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- PDB-6dnt: UDP-N-acetylglucosamine 4-epimerase from Methanobrevibacter rumin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dnt
タイトルUDP-N-acetylglucosamine 4-epimerase from Methanobrevibacter ruminantium M1 in complex with UDP-N-acetylmuramic acid
要素NAD-dependent epimerase/dehydratase
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / UDP-N-acetylglucosamine / WbpP / 4-epimerase / UDP-N-acetylmuramic acid
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
UDP-galactose 4-epimerase, domain 1 / UDP-galactose 4-epimerase; domain 1 / NAD-dependent epimerase/dehydratase / NAD dependent epimerase/dehydratase family / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-EPZ / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / NAD-dependent epimerase/dehydratase
類似検索 - 構成要素
生物種Methanobrevibacter ruminantium (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.66 Å
データ登録者Carbone, V. / Schofield, L.R. / Sang, C. / Sutherland-Smith, A.J. / Ronimus, R.S.
資金援助 ニュージーランド, 2件
組織認可番号国
Royal Society of New ZealandAGR1301 ニュージーランド
Pastoral Greenhouse Gas Research Consortium (PGgRc) ニュージーランド
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2018
タイトル: Structural determination of archaeal UDP-N-acetylglucosamine 4-epimerase from Methanobrevibacter ruminantium M1 in complex with the bacterial cell wall intermediate UDP-N-acetylmuramic acid.
著者: Carbone, V. / Schofield, L.R. / Sang, C. / Sutherland-Smith, A.J. / Ronimus, R.S.
履歴
登録2018年6月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年12月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NAD-dependent epimerase/dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,2928
ポリマ－38,6361
非ポリマー1,6577
水5,423301
1
A: NAD-dependent epimerase/dehydratase
ヘテロ分子

A: NAD-dependent epimerase/dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,58416
ポリマ－77,2712
非ポリマー3,31314
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_554-x,-x+y,-z-2/31
Buried area6120 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area25000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.497, 89.497, 82.717
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-403-

ZN

21A-793-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 NAD-dependent epimerase/dehydratase


分子量: 38635.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanobrevibacter ruminantium (strain ATCC 35063 / DSM 1093 / JCM 13430 / OCM 146 / M1) (古細菌)
株: ATCC 35063 / DSM 1093 / JCM 13430 / OCM 146 / M1 / 遺伝子: mru_1413 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D3E402

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非ポリマー , 5種, 308分子

#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-EPZ / (2R)-2-{[(2R,3R,4R,5S,6R)-3-(acetylamino)-2-{[(S)-{[(R)-{[(2R,3S,4R,5R)-5-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methoxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-5-hydroxy-6-(hydroxymethyl)tetrahydro-2H-pyran-4-yl]oxy}propanoic acid / UDP-N-アセチルムラミン酸


分子量: 679.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H31N3O19P2
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 301 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.31 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.9
詳細: 0.2 M NaCl, 0.1 M Bis-Tris pH 5.9 and 25% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→41.36 Å / Num. obs: 45299 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 12.9 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.095 / Net I/σ(I): 22.6
反射 シェル解像度: 1.65→1.68 Å / 冗長度: 10.4 % / Rmerge(I) obs: 0.773 / Num. unique obs: 1292 / CC1/2: 0.736 / Rpim(I) all: 0.248 / Rrim(I) all: 0.815 / % possible all: 56.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRR rigid body: 0.338
最高解像度最低解像度
Rotation39.36 Å2.5 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
Aimless0.5.28データスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.8.0135精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3RU7

3ru7


解像度: 1.66→41.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 1.509 / SU ML: 0.051 / SU R Cruickshank DPI: 0.0792 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.079 / ESU R Free: 0.076
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1717 2149 4.7 %RANDOM
Rwork0.1518 ---
obs0.1527 43115 99.25 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 60.4 Å2 / Biso mean: 17.648 Å2 / Biso min: 8.83 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.04 Å20.02 Å20 Å2
2--0.04 Å2-0 Å2
3----0.14 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.66→41.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2442 0 109 301 2852
Biso mean--17.81 30.8 -
残基数----310
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0192735
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022570
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3891.9893725
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8952.9825965
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8085338
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.57226.098123
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.17215475
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.143157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2404
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023105
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02589
LS精密化 シェル解像度: 1.66→1.703 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.261 128 -
Rwork0.219 2868 -
all-2996 -
obs--90.13 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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