PDB-6c0p: Crystal structure of HIV-1 E138K mutant reverse transcriptase in ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6c0p

タイトル

Crystal structure of HIV-1 E138K mutant reverse transcriptase in complex with non-nucleoside inhibitor 25a

要素

Reverse transcriptase p51 subunit
Reverse transcriptase/ribonuclease H

キーワード

REPLICATION / non-nucleoside inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA-directed DNA polymerase activity / HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / RNA-directed DNA polymerase / viral genome integration into host DNA ...
類似検索 - 分子機能

HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1 / HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Yang, Y. / Nguyen, L.A. / Smithline, Z.B. / Steitz, T.A.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2018
タイトル: Structural basis for potent and broad inhibition of HIV-1 RT by thiophene[3,2-d]pyrimidine non-nucleoside inhibitors.
著者: Yang, Y. / Kang, D. / Nguyen, L.A. / Smithline, Z.B. / Pannecouque, C. / Zhan, P. / Liu, X. / Steitz, T.A.

履歴

登録	2018年1月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年8月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年11月20日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb6c0p.ent.gz	364.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6c0p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6c0p_validation.pdf.gz	847.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6c0p_full_validation.pdf.gz	874.3 KB	表示
XML形式データ	6c0p_validation.xml.gz	46.6 KB	表示
CIF形式データ	6c0p_validation.cif.gz	66.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c0/6c0p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c0/6c0p	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6c0jC 6c0kC 6c0lC 6c0nC 6c0oC 6c0rC 6cgfC 6dufC 6dugC 6duhC 4g1qS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6c0o-d 4idk-d 6x4c-d 4ig3-d 2hny-d 4kfb-d 4i2p-d 4ifv-d 4ify-d 6cgf-d 6x47-d 6c0n-d 2zd1-d 6c0j-d 6ul5-d 6eli-d 5cyq-d 4g1q-d 6x4f-d 5vqv-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#33 - 2002年9月 HIV逆転写酵素 (HIV Reverse Transcriptase) 類似性 (1) #227 - 2018年11月テロメラーゼ (Telomerase) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Reverse transcriptase/ribonuclease H

B: Reverse transcriptase p51 subunit

ヘテロ分子

117 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	162.832, 73.193, 109.308
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.19, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Reverse transcriptase/ribonuclease H / Pr160Gag-Pol 分子量: 63989.238 Da / 分子数: 1 / 変異: K172A, K173A, C280S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス) 遺伝子: gag-pol / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase
#2: タンパク質	Reverse transcriptase p51 subunit / Pr160Gag-Pol 分子量: 50039.555 Da / 分子数: 1 / 変異: E138K, C280S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス) 遺伝子: gag-pol / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase

#1: タンパク質

Reverse transcriptase/ribonuclease H / Pr160Gag-Pol

分子量: 63989.238 Da / 分子数: 1 / 変異: K172A, K173A, C280S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: gag-pol / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase

#2: タンパク質

Reverse transcriptase p51 subunit / Pr160Gag-Pol

分子量: 50039.555 Da / 分子数: 1 / 変異: E138K, C280S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: gag-pol / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase

-
非ポリマー , 6種, 672分子

#3: 化合物	ChemComp-K5C / 4-({4-[(4-{4-[(E)-2-cyanoethenyl]-2,6-dimethylphenoxy}thieno[3,2-d]pyrimidin-2-yl)amino]piperidin-1-yl}methyl)benzene-1-sulfonamide / 4-[[4-[[4-[4-[(E)-2-シアノエテニル]-2,6-ジメチルフェノキシ]チエノ[3,2-d]ピリミジン-(以下略) 分子量: 574.717 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₉H₃₀N₆O₃S₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 化合物	... ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#7: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 633 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.81 Å³/Da / 溶媒含有率: 56 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 50 mM MES buffer (pH 6.0-6.6), 10% (v/v) polyethylene glycol (PEG) 8000, 100 mM ammonium sulfate, 15 mM magnesium sulfate, and 10 mM spermine PH範囲: 6.0-6.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 76514 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 3.5 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.03522 / R_rim(I) all: 0.04145 / Net I/σ(I): 15.83
反射シェル	解像度: 2.05→2.17 Å / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 1.202 / Mean I/σ(I) obs: 0.97 / Num. unique obs: 12221 / CC_1/2: 0.377 / R_rim(I) all: 1.415 / % possible all: 95.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.12_2829)	精密化
XDS	June 1, 2017	データ削減
XDS	June 1, 2017	データスケーリング
PHENIX	1.12_2829	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4G1Q

4g1q

解像度: 2.05→48.84 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.34

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2154	3826	5 %	Random selection
R_work	0.1801	-	-	-
obs	0.1819	76514	96.12 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→48.84 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7926	0	198	633	8757

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	8451
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.638	11452
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.289	5038
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	1223
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1428

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.05-2.076	0.3713	132	0.3526	2513	X-RAY DIFFRACTION	89
2.076-2.1033	0.3774	141	0.3298	2681	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1033-2.1321	0.3514	141	0.3071	2687	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1321-2.1626	0.3076	141	0.2912	2676	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1626-2.1948	0.3373	143	0.2928	2704	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1948-2.2291	0.2861	143	0.2645	2729	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2291-2.2657	0.3248	139	0.2673	2641	X-RAY DIFFRACTION	96
2.2657-2.3047	0.3348	139	0.2498	2642	X-RAY DIFFRACTION	95
2.3047-2.3467	0.2671	143	0.2377	2705	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3467-2.3918	0.3072	142	0.2295	2703	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3918-2.4406	0.2436	144	0.2172	2732	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4406-2.4937	0.2726	141	0.2113	2682	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4937-2.5517	0.261	143	0.205	2713	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5517-2.6155	0.2626	143	0.2046	2734	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6155-2.6862	0.2816	142	0.2049	2693	X-RAY DIFFRACTION	97
2.6862-2.7652	0.2738	144	0.1983	2739	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7652-2.8545	0.229	142	0.1914	2695	X-RAY DIFFRACTION	97
2.8545-2.9565	0.2507	143	0.1836	2718	X-RAY DIFFRACTION	97
2.9565-3.0748	0.2352	142	0.1901	2698	X-RAY DIFFRACTION	96
3.0748-3.2148	0.2512	138	0.184	2616	X-RAY DIFFRACTION	94
3.2148-3.3842	0.2428	134	0.1819	2542	X-RAY DIFFRACTION	91
3.3842-3.5962	0.2011	145	0.1699	2765	X-RAY DIFFRACTION	98
3.5962-3.8737	0.2204	145	0.1588	2740	X-RAY DIFFRACTION	98
3.8737-4.2634	0.1509	144	0.1475	2749	X-RAY DIFFRACTION	97
4.2634-4.8798	0.1656	144	0.1442	2728	X-RAY DIFFRACTION	97
4.8798-6.1461	0.2051	141	0.1767	2677	X-RAY DIFFRACTION	94
6.1461-48.8534	0.19	147	0.1779	2786	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.3855	-0.3212	-1.7952	2.7433	0.3708	2.5849	0.2055	-0.1933	0.1188	1.0182	-0.1393	0.3889	-0.0188	0.0271	-0.04	1.1809	-0.1291	0.1704	0.7418	-0.014	0.504	46.8769	-14.7213	70.4475
2	0.8886	0.3331	-0.3948	0.3714	1.1437	7.2825	0.2162	-0.0831	0.1292	0.2593	-0.0592	0.5628	0.5882	-0.6754	-0.1622	0.966	-0.0054	0.113	0.8634	0.047	0.7201	40.0488	-17.3425	59.0569
3	0.3293	0.0691	-1.057	1.232	1.4611	5.5478	0.1767	-0.1959	-0.1126	0.5308	0.1056	0.079	0.5853	-0.0064	-0.1915	0.8134	0.0112	-0.0936	0.6423	0.0605	0.51	54.1797	-23.1467	52.9425
4	3.404	0.2641	1.2291	2.105	-0.4882	2.9978	0.4073	-1.0595	-1.1115	0.4479	0.2597	0.9498	0.3075	-0.8946	-0.2937	0.6578	-0.1195	-0.0074	0.7622	0.2945	0.9374	30.6648	-21.2341	26.6266
5	4.426	-2.597	1.4444	1.957	-0.8392	1.0669	0.1059	0.0677	-0.1721	-0.0573	0.059	0.1746	0.2087	-0.1057	-0.157	0.4291	-0.0606	0.0201	0.4464	-0.0338	0.4778	23.9886	1.3338	7.2196
6	6.8268	1.2259	1.2954	4.3684	0.5914	5.6874	-0.1689	-0.4887	-0.2056	0.1887	0.2124	0.4125	-0.2544	-0.3886	-0.0609	0.296	0.0337	0.0755	0.5033	0.0976	0.5181	14.2625	8.9448	6.6819
7	5.7422	-0.2362	1.2305	5.9926	0.3415	5.2822	-0.0779	-0.0272	0.3267	0.3625	-0.0684	-0.1192	-0.2958	0.4361	0.0331	0.5153	-0.0624	-0.015	0.4222	0.0433	0.3138	56.6063	2.0097	36.6821
8	3.3755	2.6579	-3.234	8.4531	-8.9278	9.4721	-0.0585	-0.4722	1.3246	1.2165	-0.2603	0.4633	-2.1887	0.9108	0.5199	1.3798	-0.3086	-0.1854	0.9382	0.0228	1.1381	55.4658	27.0927	33.6961
9	2.3905	-0.1034	0.5248	5.3098	-1.8429	2.04	-0.1132	0.0479	0.5147	0.5839	-0.0929	-0.674	-0.4862	0.5979	0.0501	0.7817	-0.2327	-0.0849	0.6919	0.0121	0.5962	62.0137	13.2733	34.3994
10	5.2693	-0.9365	4.9223	0.1689	-0.0423	4.3338	-0.2313	0.803	-0.2059	0.1831	0.2026	-0.2961	-0.4199	1.0323	-0.2084	0.6209	-0.1851	-0.0701	1.1655	0.1841	0.8539	58.0701	22.3491	13.7814
11	2.5073	-0.6823	2.149	2.4452	-1.4879	3.5798	-0.241	0.0845	0.3263	0.3914	-0.0253	-0.144	-0.4187	-0.0237	0.318	0.5304	-0.0468	0.0821	0.4254	-0.0316	0.4429	36.4169	19.6772	13.094

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -1 through 59 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 60 through 96 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 97 through 226 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 227 through 383 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 384 through 473 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 474 through 554 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 4 through 83 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 84 through 104 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 105 through 194 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 195 through 253 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 254 through 428 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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