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- PDB-6dlb: Crystal Structure of an influenza A hemagglutinin antibody Fab CH... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dlb
タイトルCrystal Structure of an influenza A hemagglutinin antibody Fab CH65:1203d4 chimera
要素
  • CH65:1203d4 Fab heavy chain
  • CH65:1203d4 Fab light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Influenza A virus / hemagglutinin / antibody / antibody design / rosetta
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Dong, J. / Finn, J.A. / Crowe, J.E.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2020
タイトル: Identification of Structurally Related Antibodies in Antibody Sequence Databases Using Rosetta-Derived Position-Specific Scoring.
著者: Finn, J.A. / Dong, J. / Sevy, A.M. / Parrish, E. / Gilchuk, I. / Nargi, R. / Scarlett-Jones, M. / Reichard, W. / Bombardi, R. / Voss, T.G. / Meiler, J. / Crowe Jr., J.E.
履歴
登録2018年5月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: CH65:1203d4 Fab heavy chain
L: CH65:1203d4 Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4653
ポリマ－47,3692
非ポリマー961
水3,747208
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3790 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area19850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.493, 67.297, 130.843
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 CH65:1203d4 Fab heavy chain


分子量: 24591.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 CH65:1203d4 Fab light chain


分子量: 22777.139 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 208 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.96 %
結晶化温度: 291.16 K / 手法: 蒸発脱水法 / 詳細: AmSO4 1.8-2.2M, Tris 100 mM pH 8.3

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.9775 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9775 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→46.91 Å / Num. obs: 26563 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.104 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / Rmerge(I) obs: 0.614 / Num. unique all: 3819

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3211: ???)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4wuk

4wuk


解像度: 2.2→43.186 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.78 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2224 1279 4.83 %
Rwork0.1903 --
obs0.1918 26495 99.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→43.186 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3266 0 5 208 3479
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063360
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5994600
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.9861970
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046518
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005590
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.28810.31541270.25322778X-RAY DIFFRACTION100
2.2881-2.39220.29221310.23242773X-RAY DIFFRACTION100
2.3922-2.51830.27631430.23012740X-RAY DIFFRACTION100
2.5183-2.67610.25871700.2272745X-RAY DIFFRACTION100
2.6761-2.88270.29841270.2252782X-RAY DIFFRACTION100
2.8827-3.17270.25471380.20952796X-RAY DIFFRACTION100
3.1727-3.63160.22051680.18562767X-RAY DIFFRACTION100
3.6316-4.57460.17621470.15522838X-RAY DIFFRACTION100
4.5746-43.19460.17841280.16942997X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 11.9704 Å / Origin y: -9.2084 Å / Origin z: -51.3619 Å
111213212223313233
T0.2397 Å20.0217 Å2-0.0283 Å2-0.2782 Å20.0033 Å2--0.3123 Å2
L0.5185 °20.0655 °2-0.6151 °2-0.5631 °20.0845 °2--1.1391 °2
S0.0359 Å °0.0286 Å °0.0779 Å °0.0887 Å °-0.0028 Å °-0.0238 Å °-0.0763 Å °-0.004 Å °-0.0427 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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