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- PDB-6dt6: Crystal Structure of the YopH PTP1B Chimera 3 PTPase bound to vanadate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dt6
タイトルCrystal Structure of the YopH PTP1B Chimera 3 PTPase bound to vanadate
要素Targeted effector protein
キーワードHYDROLASE / PTPase / phosphatase / PTP / YopH
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host reactive oxygen species generation / symbiont-mediated disruption of host focal adhesion / protein-tyrosine-phosphatase / protein tyrosine phosphatase activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Protein-tyrosine phosphatase, YopH, N-terminal / Protein-tyrosine phosphatase, YopH, N-terminal domain superfamily / YopH, N-terminal / Type III secreted modular tyrosine phosphatase, SptP/YopH / : / Protein tyrosine phosphatase superfamily / Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain / PTP type protein phosphatase domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase ...Protein-tyrosine phosphatase, YopH, N-terminal / Protein-tyrosine phosphatase, YopH, N-terminal domain superfamily / YopH, N-terminal / Type III secreted modular tyrosine phosphatase, SptP/YopH / : / Protein tyrosine phosphatase superfamily / Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain / PTP type protein phosphatase domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase / Tyrosine-specific protein phosphatase, PTPase domain / Protein-tyrosine phosphatase, catalytic / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain motif / Tyrosine specific protein phosphatases active site. / Protein-tyrosine phosphatase, active site / Tyrosine-specific protein phosphatases domain / Tyrosine specific protein phosphatases domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase-like / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
VANADATE ION / protein-tyrosine-phosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia pestis (ペスト菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.101 Å
データ登録者Morales, Y. / Johnson, S.J. / Hengge, A.C.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM112781 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DBI1228874 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2018
タイトル: A YopH PTP1B Chimera Shows the Importance of the WPD-Loop Sequence to the Activity, Structure, and Dynamics of Protein Tyrosine Phosphatases.
著者: Moise, G. / Morales, Y. / Beaumont, V. / Caradonna, T. / Loria, J.P. / Johnson, S.J. / Hengge, A.C.
履歴
登録2018年6月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22018年9月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Targeted effector protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,7032
ポリマ－33,5881
非ポリマー1151
水1,892105
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.125, 54.781, 96.791
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Targeted effector protein / Type III secretion injected virulence protein / YopH


分子量: 33587.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Residues 163-186 not visible / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 遺伝子: yopH, YPCD1.67c / プラスミド: pD-Nus1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O68720
#2: 化合物 ChemComp-VO4 / VANADATE ION


分子量: 114.939 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: VO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 105 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.56 % / Mosaicity: 0.732 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7.5 / 詳細: Hepes, PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.127 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月28日 / 詳細: Rh coated flat mirror
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.127 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 15742 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 35.72 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.152 / Rpim(I) all: 0.077 / Rrim(I) all: 0.171 / Χ2: 2.107 / Net I/av σ(I): 15.9 / Net I/σ(I): 5.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.1-2.184.40.9561.615290.5690.4941.0821.04299.8
2.18-2.264.70.7915390.830.3960.8881.13599.7
2.26-2.374.90.61815540.7650.3030.6911.24499.9
2.37-2.494.90.49115520.8250.2420.551.36599.7
2.49-2.654.90.37315530.8880.1840.4181.52699.9
2.65-2.854.80.29115690.9290.1430.3261.93499.7
2.85-3.144.80.21715600.9610.1070.2432.4299.8
3.14-3.594.50.14715810.980.0740.1663.20599.4
3.59-4.524.40.09916080.990.0510.1123.86599.3
4.52-504.40.07616970.9920.040.0873.4699.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdbid 4YAA

4yaa


解像度: 2.101→36.573 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.26
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2268 786 5.01 %
Rwork0.1745 --
obs0.177 15697 99.29 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 114.25 Å2 / Biso mean: 42.4382 Å2 / Biso min: 21.78 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.101→36.573 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2169 0 5 105 2279
Biso mean--60.79 47.34 -
残基数----282
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082205
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8762983
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053342
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005395
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.7831897
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1007-2.23230.30041250.23492391251698
2.2323-2.40460.25231300.206224372567100
2.4046-2.64660.24621300.189524772607100
2.6466-3.02940.25861290.184724842613100
3.0294-3.8160.2111330.170824952628100
3.816-36.57880.20461390.15442627276699
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.82380.20350.90141.36620.57243.1915-0.1413-0.05890.0537-0.19620.12650.1009-0.4285-0.3843-0.01020.27550.01610.00760.28120.04170.301612.421815.677819.7531
22.0964-0.51110.96812.8785-0.25511.18780.019-0.0498-0.2549-0.03060.06950.28590.3238-0.2396-0.1160.3314-0.0928-0.040.32720.0130.354310.548-1.793111.5867
33.30610.3656-2.8191.87030.12625.0653-0.022-0.27880.09870.31140.0889-0.16560.02270.3048-0.02880.3451-0.0156-0.02680.3045-0.00920.299723.2123-1.751421.3604
40.36370.11260.19332.01080.82262.9637-0.0324-0.09630.02330.18050.0885-0.0916-0.0209-0.1138-0.06330.2542-0.0012-0.00240.29150.0250.297919.26299.930627.5913
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 187 through 287 )A187 - 287
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 288 through 357 )A288 - 357
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 358 through 385 )A358 - 385
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 386 through 468 )A386 - 468

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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