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- PDB-6do1: Structure of nanobody-stabilized angiotensin II type 1 receptor b... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6do1
タイトルStructure of nanobody-stabilized angiotensin II type 1 receptor bound to S1I8
要素
  • Angiotensin-like peptide S1I8
  • Nanobody Nb.AT110i1
  • Type-1 angiotensin II receptor,Soluble cytochrome b562 BRIL fusion protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / nanobody / GPCR / synthetic antibody
機能・相同性
機能・相同性情報


angiotensin type I receptor activity / angiotensin type II receptor activity / phospholipase C-activating angiotensin-activated signaling pathway / regulation of renal sodium excretion / maintenance of blood vessel diameter homeostasis by renin-angiotensin / bradykinin receptor binding / renin-angiotensin regulation of aldosterone production / positive regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / positive regulation of cholesterol metabolic process / low-density lipoprotein particle remodeling ...angiotensin type I receptor activity / angiotensin type II receptor activity / phospholipase C-activating angiotensin-activated signaling pathway / regulation of renal sodium excretion / maintenance of blood vessel diameter homeostasis by renin-angiotensin / bradykinin receptor binding / renin-angiotensin regulation of aldosterone production / positive regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / positive regulation of cholesterol metabolic process / low-density lipoprotein particle remodeling / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation / regulation of systemic arterial blood pressure by renin-angiotensin / regulation of vasoconstriction / Rho protein signal transduction / Peptide ligand-binding receptors / blood vessel diameter maintenance / angiotensin-activated signaling pathway / cell chemotaxis / kidney development / regulation of cell growth / calcium-mediated signaling / electron transport chain / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / positive regulation of inflammatory response / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / regulation of cell population proliferation / Clathrin-mediated endocytosis / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / regulation of inflammatory response / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G alpha (q) signalling events / periplasmic space / electron transfer activity / G protein-coupled receptor signaling pathway / iron ion binding / inflammatory response / protein heterodimerization activity / heme binding / symbiont entry into host cell / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Angiotensin II receptor type 1 / Angiotensin II receptor family / : / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. ...Angiotensin II receptor type 1 / Angiotensin II receptor family / : / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
(2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / Soluble cytochrome b562 / Type-1 angiotensin II receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Escherichia coli (大腸菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.901 Å
データ登録者Wingler, L.M. / McMahon, C. / Staus, D.P. / Lefkowitz, R.J. / Kruse, A.C.
資金援助 米国, 6件
組織認可番号国
National Institutes of Health/Office of the Director5DP5OD021345 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)R01HL16037 米国
Other privateThe Vallee Foundation 米国
Other privateThe Smith Family Foundation 米国
Other privateMandel Center for Hypertension and Atherosclerosis 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2019
タイトル: Distinctive Activation Mechanism for Angiotensin Receptor Revealed by a Synthetic Nanobody.
著者: Wingler, L.M. / McMahon, C. / Staus, D.P. / Lefkowitz, R.J. / Kruse, A.C.
履歴
登録2018年6月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22019年11月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Type-1 angiotensin II receptor,Soluble cytochrome b562 BRIL fusion protein
B: Type-1 angiotensin II receptor,Soluble cytochrome b562 BRIL fusion protein
C: Nanobody Nb.AT110i1
D: Nanobody Nb.AT110i1
E: Nanobody Nb.AT110i1
F: Nanobody Nb.AT110i1
G: Angiotensin-like peptide S1I8
H: Angiotensin-like peptide S1I8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)156,22020
ポリマ－153,8188
非ポリマー2,40212
水1,36976
1
A: Type-1 angiotensin II receptor,Soluble cytochrome b562 BRIL fusion protein
C: Nanobody Nb.AT110i1
E: Nanobody Nb.AT110i1
H: Angiotensin-like peptide S1I8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,95010
ポリマ－76,9094
非ポリマー1,0416
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Type-1 angiotensin II receptor,Soluble cytochrome b562 BRIL fusion protein
D: Nanobody Nb.AT110i1
F: Nanobody Nb.AT110i1
G: Angiotensin-like peptide S1I8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,27110
ポリマ－76,9094
非ポリマー1,3626
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)135.682, 227.796, 41.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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タンパク質 / 抗体 / タンパク質・ペプチド / 糖 , 4種, 10分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質 Type-1 angiotensin II receptor,Soluble cytochrome b562 BRIL fusion protein / AT1AR / AT1BR / Angiotensin II type-1 receptor / AT1 / Cytochrome b-562 / AT1AR / AT1BR / ...AT1AR / AT1BR / Angiotensin II type-1 receptor / AT1 / Cytochrome b-562 / AT1AR / AT1BR / Angiotensin II type-1 receptor / AT1


分子量: 48514.918 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: AGTR1, AGTR1A, AGTR1B, AT2R1, AT2R1B, cybC / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P30556, UniProt: P0ABE7
#2: 抗体
Nanobody Nb.AT110i1


分子量: 13711.979 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: タンパク質・ペプチド Angiotensin-like peptide S1I8


分子量: 970.169 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 86分子

#5: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物
ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol


分子量: 356.540 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: C21H40O4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 41 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 8
詳細: Protein was reconstituted with a 10:1 (w:w) mix of monoolein and cholesterol. Crystals were grown in cubic phase sandwich plates with using 100 mM Tris pH 8.0, 15-25 mM MgCl2, and 28-29% PEG 300

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月24日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→45.6 Å / Num. obs: 29111 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.6 % / CC1/2: 0.962 / Rrim(I) all: 0.41 / Χ2: 0.96 / Net I/σ(I): 2.1
反射 シェル解像度: 2.9→3.08 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 1.457 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 4662 / CC1/2: 0.562 / Rrim(I) all: 1.697 / Χ2: 0.98 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998)精密化
JBluIce-EPICSデータ収集
Cootモデル構築
PHASER位相決定
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4YAY, 3P0G

4yay

3p0g


解像度: 2.901→43.618 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 41.04 / 立体化学のターゲット値: LS_WUNIT_K1
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3593 1942 6.74 %
Rwork0.3045 --
obs0.3082 28820 97.22 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.901→43.618 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7744 0 110 76 7930
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0038032
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.91210919
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.6814646
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0441277
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041339
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9006-2.97310.38231230.36711935X-RAY DIFFRACTION98
2.9731-3.05350.38391300.36341889X-RAY DIFFRACTION98
3.0535-3.14330.40161330.34631885X-RAY DIFFRACTION98
3.1433-3.24480.39621410.33711925X-RAY DIFFRACTION99
3.2448-3.36070.3611440.33531891X-RAY DIFFRACTION98
3.3607-3.49520.38731350.31421926X-RAY DIFFRACTION98
3.4952-3.65420.35531300.30521909X-RAY DIFFRACTION99
3.6542-3.84670.38131370.28811934X-RAY DIFFRACTION98
3.8467-4.08760.31141490.28041922X-RAY DIFFRACTION98
4.0876-4.40290.31451560.25691896X-RAY DIFFRACTION98
4.4029-4.84550.36051290.25741922X-RAY DIFFRACTION97
4.8455-5.54540.36161470.29451943X-RAY DIFFRACTION97
5.5454-6.9820.34651520.33181946X-RAY DIFFRACTION95
6.982-43.62290.36941360.31921955X-RAY DIFFRACTION91

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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