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- PDB-6dgu: PER-2 class A extended-spectrum beta-lactamase crystal structure ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dgu
タイトルPER-2 class A extended-spectrum beta-lactamase crystal structure at 2.69 Angstrom resolution
要素Beta-lactamase
キーワードHYDROLASE / penicilloil-serine-transferase / antibiotic resistance
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase / beta-lactamase activity / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-A active site / Beta-lactamase class-A active site. / Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family / Beta-lactamase, class-A / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Citrobacter freundii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.691 Å
データ登録者Power, P. / Ruggiero, M. / Gutkind, G. / Bonomo, R. / Klinke, S.
資金援助 アルゼンチン, 2件
組織認可番号国
National Agency for the Promotion of Science and Technology of Argentina (ANPCyT)PICT-2004-0457 アルゼンチン
Fund for Scientific and Technological Research (FONCYT)PPL-2011-2-0003 アルゼンチン
引用ジャーナル: Antimicrob.Agents Chemother. / 年: 2019
タイトル: Structural Insights into the Inhibition of the Extended-Spectrum beta-Lactamase PER-2 by Avibactam.
著者: Ruggiero, M. / Papp-Wallace, K.M. / Brunetti, F. / Barnes, M.D. / Bonomo, R.A. / Gutkind, G. / Klinke, S. / Power, P.
履歴
登録2018年5月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年6月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Beta-lactamase
A: Beta-lactamase
C: Beta-lactamase
D: Beta-lactamase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,6804
ポリマ－122,6804
非ポリマー00
水3,135174
1
B: Beta-lactamase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,6701
ポリマ－30,6701
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
A: Beta-lactamase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,6701
ポリマ－30,6701
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Beta-lactamase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,6701
ポリマ－30,6701
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Beta-lactamase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,6701
ポリマ－30,6701
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.370, 82.580, 174.920
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and resid 28 through 293)
21(chain B and resid 28 through 293)
31(chain C and resid 28 through 293)
41chain D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LEU / Beg label comp-ID: LEU / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Auth seq-ID: 28 - 293 / Label seq-ID: 3 - 274

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1(chain A and resid 28 through 293)AB
2(chain B and resid 28 through 293)BA
3(chain C and resid 28 through 293)CC
4chain DDD

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要素

#1: タンパク質
Beta-lactamase


分子量: 30670.041 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 28-308 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Citrobacter freundii (バクテリア)
遺伝子: blaPER-2 / プラスミド: pET28/PER-2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A2RP81, beta-lactamase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.93 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 6000, 0.05 M imidazole pH=8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.9801 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月11日
詳細: CONVEX PREFOCUSSING MIRROR AND A KIRKPATRICK-BAEZ PAIR OF FOCUSSING MIRRORS
放射モノクロメーター: CRYOGENICALLY COOLED CHANNEL CUT SI[111] CRYSTAL MONOCHROMATOR
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.691→41.29 Å / Num. obs: 32951 / % possible obs: 97.28 % / 冗長度: 5.46 % / Biso Wilson estimate: 27.22 Å2 / CC1/2: 0.987 / Rmerge(I) obs: 0.164 / Rrim(I) all: 0.18 / Net I/σ(I): 9.74
反射 シェル解像度: 2.691→2.85 Å / 冗長度: 5.46 % / Rmerge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 3.63 / Num. unique obs: 4944 / CC1/2: 0.78 / Rrim(I) all: 0.5 / % possible all: 91.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX1.12-2829位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4D2O

4d2o


解像度: 2.691→41.29 Å / SU ML: 0.55 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.42 / 位相誤差: 35.01
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3396 1980 6.01 %
Rwork0.267 --
obs0.2713 32951 97.28 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 40.03 Å2 / Biso mean: 23.9005 Å2 / Biso min: 2.57 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.691→41.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8442 0 0 174 8616
Biso mean---22.24 -
残基数----1098
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.018597
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.35711677
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.081368
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011501
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.8585203
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A5086X-RAY DIFFRACTION12.193TORSIONAL
12B5086X-RAY DIFFRACTION12.193TORSIONAL
13C5086X-RAY DIFFRACTION12.193TORSIONAL
14D5086X-RAY DIFFRACTION12.193TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.6912-2.75850.46081230.41421872199583
2.7585-2.83310.40261360.3432206234298
2.8331-2.91640.35731400.31912183232398
2.9164-3.01050.38971430.30032173231698
3.0105-3.11810.36981440.29112194233898
3.1181-3.24290.39121450.28512229237498
3.2429-3.39040.35491380.27222223236198
3.3904-3.5690.38761410.26962213235498
3.569-3.79250.36291450.26232236238198
3.7925-4.08510.33221380.25142246238499
4.0851-4.49570.31191450.23732260240599
4.4957-5.14520.28351440.22962285242999
5.1452-6.47840.32581460.25612301244799
6.4784-41.29480.24321520.21262350250296

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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