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- PDB-6dnk: Human Stimulator of Interferon Genes -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dnk
タイトルHuman Stimulator of Interferon Genes
要素Stimulator of interferon genes protein
キーワードIMMUNE SYSTEM / human STING / complex / 2' / 3'-cGAMP / TMEM173 / Ala230 allelle / 230A/232R
機能・相同性
機能・相同性情報


STING complex / STING mediated induction of host immune responses / STAT6-mediated induction of chemokines / serine/threonine protein kinase complex / protein localization to endoplasmic reticulum / 2',3'-cyclic GMP-AMP binding / proton channel activity / cyclic-di-GMP binding / pattern recognition receptor signaling pathway / cGAS/STING signaling pathway ...STING complex / STING mediated induction of host immune responses / STAT6-mediated induction of chemokines / serine/threonine protein kinase complex / protein localization to endoplasmic reticulum / 2',3'-cyclic GMP-AMP binding / proton channel activity / cyclic-di-GMP binding / pattern recognition receptor signaling pathway / cGAS/STING signaling pathway / IRF3-mediated induction of type I IFN / positive regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / reticulophagy / cellular response to exogenous dsRNA / cellular response to organic cyclic compound / protein complex oligomerization / positive regulation of type I interferon production / positive regulation of macroautophagy / autophagosome membrane / autophagosome assembly / cellular response to interferon-beta / positive regulation of defense response to virus by host / signaling adaptor activity / activation of innate immune response / antiviral innate immune response / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of interferon-beta production / autophagosome / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / secretory granule membrane / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / cytoplasmic vesicle membrane / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / positive regulation of protein binding / peroxisome / regulation of inflammatory response / defense response to virus / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / mitochondrial outer membrane / endosome / Golgi membrane / innate immune response / ubiquitin protein ligase binding / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / protein kinase binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / perinuclear region of cytoplasm / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #5200 / Stimulator of interferon genes protein / : / Stimulator of interferon genes protein / Stimulator of interferon genes protein, C-terminal domain superfamily / Transmembrane protein 173 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #5200 / Stimulator of interferon genes protein / : / Stimulator of interferon genes protein / Stimulator of interferon genes protein, C-terminal domain superfamily / Transmembrane protein 173 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
cGAMP / Stimulator of interferon genes protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Fernandez, D. / Li, L. / Ergun, S.L.
引用
ジャーナル: Cell / 年: 2019
タイトル: STING Polymer Structure Reveals Mechanisms for Activation, Hyperactivation, and Inhibition.
著者: Ergun, S.L. / Fernandez, D. / Weiss, T.M. / Li, L.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2019
タイトル: STING polymer structure reveals mechanisms for activation, hyperactivation, and inhibition
著者: Ergun, S.L. / Fernandez, D. / Weiss, T.M. / Li, L.
履歴
登録2018年6月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.22019年7月24日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.32019年8月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.page_last
改定 1.42023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_id_ISSN ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Stimulator of interferon genes protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,7722
ポリマ－21,0981
非ポリマー6741
水1,20767
1
A: Stimulator of interferon genes protein
ヘテロ分子

A: Stimulator of interferon genes protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,5444
ポリマ－42,1952
非ポリマー1,3492
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_643y+1,x-1,-z-21
Buried area4900 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area15590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.414, 110.414, 35.863
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-557-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Stimulator of interferon genes protein / hSTING / Endoplasmic reticulum interferon stimulator / ERIS / Mediator of IRF3 activation / hMITA / ...hSTING / Endoplasmic reticulum interferon stimulator / ERIS / Mediator of IRF3 activation / hMITA / Transmembrane protein 173


分子量: 21097.717 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TMEM173, ERIS, MITA, STING / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q86WV6
#2: 化合物 ChemComp-1SY / cGAMP / 2',3' cGAMP / c-GMP-AMP / c[G(2',5')pA(3',5')p] / 2′,3′-cGAMP


分子量: 674.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24N10O13P2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.45 % / 解説: Needle
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.7 / 詳細: Sodium sulfate, PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月9日 / 詳細: Rh coated collimating mirrors, K-B focusing mirrors
放射モノクロメーター: Liquid nitrogen-cooled double crystal, non fixed exit slit
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→39.04 Å / Num. obs: 16624 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 33.96 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 1.95→2.06 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.718 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6CY7

6cy7


解像度: 1.95→20.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 4.065 / SU ML: 0.114 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.153 / ESU R Free: 0.149 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.241 876 5.3 %RANDOM
Rwork0.193 ---
obs0.195 15683 98.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.83 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.08 Å20 Å20 Å2
2--0.08 Å20 Å2
3----0.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→20.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1396 0 44 67 1507
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0191480
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.021375
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7712.0072014
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0533126
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.6045174
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.25223.675
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.66215243
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.2111514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1150.2225
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0211675
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02357
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.783.814693
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.7813.809692
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.275.671862
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.2685.678863
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.5714.259787
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.5694.258788
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.7476.2211151
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.46630.6011629
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.40430.5211595
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.337 57 -
Rwork0.271 1140 -
obs--98.52 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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