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- PDB-3ru7: Specific recognition of N-acetylated substrates and domain flexib... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3ru7 | ||||||
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Title | Specific recognition of N-acetylated substrates and domain flexibility in WbgU: a UDP-GalNAc 4-epimerase | ||||||
![]() | WbgU | ||||||
![]() | ISOMERASE / epimerase / Rossmann fold / UDP-GalNAc / 4-epimerase / UDP-hexose 4-epimerase / UDP-hexoses / NAD(H) | ||||||
Function / homology | ![]() UDP-N-acetylglucosamine 4-epimerase / UDP-N-acetylglucosamine 4-epimerase activity / O antigen biosynthetic process / nucleotide binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bhatt, V.S. / Guan, W. / Wang, P.G. | ||||||
![]() | ![]() Title: Specific recognition of N-acetylated substrates and domain flexibility in WbgU: a UDP-GalNAc 4-epimerase Authors: Bhatt, V.S. / Guan, W. / G Wang, P. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 543 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 448 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 3ru9C ![]() 3ruaC ![]() 3rucC ![]() 3lu1S C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 39822.105 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 6 types, 112 molecules ![](data/chem/img/NAD.gif)
![](data/chem/img/GLY.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/GLY.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-NAD / #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-NA / #5: Chemical | ChemComp-UNL / Num. of mol.: 4 / Source method: obtained synthetically #6: Chemical | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.46 Å3/Da / Density % sol: 49.97 % |
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Crystal grow | Temperature: 298.15 K / Method: microbatch under oil / pH: 6.5 Details: 25% PEG 3350, 0.2 M Ammonium Sulfate, 200 mM Bis Tris Propane pH 6.5, microbatch under oil, temperature 298.15K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 103 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() |
Detector | Type: RIGAKU / Detector: IMAGE PLATE / Date: Feb 6, 2011 |
Radiation | Monochromator: Osmic Mirrors / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.54 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.6→74.8 Å / Num. all: 46337 / Num. obs: 45596 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 3LU1 Resolution: 2.6→74.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.887 / SU B: 28.765 / SU ML: 0.278 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R Free: 0.365 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 41.547 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.6→74.8 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.605→2.672 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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