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万見
- PDB-6dfq: mouse diabetogenic TCR I.29 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dfq
タイトルmouse diabetogenic TCR I.29
要素
  • TCR alpha chain
  • TCR beta chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / T cell receptor / Type 1 Diabetes / Autoimmunity
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Wang, Y. / Dai, S.
引用ジャーナル: Sci Immunol / 年: 2019
タイトル: How C-terminal additions to insulin B-chain fragments create superagonists for T cells in mouse and human type 1 diabetes.
著者: Wang, Y. / Sosinowski, T. / Novikov, A. / Crawford, F. / White, J. / Jin, N. / Liu, Z. / Zou, J. / Neau, D. / Davidson, H.W. / Nakayama, M. / Kwok, W.W. / Gapin, L. / Marrack, P. / Kappler, J.W. / Dai, S.
履歴
登録2018年5月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: TCR alpha chain
F: TCR beta chain
A: TCR alpha chain
B: TCR beta chain
C: TCR alpha chain
D: TCR beta chain
G: TCR alpha chain
H: TCR beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)204,83311
ポリマ－204,6698
非ポリマー1643
水3,027168
1
E: TCR alpha chain
F: TCR beta chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,1672
ポリマ－51,1672
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4140 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area20770 Å2
手法PISA
2
A: TCR alpha chain
B: TCR beta chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,1672
ポリマ－51,1672
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4160 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area20570 Å2
手法PISA
3
C: TCR alpha chain
D: TCR beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,2073
ポリマ－51,1672
非ポリマー401
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4110 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area20940 Å2
手法PISA
4
G: TCR alpha chain
H: TCR beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,2914
ポリマ－51,1672
非ポリマー1242
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3800 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area19250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.107, 117.629, 234.774
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11E
21A
12E
22C
13E
23G
14F
24B
15F
25D
16F
26H
17A
27C
18A
28G
19B
29D
110B
210H
111C
211G
112D
212H

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1010E2 - 205
2010A2 - 205
1020E2 - 205
2020C2 - 205
1030E2 - 180
2030G2 - 180
1040F3 - 240
2040B3 - 240
1050F3 - 241
2050D3 - 241
1060F3 - 241
2060H3 - 241
1070A2 - 205
2070C2 - 205
1080A2 - 180
2080G2 - 180
1090B3 - 240
2090D3 - 240
10100B3 - 241
20100H3 - 241
10110C2 - 180
20110G2 - 180
10120D3 - 241
20120H3 - 241

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12

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要素

#1: タンパク質
TCR alpha chain


分子量: 23361.896 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3)pLysS AG
#2: タンパク質
TCR beta chain


分子量: 27805.336 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3)pLysS AG
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 168 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.66 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 20% MPD, 100mM sodium cacodylate at pH6.0, 50mM calcium acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 76175 / % possible obs: 98.13 % / 冗長度: 3.7 % / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル解像度: 2.6→2.8 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0222精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.6→47.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 16.808 / SU ML: 0.311 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.467 / ESU R Free: 0.285 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25253 4079 5.1 %RANDOM
Rwork0.21985 ---
obs0.22153 76175 98.13 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 70.734 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.09 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.11 Å2-0 Å2
3----0.2 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.6→47.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13467 0 9 168 13644
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.01413846
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01711911
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4591.74618851
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.5311.70227931
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.99451698
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.29920.237548
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.078151955
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.941582
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.21811
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02115546
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022642
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it6.1937.1916829
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other6.1927.1926830
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it9.52110.7748506
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other9.52110.7758507
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.7487.6847017
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other6.7477.6847017
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other10.34211.31110343
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined14.50383.7514135
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other14.50383.75214136
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11E53310.12
12A53310.12
21E54970.12
22C54970.12
31E45630.14
32G45630.14
41F72300.09
42B72300.09
51F71340.11
52D71340.11
61F69430.1
62H69430.1
71A53520.13
72C53520.13
81A45340.14
82G45340.14
91B70670.1
92D70670.1
101B69180.1
102H69180.1
111C45670.14
112G45670.14
121D69020.11
122H69020.11
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.399 278 -
Rwork0.421 5641 -
obs--99.46 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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