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- PDB-6dte: GlcNAc-inspired cyclophellitol bound to NagZ -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dte
タイトルGlcNAc-inspired cyclophellitol bound to NagZ
要素Beta-hexosaminidase
キーワードHYDROLASE / Antibiotic potentiator / Antibiotic adjuvant / NagZ / glycosides / epoxide / GlcNAc / Antibiotic resistance / AmpC
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-N-acetylhexosaminidase / peptidoglycan turnover / peptidoglycan biosynthetic process / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall organization / regulation of cell shape / carbohydrate metabolic process / cell division / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Beta-hexosaminidase, bacterial / : / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal domain / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal domain superfamily / Glycosyl hydrolase family 3 N terminal domain / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-H9J / Beta-hexosaminidase
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia cenocepacia (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.929 Å
データ登録者Mark, B.L. / Winogrodzki, J.L.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)201603PJT-361930 カナダ
引用ジャーナル: Chem. Commun. (Camb.) / 年: 2018
タイトル: A mechanism-based GlcNAc-inspired cyclophellitol inactivator of the peptidoglycan recycling enzyme NagZ reverses resistance to beta-lactams in Pseudomonas aeruginosa.
著者: Ho, L.A. / Winogrodzki, J.L. / Debowski, A.W. / Madden, Z. / Vocadlo, D.J. / Mark, B.L. / Stubbs, K.A.
履歴
登録2018年6月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-hexosaminidase
B: Beta-hexosaminidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,8124
ポリマ－76,2342
非ポリマー5782
水15,187843
1
A: Beta-hexosaminidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,4062
ポリマ－38,1171
非ポリマー2891
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Beta-hexosaminidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,4062
ポリマ－38,1171
非ポリマー2891
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)48.910, 88.140, 67.310
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.03, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Beta-hexosaminidase / Beta-N-acetylhexosaminidase / N-acetyl-beta-glucosaminidase


分子量: 38116.766 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia cenocepacia (バクテリア)
遺伝子: nagZ, A8E72_12990, A8F51_10310, A8F55_30255, BCN122_I0864, BCN122_I2678, BCN122_II1911, UE95_02480
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A125HFC0, beta-N-acetylhexosaminidase
#2: 化合物 ChemComp-H9J / 2,2,2-trifluoro-N-[(1R,2R,3R,4R,5R,6R)-2,3,5,6-tetrahydroxy-4-(hydroxymethyl)cyclohexyl]acetamide


分子量: 289.206 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C9H14F3NO6
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 843 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.43 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 30-32% PEG8000, 0.1M MES pH 6.6-6.8 / PH範囲: 6.6-6.8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2017年12月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.929→67.27 Å / Num. obs: 42981 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 14.87 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル解像度: 1.929→1.97 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.309 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique obs: 2882 / CC1/2: 0.833 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_3139: ???)精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4G6C

4g6c


解像度: 1.929→40.226 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.16 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2015 2010 4.68 %Random selection
Rwork0.1535 ---
obs0.1557 42953 99.83 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.929→40.226 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5104 0 36 843 5983
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0035288
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6537213
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.763165
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04848
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004940
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.929-1.97720.25881460.21272920X-RAY DIFFRACTION99
1.9772-2.03070.25491310.19542886X-RAY DIFFRACTION100
2.0307-2.09050.22181470.17932914X-RAY DIFFRACTION100
2.0905-2.15790.25961440.17012895X-RAY DIFFRACTION100
2.1579-2.2350.2261380.16182935X-RAY DIFFRACTION100
2.235-2.32450.18551440.15762928X-RAY DIFFRACTION100
2.3245-2.43030.20571470.15442880X-RAY DIFFRACTION100
2.4303-2.55840.23211450.16012940X-RAY DIFFRACTION100
2.5584-2.71870.21581370.16072948X-RAY DIFFRACTION100
2.7187-2.92850.20321440.16012905X-RAY DIFFRACTION100
2.9285-3.22310.21441370.15222926X-RAY DIFFRACTION100
3.2231-3.68920.16831480.13452938X-RAY DIFFRACTION100
3.6892-4.64690.16121470.11652949X-RAY DIFFRACTION100
4.6469-40.23460.1771550.15052979X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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