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- PDB-6dfl: WaaP in complex with acyl carrier protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dfl
タイトルWaaP in complex with acyl carrier protein
要素
  • Acyl carrier protein
  • Lipopolysaccharide core heptose(I) kinase RfaP
キーワードHYDROLASE / Bacterial sugar kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


lipopolysaccharide core heptose(I) kinase / lipopolysaccharide core region biosynthetic process / lipid A biosynthetic process / lipid biosynthetic process / acyl binding / acyl carrier activity / phosphopantetheine binding / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / non-specific protein-tyrosine kinase / fatty acid biosynthetic process ...lipopolysaccharide core heptose(I) kinase / lipopolysaccharide core region biosynthetic process / lipid A biosynthetic process / lipid biosynthetic process / acyl binding / acyl carrier activity / phosphopantetheine binding / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / non-specific protein-tyrosine kinase / fatty acid biosynthetic process / kinase activity / response to xenobiotic stimulus / lipid binding / ATP binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Lipopolysaccharide core heptose(I) kinase RfaP / Lipopolysaccharide kinase (Kdo/WaaP) family / Acyl carrier protein (ACP) / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-G9S / Acyl carrier protein / Acyl carrier protein / Lipopolysaccharide core heptose(I) kinase WaaP
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.396 Å
データ登録者Chopra, R. / Vash, B.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2018
タイトル: Acylated-acyl carrier protein stabilizes the Pseudomonas aeruginosa WaaP lipopolysaccharide heptose kinase.
著者: Kreamer, N.N.K. / Chopra, R. / Caughlan, R.E. / Fabbro, D. / Fang, E. / Gee, P. / Hunt, I. / Li, M. / Leon, B.C. / Muller, L. / Vash, B. / Woods, A.L. / Stams, T. / Dean, C.R. / Uehara, T.
履歴
登録2018年5月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lipopolysaccharide core heptose(I) kinase RfaP
B: Acyl carrier protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,1473
ポリマ－38,5502
非ポリマー5971
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2300 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area16530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.023, 92.023, 99.172
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Lipopolysaccharide core heptose(I) kinase RfaP / Lipopolysaccharide kinase WaaP


分子量: 30470.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: rfaP, waaP, PA5009 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9HUF7, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ（アルコールにつなげるもの）, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: タンパク質 Acyl carrier protein / ACP


分子量: 8079.677 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: acpP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7MJ81, UniProt: P0A6A8*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-G9S / S-[2-({N-[(2S)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] hexadecanethioate


分子量: 596.757 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H53N2O8PS
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.53 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 100mM HEPES pH 7.4, 5% Jeffamine M-600

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2008年9月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.396→79.694 Å / Num. obs: 19544 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.7 % / Biso Wilson estimate: 70.65 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rpim(I) all: 0.015 / Rrim(I) all: 0.068 / Net I/σ(I): 32.7 / Num. measured all: 384314
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.396-2.40420.31.342220.9270.3031.374100
11.111-79.69416.30.0492300.9990.0120.05199.1

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
SHELX位相決定
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.396→62.122 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 36.23
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2693 945 4.85 %
Rwork0.2332 --
obs0.235 19486 99.64 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 145.72 Å2 / Biso mean: 87.8044 Å2 / Biso min: 54.66 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.396→62.122 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2599 0 0 0 2599
残基数----313
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.396-2.52230.42391310.34222603273499
2.5223-2.68040.35161170.33262636275399
2.6804-2.88730.38121280.307926282756100
2.8873-3.17790.31521340.29012607274199
3.1779-3.63770.36391550.265526202775100
3.6377-4.58290.25131330.217926602793100
4.5829-62.14250.21111470.195727872934100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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