PDB-6dt3: 1.2 Angstrom Resolution Crystal Structure of Nucleoside Triphosph...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6dt3

タイトル

1.2 Angstrom Resolution Crystal Structure of Nucleoside Triphosphatase NudI from Klebsiella pneumoniae in Complex with HEPES

要素

Nucleoside triphosphatase NudI

キーワード

HYDROLASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / putative NUDIX hydrolase / HEPES

機能・相同性

機能・相同性情報

dCTP diphosphatase / dTTP diphosphatase activity / dCTP diphosphatase activity / NADH pyrophosphatase activity / nucleotide diphosphatase / dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae NTUH-K2044 (肺炎桿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.2 Å

データ登録者

Minasov, G. / Shuvalova, L. / Pshenychnyi, S. / Endres, M. / Satchell, K.J.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: Microbiol Resour Announc / 年: 2023
タイトル: A Structural Systems Biology Approach to High-Risk CG23 Klebsiella pneumoniae.
著者: Inniss, N.L. / Kochan, T.J. / Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Chang, C. / Tan, K. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Pshenychnyi, S. / Wu, R. / Dubrovska, I. / Babnigg, G. / Endres, M. / ...

履歴

登録	2018年6月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年6月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6dt3.cif.gz	151.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6dt3.ent.gz	122.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6dt3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6dt3_validation.pdf.gz	443.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6dt3_full_validation.pdf.gz	445.9 KB	表示
XML形式データ	6dt3_validation.xml.gz	16.9 KB	表示
CIF形式データ	6dt3_validation.cif.gz	25.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dt/6dt3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dt/6dt3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6duxC 6dvvC 6dxnC 6e85C 6nauC 6nbgC 6ndiC 6wn5C 6wn8C 6x1lC 7rjjC 7tl5C 7tzpC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2h1h-2 4azo-1 5cx3-2 5qce-d 1kkh-d 2h1h-1 5gxj-d 6dfe-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP96903

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (6) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1) #201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Nucleoside triphosphatase NudI

B: Nucleoside triphosphatase NudI

ヘテロ分子

33.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology, homologous structure 3N77 is a dimer

単位格子

Length a, b, c (Å)	33.140, 39.346, 56.294
Angle α, β, γ (deg.)	77.07, 80.74, 86.20
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Nucleoside triphosphatase NudI / Nucleotide diphosphatase NudI / Pyrimidine deoxynucleoside triphosphate diphosphatase / dCTP ...Nucleotide diphosphatase NudI / Pyrimidine deoxynucleoside triphosphate diphosphatase / dCTP diphosphatase / dTTP diphosphatase / dUTP diphosphatase 分子量: 16653.455 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae NTUH-K2044 (肺炎桿菌) 遺伝子: nudI, B1727_21840 / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Gold 参照: UniProt: A0A1W1Q5B1, nucleotide diphosphatase, dCTP diphosphatase, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用, dUTP diphosphatase
#2: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 343 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.6 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 10.0 mg/mL protein, 0.5 M sodium chloride, 0.01 M Tris, pH 8.3 against Classics II (F8) (0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES, pH 7.5, 25% w/v PEG3350)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2018年4月11日 / 詳細: C(111)
放射	モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.2→30 Å / Num. obs: 78810 / % possible obs: 92.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.8 % / B_iso Wilson estimate: 12.3 Å² / R_merge(I) obs: 0.07 / R_pim(I) all: 0.052 / R_rim(I) all: 0.088 / R_sym value: 0.07 / Χ²: 1.201 / Net I/σ(I): 13.7
反射シェル	解像度: 1.2→1.22 Å / 冗長度: 2.9 % / R_merge(I) obs: 0.79 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 3881 / CC_1/2: 0.593 / R_pim(I) all: 0.563 / R_rim(I) all: 0.973 / R_sym value: 0.79 / Χ²: 1.003 / % possible all: 91.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0222	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.2→27.14 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.974 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.963 / SU B: 1.771 / SU ML: 0.036 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.047 / ESU R Free: 0.046 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.18662	3897	4.9 %	RANDOM
R_work	0.1534	-	-	-
obs	0.15503	74887	92.16 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.812 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.05 Å²	0.61 Å²	-0.47 Å²
2-	-	0.66 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.68 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.2→27.14 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2312	0	15	343	2670

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.014	2618
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	2325
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.4	1.687	3574
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.505	1.689	5478
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.562	5	332
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	27.156	21.274	157
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.458	15	439
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.724	15	26
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	336
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.04	0.02	3071
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.037	0.02	485
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.38	1.051	1271
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.374	1.049	1270
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.614	1.582	1622
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.614	1.584	1623
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2	1.38	1347
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.985	1.38	1347
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.288	1.969	1953
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	2.807	14.602	2950
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	2.806	14.606	2951
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	11.074	3	4943
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	16.896	10	190
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	7.487	10	5039

LS精密化シェル

解像度: 1.2→1.231 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.25	297	-
R_work	0.237	5395	-
obs	-	-	89.65 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6153	-0.0258	-0.1019	0.005	-0.0638	1.6171	-0.0167	-0.0851	-0.0656	0.0023	0.0064	0.0104	-0.0068	-0.0138	0.0103	0.0672	-0.0164	0.0177	0.018	0.0042	0.0624	30.8761	8.4863	21.7907
2	0.7839	0.0059	0.0129	0.3247	-0.2395	0.9516	0.0128	-0.1129	-0.0355	0.0105	0.0212	0.0073	0.0442	-0.0961	-0.034	0.0326	-0.0018	0.0092	0.0266	0.0079	0.0276	25.7199	8.4817	21.6132
3	0.6949	-1.8405	0.1445	11.6068	-0.3065	0.5433	0.011	-0.0194	-0.1609	0.3935	-0.0791	-0.0616	0.0966	-0.1097	0.0681	0.0635	-0.0216	-0.0121	0.0255	-0.007	0.1191	38.8675	-5.8436	9.6754
4	0.4973	0.0759	0.0473	0.2737	-0.2086	1.5973	0.0364	-0.1057	0.0217	0.0701	-0.0247	-0.0211	-0.0762	0.0538	-0.0117	0.043	-0.0082	0.0124	0.0254	-0.0029	0.029	33.3613	12.5077	25.7536
5	3.0749	2.654	-1.2404	3.2856	-1.4319	0.7526	-0.0525	0.0596	-0.0652	-0.0845	-0.0013	-0.0666	0.0123	-0.0334	0.0538	0.0214	0.0021	0.0017	0.012	-0.0089	0.0243	22.3722	15.4963	1.6306
6	1.3802	0.4262	0.0678	2.3017	-0.1572	1.6606	0.0433	0.0854	0.0318	0.0557	0.0097	0.0416	0.013	-0.162	-0.053	0.0089	0.0058	0.0089	0.0275	0.0085	0.0256	20.3367	25.7872	-6.6064
7	1.3396	-0.7976	0.4912	2.1975	-1.8739	3.647	0.0992	0.1082	-0.0796	-0.1047	-0.0083	0.0593	0.1329	-0.0063	-0.0909	0.0172	0.0065	-0.0035	0.0108	-0.004	0.0321	32.6082	14.7869	-5.3293
8	0.5539	0.0879	-0.0827	0.5341	-0.2324	0.7216	0.0029	0.0476	0.0517	-0.0057	-0.0198	-0.0108	-0.0527	-0.043	0.0169	0.0149	0.0093	0.0065	0.0117	0.0041	0.0332	22.9702	24.4334	-1.6586

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-1 - 24
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	25 - 75
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	76 - 88
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	89 - 141
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	-2 - 13
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	14 - 39
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	40 - 61
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	62 - 141

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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