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- PDB-6djt: Structure of TYW1 with a lysine-pyruvate adduct bound -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6djt
タイトルStructure of TYW1 with a lysine-pyruvate adduct bound
要素S-adenosyl-L-methionine-dependent tRNA 4-demethylwyosine synthase
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / S-Adenosylmethionine radical enzymes / tRNA biosynthetic enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA 4-demethylwyosine synthase (AdoMet-dependent) / tRNA-4-demethylwyosine synthase activity / wybutosine biosynthetic process / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
S-adenosyl-L-methionine-dependent tRNA 4-demethylwyosine synthase, archaea / tRNA wybutosine-synthesis / S-adenosyl-L-methionine-dependent tRNA 4-demethylwyosine synthase / Wyosine base formation / Radical SAM superfamily / Radical SAM core domain profile. / Radical SAM / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel ...S-adenosyl-L-methionine-dependent tRNA 4-demethylwyosine synthase, archaea / tRNA wybutosine-synthesis / S-adenosyl-L-methionine-dependent tRNA 4-demethylwyosine synthase / Wyosine base formation / Radical SAM superfamily / Radical SAM core domain profile. / Radical SAM / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FE2/S3 CLUSTER / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / IRON/SULFUR CLUSTER / S-adenosyl-L-methionine-dependent tRNA 4-demethylwyosine synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.64 Å
データ登録者Grell, T.A.J. / Drennan, C.L.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM72623 米国
National Science Foundation (NSF, United States)1122374 米国
引用ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2018
タイトル: Biochemical and Structural Characterization of a Schiff Base in the Radical-Mediated Biosynthesis of 4-Demethylwyosine by TYW1.
著者: Grell, T.A.J. / Young, A.P. / Drennan, C.L. / Bandarian, V.
履歴
登録2018年5月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年6月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 1.42023年11月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: S-adenosyl-L-methionine-dependent tRNA 4-demethylwyosine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,52113
ポリマ－39,0111
非ポリマー1,51012
水3,441191
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.260, 80.109, 86.456
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 S-adenosyl-L-methionine-dependent tRNA 4-demethylwyosine synthase / MjTYW1 / tRNA wyosine derivatives biosynthesis protein Taw1


分子量: 39011.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
遺伝子: taw1, MJ0257 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q57705, tRNA 4-demethylwyosine synthase (AdoMet-dependent)

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非ポリマー , 5種, 203分子

#2: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-FS0 / FE2/S3 CLUSTER


分子量: 208.893 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2HS3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 191 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.44 %
結晶化温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 100 mM potassium phosphate monobasic /sodium phosphate dibasic pH 6.2, 10% (w/v) PEG 3000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年8月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.64→50 Å / Num. obs: 47373 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.942 / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 30.2
反射 シェル解像度: 1.64→1.7 Å / 冗長度: 4.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 3369 / CC1/2: 0.942 / Rsym value: 0.689 / % possible all: 68

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2Z2U

2z2u


解像度: 1.64→48.314 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.53
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1954 2382 5.04 %
Rwork0.1683 --
obs0.1697 47297 94.02 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.64→48.314 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2425 0 75 191 2691
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072778
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8413770
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.4341716
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055408
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005481
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.64-1.67340.341910.28861791X-RAY DIFFRACTION64
1.6734-1.70980.24431200.26432041X-RAY DIFFRACTION74
1.7098-1.74960.30511190.23472212X-RAY DIFFRACTION81
1.7496-1.79340.25741300.22932464X-RAY DIFFRACTION89
1.7934-1.84180.24551320.21852636X-RAY DIFFRACTION94
1.8418-1.8960.2281430.20822723X-RAY DIFFRACTION98
1.896-1.95720.1991550.17642742X-RAY DIFFRACTION99
1.9572-2.02720.1941460.15622786X-RAY DIFFRACTION100
2.0272-2.10840.20721480.15392800X-RAY DIFFRACTION100
2.1084-2.20430.181420.15312764X-RAY DIFFRACTION100
2.2043-2.32050.20421500.15322803X-RAY DIFFRACTION100
2.3205-2.46590.18561480.15162792X-RAY DIFFRACTION100
2.4659-2.65630.18871420.15742814X-RAY DIFFRACTION100
2.6563-2.92360.18381460.15412836X-RAY DIFFRACTION100
2.9236-3.34650.16851580.14632830X-RAY DIFFRACTION100
3.3465-4.21590.15391460.14172887X-RAY DIFFRACTION100
4.2159-48.3350.21981660.19722994X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0155-0.0102-0.03210.1339-0.20920.41530.0485-0.01860.2680.1831-0.07050.5938-0.5910.0073-0.02130.31110.01860.07740.2344-0.03230.4178-7.07347.8936-20.0358
20.0648-0.03680.0640.0353-0.02740.0386-0.1112-0.13340.02940.1238-0.0735-0.0519-0.33020.1601-00.3182-0.0305-0.02350.25710.01050.224615.82698.5785-19.8008
30.0585-0.08870.01610.1072-0.033-0.01280.1122-0.120.16020.168-0.06390.2341-0.2130.077800.2467-0.01230.03090.2437-0.01250.23981.7070.473-20.0072
40.0711-0.0106-0.0020.1341-0.11390.0932-0.14580.01350.18390.28520.12910.2357-0.32790.049-0.0010.3958-0.04730.00060.3374-0.06990.4855-8.0868-3.1489-17.0134
50.0859-0.0782-0.06290.1416-0.06640.0838-0.02280.12040.1208-0.26660.097-0.0054-0.1553-0.040400.28660.0242-0.00040.21250.00540.28383.228111.0831-30.3504
60.3026-0.06060.05920.1315-0.13940.0628-0.03960.0520.0741-0.2747-0.01070.14420.07010.0482-0.00020.2648-0.00770.00570.2017-0.00690.1976.3730.3139-28.3962
70.67650.16010.32950.48540.07520.3296-0.0125-0.0619-0.0625-0.002-0.02010.03390.34380.09540.00010.26790.01030.03760.2-0.00210.20724.1852-13.0746-12.3527
80.90690.63540.32510.4828-0.0710.8886-0.0018-0.07820.04950.1414-0.0755-0.0211-0.02640.1616-0.00010.22180.0393-0.00410.22860.00810.186516.124-5.5103-6.3137
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 26 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 27 through 48 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 49 through 65 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 66 through 91 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 92 through 117 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 118 through 154 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 155 through 214 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 215 through 311 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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