[日本語] English
万見
- PDB-6due: Toxoplasma gondii MyoA, a Class-XIV myosin, in the pre-powerstrok... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6due
タイトルToxoplasma gondii MyoA, a Class-XIV myosin, in the pre-powerstroke state
要素Myosin A
キーワードMOTOR PROTEIN / Apicomplexan / Myosin / ATPase
機能・相同性
機能・相同性情報


myosin complex / cytoskeletal motor activity / actin binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Class XIV myosin, motor domain / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) / Myosin motor domain profile. / Myosin. Large ATPases. / Kinesin motor domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / TETRAFLUOROALUMINATE ION / Myosin A
類似検索 - 構成要素
生物種Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Powell, C.J. / Boulanger, M.J.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)148596 カナダ
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Structural and mechanistic insights into the function of the unconventional class XIV myosin MyoA fromToxoplasma gondii.
著者: Powell, C.J. / Ramaswamy, R. / Kelsen, A. / Hamelin, D.J. / Warshaw, D.M. / Bosch, J. / Burke, J.E. / Ward, G.E. / Boulanger, M.J.
履歴
登録2018年6月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Myosin A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,1297
ポリマ－88,2981
非ポリマー8316
水45025
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1980 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area32870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.250, 96.230, 92.050
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.980, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Myosin A


分子量: 88298.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Toxoplasma gondii (strain ATCC 50853 / GT1) (トキソプラズマ)
株: ATCC 50853 / GT1 / 遺伝子: TGGT1_235470
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: S7W634

-
非ポリマー , 5種, 31分子

#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-ALF / TETRAFLUOROALUMINATE ION / テトラフルオロアルミナ-ト


分子量: 102.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: AlF4
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.08 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 1:1 protein solution to reservoir solution (22% PEG8000, 200 mM ammonium sulfate, 100 mM MES, pH 6.5), cryoprotectant: reservoir solution + 15% glycerol
PH範囲: 6.5-7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年7月20日
詳細: Flat bent collimating Rh coated mirror, toroidal focussing mirror
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→85.95 Å / Num. obs: 24306 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 49.28 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.124 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.856 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 3495 / % possible all: 96.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4BYF

4byf


解像度: 2.6→48.717 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.09 / 位相誤差: 31.13
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2612 1212 4.99 %
Rwork0.2195 --
obs0.2216 24273 97.26 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 180.27 Å2 / Biso mean: 68.7476 Å2 / Biso min: 28.04 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→48.717 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5824 0 51 25 5900
Biso mean--56.69 53.28 -
残基数----737
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.6-2.70410.37311320.33682508264096
2.7041-2.82720.37991320.30472537266997
2.8272-2.97620.30281340.28762532266697
2.9762-3.16260.34841330.26872545267897
3.1626-3.40680.28371330.24792561269497
3.4068-3.74950.26481360.22722567270398
3.7495-4.29180.25631360.19942575271198
4.2918-5.40610.22381360.17352592272898
5.4061-48.72590.20261400.18452644278498
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 20.9759 Å / Origin y: 2.0842 Å / Origin z: 21.2636 Å
111213212223313233
T0.3873 Å2-0.0068 Å2-0.0355 Å2-0.3486 Å2-0.0488 Å2--0.3781 Å2
L1.7542 °20.3287 °2-0.6435 °2-0.5791 °2-0.1789 °2--1.441 °2
S0.039 Å °-0.0915 Å °0.1363 Å °-0.0639 Å °-0.0141 Å °0.0676 Å °-0.052 Å °-0.2157 Å °-0.0256 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA33 - 777
2X-RAY DIFFRACTION1allA1000 - 1002
3X-RAY DIFFRACTION1allB1 - 3
4X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 25

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る