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- PDB-6ds1: Crystal structure of Cj0485 dehydrogenase in complex with NADP+ -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ds1
タイトルCrystal structure of Cj0485 dehydrogenase in complex with NADP+
要素Putative oxidoreductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / dehydrogenase
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Oxidoreductase
類似検索 - 構成要素
生物種Campylobacter jejuni subsp. jejuni serotype O:2 (カンピロバクター)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.119 Å
データ登録者Pluvinage, B. / Boraston, A.B.
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2020
タイトル: The gastrointestinal pathogen Campylobacter jejuni metabolizes sugars with potential help from commensal Bacteroides vulgatus.
著者: Garber, J.M. / Nothaft, H. / Pluvinage, B. / Stahl, M. / Bian, X. / Porfirio, S. / Enriquez, A. / Butcher, J. / Huang, H. / Glushka, J. / Line, E. / Gerlt, J.A. / Azadi, P. / Stintzi, A. / ...著者: Garber, J.M. / Nothaft, H. / Pluvinage, B. / Stahl, M. / Bian, X. / Porfirio, S. / Enriquez, A. / Butcher, J. / Huang, H. / Glushka, J. / Line, E. / Gerlt, J.A. / Azadi, P. / Stintzi, A. / Boraston, A.B. / Szymanski, C.M.
履歴
登録2018年6月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative oxidoreductase
B: Putative oxidoreductase
C: Putative oxidoreductase
D: Putative oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,43415
ポリマ－122,0874
非ポリマー3,34711
水8,485471
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21690 Å2
ΔGint-121 kcal/mol
Surface area33720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.504, 68.462, 70.718
Angle α, β, γ (deg.)89.310, 113.430, 115.670
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Putative oxidoreductase


分子量: 30521.822 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Campylobacter jejuni subsp. jejuni serotype O:2 (strain ATCC 700819 / NCTC 11168) (カンピロバクター)
株: ATCC 700819 / NCTC 11168 / 遺伝子: Cj0485 / プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q0PB28
#2: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 471 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.73 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 23-26% PEG 4000, 0.08 M Tris, 0.15 M MgCl2 (H2O)6 and 20% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-002 / 波長: 1.54187 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54187 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.119→30 Å / Num. obs: 57901 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 25.69 Å2 / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.116 / Rpim(I) all: 0.059 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 2.15→2.19 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.385 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / CC1/2: 0.77 / Rpim(I) all: 0.299 / % possible all: 95.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6DRR

6drr


解像度: 2.119→29.464 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 22.85
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2139 2805 4.98 %
Rwork0.1588 --
obs0.1617 56342 95.14 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 79.74 Å2 / Biso mean: 27.3872 Å2 / Biso min: 10.04 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.119→29.464 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8068 0 214 471 8753
Biso mean--28.04 30.88 -
残基数----1037
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1189-2.15550.2401560.1721454151051
2.1555-2.19460.26721020.19142265236779
2.1946-2.23680.30731020.18712411251386
2.2368-2.28250.28491290.18682656278593
2.2825-2.33210.2561600.18172655281597
2.3321-2.38630.2621580.16972789294799
2.3863-2.4460.25641520.169128503002100
2.446-2.51210.26861420.170927782920100
2.5121-2.58590.25911270.163528222949100
2.5859-2.66940.25471460.170427862932100
2.6694-2.76470.24451570.180428202977100
2.7647-2.87530.26691290.169828422971100
2.8753-3.0060.23781240.168228412965100
3.006-3.16440.22331460.169228172963100
3.1644-3.36230.19671480.157827972945100
3.3623-3.62150.21710.147828132984100
3.6215-3.98520.20421720.144427642936100
3.9852-4.560.17281730.138227972970100
4.56-5.73820.17931520.142627952947100
5.7382-29.46680.16611590.151227852944100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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