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万見
- PDB-6dg5: Structure of a de novo designed Interleukin-2/Interleukin-15 mime... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dg5
タイトルStructure of a de novo designed Interleukin-2/Interleukin-15 mimetic complex with IL-2Rb and IL-2Rg
要素
  • Cytokine receptor common subunit gamma
  • Interleukin-2 receptor subunit beta
  • Neoleukin-2/15
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN/Protein Binding / cytokine mimetic / cytokine receptor complex / BIOSYNTHETIC PROTEIN / BIOSYNTHETIC PROTEIN-Protein Binding complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Interleukin-2 signaling / Interleukin-21 signaling / Interleukin-9 signaling / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / mature B cell differentiation / interleukin-2 receptor activity / Interleukin-15 signaling / interleukin-15 receptor activity / interleukin-2 binding / CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation ...Interleukin-2 signaling / Interleukin-21 signaling / Interleukin-9 signaling / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / mature B cell differentiation / interleukin-2 receptor activity / Interleukin-15 signaling / interleukin-15 receptor activity / interleukin-2 binding / CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / Interleukin-7 signaling / Interleukin receptor SHC signaling / RAF/MAP kinase cascade / positive regulation of T cell differentiation in thymus / lymphocyte differentiation / interleukin-9-mediated signaling pathway / positive regulation of CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / interleukin-2-mediated signaling pathway / interleukin-15-mediated signaling pathway / cytokine receptor activity / positive regulation of B cell differentiation / cytokine binding / immunoglobulin mediated immune response / coreceptor activity / positive regulation of phagocytosis / B cell differentiation / cytokine-mediated signaling pathway / T cell differentiation in thymus / gene expression / regulation of gene expression / receptor complex / external side of plasma membrane / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / cell surface / endoplasmic reticulum / nucleoplasm / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Interleukin-2 receptor subunit beta, N-terminal / Interleukin-2 receptor subunit beta N-terminal domain 1 / : / : / Cytokine receptor-like factor 2-like, D2 domain / Cytokine receptor-like factor 2, domain 1 / Short hematopoietin receptor family 1 signature. / Interleukin-6 receptor alpha chain, binding / Short hematopoietin receptor, family 1, conserved site / Fibronectin type III domain ...Interleukin-2 receptor subunit beta, N-terminal / Interleukin-2 receptor subunit beta N-terminal domain 1 / : / : / Cytokine receptor-like factor 2-like, D2 domain / Cytokine receptor-like factor 2, domain 1 / Short hematopoietin receptor family 1 signature. / Interleukin-6 receptor alpha chain, binding / Short hematopoietin receptor, family 1, conserved site / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Interleukin-2 receptor subunit beta / Cytokine receptor common subunit gamma
類似検索 - 構成要素
生物種synthetic construct (人工物)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.516 Å
データ登録者Jude, K.M. / Silva, D.-A. / Yu, S. / Baker, D. / Garcia, K.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)RO1-AI51321 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2019
タイトル: De novo design of potent and selective mimics of IL-2 and IL-15.
著者: Silva, D.A. / Yu, S. / Ulge, U.Y. / Spangler, J.B. / Jude, K.M. / Labao-Almeida, C. / Ali, L.R. / Quijano-Rubio, A. / Ruterbusch, M. / Leung, I. / Biary, T. / Crowley, S.J. / Marcos, E. / ...著者: Silva, D.A. / Yu, S. / Ulge, U.Y. / Spangler, J.B. / Jude, K.M. / Labao-Almeida, C. / Ali, L.R. / Quijano-Rubio, A. / Ruterbusch, M. / Leung, I. / Biary, T. / Crowley, S.J. / Marcos, E. / Walkey, C.D. / Weitzner, B.D. / Pardo-Avila, F. / Castellanos, J. / Carter, L. / Stewart, L. / Riddell, S.R. / Pepper, M. / Bernardes, G.J.L. / Dougan, M. / Garcia, K.C. / Baker, D.
履歴
登録2018年5月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22019年12月18日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: chem_comp / pdbx_audit_support
Item: _chem_comp.type / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neoleukin-2/15
B: Interleukin-2 receptor subunit beta
C: Cytokine receptor common subunit gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,4687
ポリマ－60,3823
非ポリマー2,0864
水23413
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7610 Å2
ΔGint29 kcal/mol
Surface area23800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.125, 67.914, 172.084
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21221

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要素

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タンパク質 , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Neoleukin-2/15


分子量: 12112.838 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質 Interleukin-2 receptor subunit beta / IL-2RB / High affinity IL-2 receptor subunit beta / p70-75


分子量: 24469.861 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: fully glycosylated / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Il2rb / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P16297
#3: タンパク質 Cytokine receptor common subunit gamma / Interleukin-2 receptor subunit gamma / IL-2RG / gammaC / p64


分子量: 23799.744 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Il2rg / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P34902

-
糖 , 3種, 4分子

#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1219.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-6DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-4/a4-b1_a6-g1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e6-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 1種, 13分子

#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.97 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.091 M Tris pH 7.5 8 mM imidazole pH 8.0 4.2% DEXTRAN SULFATE 50 mM sodium citrate 2.2 M ammonium sulfate
PH範囲: 7.5-8.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.516→47.005 Å / Num. obs: 17512 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.3 % / Biso Wilson estimate: 38.2 Å2
Data reduction details: data were subjected to an ellipsoidal resolution cutoff using STARANISO due to severe anisotropy of the data, resulting in low spherical completeness in the outer shells
CC1/2: 0.983 / Rmerge(I) obs: 0.461 / Rpim(I) all: 0.158 / Rrim(I) all: 0.488 / Net I/σ(I): 5.6 / Num. measured all: 163261
反射 シェル解像度: 2.516→2.828 Å / 冗長度: 11.22 % / Rmerge(I) obs: 2.516 / Num. unique obs: 698 / CC1/2: 0.445 / Rpim(I) all: 0.78 / Rrim(I) all: 5.756 / % possible all: 9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDS20171111データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.13-2998精密化
BUSTER2.10.3精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2b5i

2b5i


解像度: 2.516→47.005 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.08
詳細: 80% of the observed reflections are used in refinement due to ellipsoidal truncation of the data due to anisotropy
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2659 1366 9.81 %
Rwork0.2211 --
obs0.2256 13924 52.24 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 154.13 Å2 / Biso mean: 47.0455 Å2 / Biso min: 10.67 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.516→47.005 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3949 0 138 13 4100
Biso mean--67.79 27.31 -
残基数----492
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5163-2.60620.4395140.32561221365
2.6062-2.71060.3671220.36042052279
2.7106-2.83390.3515300.305831934913
2.8339-2.98330.3962440.294348853221
2.9833-3.17020.3295740.272174281631
3.1702-3.41490.33341200.24681209132950
3.4149-3.75840.27372370.2372074231187
3.7584-4.30190.24742760.202223942670100
4.3019-5.41870.23462730.186224392712100
5.4187-47.01360.26152760.232225662842100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.4853-0.7804-1.88566.05861.15794.28990.14640.12760.1212-0.4116-0.3782-0.1578-0.46480.33880.16060.5436-0.1058-0.06010.1250.07740.240916.4991-14.0395-63.681
21.30090.5338-0.79371.5394-1.93453.5198-0.11330.4106-0.2417-0.1519-0.10460.0727-0.03470.08460.03930.2001-0.01740.00560.2279-0.05570.182519.2978-43.2608-70.543
31.2384-0.6628-0.40996.03741.62880.8549-0.1898-0.2148-0.0440.5351-0.01970.89490.15630.1192-0.03850.2999-0.04660.19330.10110.05760.46594.3521-20.8586-42.5868
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' )A0
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' )B0
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' )C0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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