	829.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6duf_full_validation.pdf.gz	850.8 KB	表示
XML形式データ	6duf_validation.xml.gz	44.2 KB	表示
CIF形式データ	6duf_validation.cif.gz	63.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/du/6duf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/du/6duf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6c0jC 6c0kC 6c0lC 6c0nC 6c0oC 6c0pC 6c0rC 6cgfC 6dugC 6duhC 4g1qS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6x4d-d 3is9-d 1sv5-d 5tuq-d 5vqq-d 4kko-d 1tvr-d 4i2p-d 5c25-d 5ter-d 5vqt-d 6dug-d 4ig3-d 5cym-d 4rw4-d 6c0k-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#33 - 2002年9月 HIV逆転写酵素 (HIV Reverse Transcriptase) 類似性 (1) #227 - 2018年11月テロメラーゼ (Telomerase) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1)

登録構造単位

A: p66 RT

B: p51 RT

ヘテロ分子

117 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	162.061, 72.955, 108.989
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.08, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質	p66 RT / Reverse transcriptase/ribonuclease H / Exoribonuclease H 分子量: 63927.168 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 600-1154 / 変異: V106A, K172A, K173A, F227L, C280S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス) 遺伝子: gag-pol / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase, retroviral ribonuclease H
#2: タンパク質	p51 RT 分子量: 50039.488 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 600-1027 / 変異: C280S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス) 遺伝子: gag-pol / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03366

#1: タンパク質

p66 RT / Reverse transcriptase/ribonuclease H / Exoribonuclease H

分子量: 63927.168 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 600-1154 / 変異: V106A, K172A, K173A, F227L, C280S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: gag-pol / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase, retroviral ribonuclease H

#2: タンパク質

p51 RT

分子量: 50039.488 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 600-1027 / 変異: C280S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: gag-pol / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03366

-
非ポリマー , 6種, 594分子

#3: 化合物	ChemComp-K5C / 4-({4-[(4-{4-[(E)-2-cyanoethenyl]-2,6-dimethylphenoxy}thieno[3,2-d]pyrimidin-2-yl)amino]piperidin-1-yl}methyl)benzene-1-sulfonamide / 4-[[4-[[4-[4-[(E)-2-シアノエテニル]-2,6-ジメチルフェノキシ]チエノ[3,2-d]ピリミジン-(以下略) 分子量: 574.717 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₉H₃₀N₆O₃S₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#7: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 564 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 56 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 50 mM MES buffer (pH 6.0-6.6), 10% (v/v) polyethylene glycol (PEG) 8000, 100 mM ammonium sulfate, 15 mM magnesium sulfate, and 10 mM spermine PH範囲: 6.0-6.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.963→54.68 Å / Num. obs: 87349 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 52.01 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.03545 / R_pim(I) all: 0.02196 / R_sym value: 0.04182 / Net I/σ(I): 15.3
反射シェル	解像度: 1.963→2.08 Å / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 1.1 / Mean I/σ(I) obs: 0.98 / Num. unique obs: 13969 / CC_1/2: 0.43 / R_rim(I) all: 1.307 / % possible all: 96.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4G1Q

4g1q

解像度: 1.963→54.68 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.42

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2282	4365	5 %	Random selection
R_work	0.1837	-	-	-
obs	0.1859	87321	97.42 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.963→54.68 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7922	0	162	565	8649

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	8304
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.075	11258
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.755	7004
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.066	1205
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1404

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9629-1.9852	0.362	139	0.335	2650	X-RAY DIFFRACTION	93
1.9852-2.0085	0.3492	142	0.3204	2689	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0085-2.033	0.3058	147	0.3014	2782	X-RAY DIFFRACTION	98
2.033-2.0588	0.3187	145	0.292	2754	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0588-2.0859	0.3168	145	0.2736	2755	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0859-2.1144	0.2718	145	0.2595	2761	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1144-2.1447	0.3118	145	0.256	2758	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1447-2.1767	0.2992	143	0.2488	2739	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1767-2.2107	0.2917	146	0.2443	2774	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2107-2.2469	0.2805	144	0.231	2725	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2469-2.2857	0.2932	144	0.2283	2742	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2857-2.3272	0.2433	141	0.2208	2672	X-RAY DIFFRACTION	95
2.3272-2.372	0.2504	146	0.2192	2772	X-RAY DIFFRACTION	98
2.372-2.4204	0.2796	147	0.2144	2802	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4204-2.473	0.2655	148	0.2081	2815	X-RAY DIFFRACTION	99
2.473-2.5306	0.2553	147	0.1986	2793	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5306-2.5939	0.2659	146	0.1956	2767	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5939-2.664	0.2452	146	0.1941	2778	X-RAY DIFFRACTION	99
2.664-2.7424	0.2732	147	0.192	2784	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7424-2.8309	0.2391	146	0.1894	2780	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8309-2.9321	0.2217	147	0.1834	2803	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9321-3.0494	0.2639	149	0.1889	2813	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0494-3.1882	0.2439	145	0.185	2762	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1882-3.3563	0.2099	136	0.1838	2594	X-RAY DIFFRACTION	91
3.3563-3.5665	0.2203	148	0.1814	2808	X-RAY DIFFRACTION	98
3.5665-3.8418	0.2392	149	0.1658	2836	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8418-4.2283	0.202	149	0.1546	2829	X-RAY DIFFRACTION	99
4.2283-4.8398	0.1887	149	0.1524	2823	X-RAY DIFFRACTION	99
4.8398-6.0964	0.227	147	0.1783	2801	X-RAY DIFFRACTION	97
6.0964-54.7018	0.1937	147	0.1788	2795	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5247	0.6256	-1.0161	0.152	0.2024	2.483	0.358	-0.2597	0.0274	0.5102	-0.1362	0.3717	-0.0248	-0.0632	-0.1954	0.9829	-0.0196	0.1509	0.6053	0.0683	0.5177	45.9586	-16.9047	64.4392
2	1.3585	0.6875	1.6678	1.3604	1.0601	2.3762	0.4169	-0.4548	-0.447	0.4666	0.1118	0.2552	0.4223	-0.4987	-0.5609	0.6854	-0.056	0.0054	0.6757	0.232	0.699	42.8786	-24.8639	40.9081
3	2.7223	-1.222	1.2136	1.1283	-0.6035	0.9347	-0.0023	-0.2795	-0.4299	0.0921	0.2352	0.3979	0.0709	-0.2926	-0.1993	0.3392	-0.0337	0.0353	0.42	0.0248	0.46	24.3773	-3.3467	11.7328
4	3.5956	-0.3626	0.8417	4.305	0.0646	2.8403	0.0025	-0.1367	0.1548	0.4318	-0.1039	-0.1353	-0.1949	0.3237	0.0693	0.5079	-0.0518	-0.0064	0.4964	0.0188	0.3581	56.5834	2.1815	36.5611
5	1.4538	-0.0548	0.1827	3.0135	-1.169	0.7467	-0.4892	0.4126	0.8581	0.1886	0.2005	-0.0774	-0.4576	0.5027	0.1033	0.8857	-0.2468	-0.1324	0.8	0.1388	0.8725	58.7833	22.8208	31.6573
6	2.3975	-0.6275	0.4023	2.1795	-0.3312	1.5414	0.0779	-0.4293	0.4534	0.6112	-0.2313	-0.4494	-0.2237	0.4379	0.0321	0.7048	-0.1723	-0.1018	0.6035	-0.0164	0.4911	60.932	9.0539	39.1798
7	2.1456	0.7515	-0.57	1.9328	0.963	2.7042	-0.3889	1.616	0.4976	-0.8433	0.5162	-0.6423	-0.1685	1.1348	-0.1066	0.8477	-0.3377	-0.0128	1.2816	0.1442	1.0432	66.1357	22.1526	21.2841
8	1.7201	-0.7438	1.5493	2.5259	-1.5343	3.0968	-0.2176	0.107	0.2724	0.3529	-0.1162	-0.2247	-0.3637	0.0908	0.3058	0.3464	-0.058	0.0515	0.3463	-0.0175	0.3595	36.0834	20.0018	12.2639

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -1 through 146 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 147 through 296 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 297 through 554 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 4 through 83 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 84 through 117 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 118 through 174 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 175 through 240 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 241 through 428 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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