PDB-6qhe: Alcohol Dehydrogenase from Arthrobacter sp. TS-15 in complex with NAD+

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6qhe

タイトル

Alcohol Dehydrogenase from Arthrobacter sp. TS-15 in complex with NAD+

要素

Alcohol Dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Oxidroreductase / Dehydrogenase / Ketoreductase / SDR / NAD

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Arthrobacter (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.83 Å

データ登録者

Lockie, C. / Beloti, L. / Shanati, T. / Ansorge-Schumacher, M. / Grogan, G.

引用

ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2019
タイトル: Two Enantiocomplementary Ephedrine Dehydrogenases from Arthrobacter sp. TS-15 with Broad Substrate Specificity
著者: Shanati, T. / Lockie, C. / Beloti, L. / Grogan, G. / Ansorge-Schumacher, M.

履歴

登録	2019年1月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年11月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6qhe.cif.gz	311.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6qhe.ent.gz	252.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6qhe.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qh/6qhe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qh/6qhe	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1vl8S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4glo-d 6ds1-d 4gvx-2 4gkb-d 6ci8-1 7do5-1 3ay7-1 3cxr-1 6wem-d 7do6-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Alcohol Dehydrogenase

B: Alcohol Dehydrogenase

C: Alcohol Dehydrogenase

D: Alcohol Dehydrogenase

E: Alcohol Dehydrogenase

F: Alcohol Dehydrogenase

ヘテロ分子

176 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Alcohol Dehydrogenase

C: Alcohol Dehydrogenase

D: Alcohol Dehydrogenase

F: Alcohol Dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
117 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Alcohol Dehydrogenase

E: Alcohol Dehydrogenase

ヘテロ分子

B: Alcohol Dehydrogenase

E: Alcohol Dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
116 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.731, 119.041, 348.578
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	E-301- NA
2	1	B-499- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	MET	MET	GLU	GLU	B	B	1 - 257	2 - 258
2	1	MET	MET	GLU	GLU	A	A	1 - 257	2 - 258
1	2	MET	MET	GLU	GLU	B	B	1 - 257	2 - 258
2	2	MET	MET	GLU	GLU	C	C	1 - 257	2 - 258
1	3	MET	MET	GLU	GLU	B	B	1 - 257	2 - 258
2	3	MET	MET	GLU	GLU	D	D	1 - 257	2 - 258
1	4	MET	MET	TYR	TYR	B	B	1 - 258	2 - 259
2	4	MET	MET	TYR	TYR	E	E	1 - 258	2 - 259
1	5	MET	MET	GLU	GLU	B	B	1 - 257	2 - 258
2	5	MET	MET	GLU	GLU	F	F	1 - 257	2 - 258
1	6	HIS	HIS	GLU	GLU	A	A	0 - 257	1 - 258
2	6	HIS	HIS	GLU	GLU	C	C	0 - 257	1 - 258
1	7	HIS	HIS	TYR	TYR	A	A	0 - 258	1 - 259
2	7	HIS	HIS	TYR	TYR	D	D	0 - 258	1 - 259
1	8	MET	MET	GLU	GLU	A	A	1 - 257	2 - 258
2	8	MET	MET	GLU	GLU	E	E	1 - 257	2 - 258
1	9	HIS	HIS	GLU	GLU	A	A	0 - 257	1 - 258
2	9	HIS	HIS	GLU	GLU	F	F	0 - 257	1 - 258
1	10	HIS	HIS	GLU	GLU	C	C	0 - 257	1 - 258
2	10	HIS	HIS	GLU	GLU	D	D	0 - 257	1 - 258
1	11	MET	MET	GLU	GLU	C	C	1 - 257	2 - 258
2	11	MET	MET	GLU	GLU	E	E	1 - 257	2 - 258
1	12	HIS	HIS	TYR	TYR	C	C	0 - 258	1 - 259
2	12	HIS	HIS	TYR	TYR	F	F	0 - 258	1 - 259
1	13	MET	MET	GLU	GLU	D	D	1 - 257	2 - 258
2	13	MET	MET	GLU	GLU	E	E	1 - 257	2 - 258
1	14	HIS	HIS	GLU	GLU	D	D	0 - 257	1 - 258
2	14	HIS	HIS	GLU	GLU	F	F	0 - 257	1 - 258
1	15	MET	MET	GLU	GLU	E	E	1 - 257	2 - 258
2	15	MET	MET	GLU	GLU	F	F	1 - 257	2 - 258

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

#1: タンパク質	Alcohol Dehydrogenase 分子量: 28695.512 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Arthrobacter (バクテリア) / Variant: TS-15 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A545BBS8*PLUS, alcohol dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION 分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 775 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.6 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 100 mM bis-Tris pH 5.5; 25% (w/v) PEG 3350; 200 mM MgCL2; 5 mM NAD+

-
データ収集

回折	平均測定温度: 120 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.83→52.92 Å / Num. obs: 147773 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.1 % / B_iso Wilson estimate: 25 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.06 / R_pim(I) all: 0.04 / Net I/σ(I): 16.8
反射シェル	解像度: 1.83→1.86 Å / 冗長度: 8.2 % / R_merge(I) obs: 0.75 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 7240 / CC_1/2: 0.84 / R_pim(I) all: 0.42 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0238	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1VL8

1vl8

解像度: 1.83→48.28 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.972 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.965 / SU B: 2.445 / SU ML: 0.072 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.109 / ESU R Free: 0.1 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.18166	7349	5 %	RANDOM
R_work	0.15947	-	-	-
obs	0.16059	140332	99.98 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.507 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.3 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	1.69 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.98 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.83→48.28 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11302	0	224	776	12302

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	11788
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	10901
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.574	1.625	16075
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.51	1.575	25165
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.992	5	1578
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.85	22.77	527
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.815	15	1793
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.304	15	66
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	1644
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	13565
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2356
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.531	2.913	6243
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.526	2.913	6242
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.167	4.35	7799
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.167	4.351	7800
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.727	3.248	5545
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.727	3.248	5546
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.21	4.741	8262
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.011	36.149	13092
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.975	35.938	12949
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	B	7700	0.06
1	2	A	7700	0.06
2	1	B	7720	0.07
2	2	C	7720	0.07
3	1	B	7599	0.09
3	2	D	7599	0.09
4	1	B	7681	0.08
4	2	E	7681	0.08
5	1	B	7757	0.07
5	2	F	7757	0.07
6	1	A	7800	0.07
6	2	C	7800	0.07
7	1	A	7717	0.09
7	2	D	7717	0.09
8	1	A	7743	0.08
8	2	E	7743	0.08
9	1	A	7787	0.07
9	2	F	7787	0.07
10	1	C	7576	0.09
10	2	D	7576	0.09
11	1	C	7658	0.08
11	2	E	7658	0.08
12	1	C	7765	0.07
12	2	F	7765	0.07
13	1	D	7560	0.1
13	2	E	7560	0.1
14	1	D	7639	0.09
14	2	F	7639	0.09
15	1	E	7618	0.09
15	2	F	7618	0.09

LS精密化シェル

解像度: 1.83→1.878 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.278	532	-
R_work	0.237	10308	-
obs	-	-	99.97 %

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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