+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 1zso | ||||||
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Title | Hypothetical protein from plasmodium falciparum | ||||||
Components | hypothetical protein | ||||||
Keywords | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / PSI / Protein Structure Initiative / Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium / SGPP | ||||||
Function / homology | CXXC motif containing zinc binding protein, eukaryotic / CXXC motif containing zinc binding protein, eukaryotic / zinc ion binding / Uncharacterized protein Function and homology information | ||||||
Biological species | Plasmodium falciparum (malaria parasite P. falciparum) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MAD / Resolution: 2.17 Å | ||||||
Authors | Holmes, M.A. / Merritt, E.A. / Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium (SGPP) | ||||||
Citation | Journal: Acta Crystallogr.,Sect.F / Year: 2006 Title: Structure of the conserved hypothetical protein MAL13P1.257 from Plasmodium falciparum. Authors: Holmes, M.A. / Buckner, F.S. / Van Voorhis, W.C. / Mehlin, C. / Boni, E. / Earnest, T.N. / DeTitta, G. / Luft, J. / Lauricella, A. / Anderson, L. / Kalyuzhniy, O. / Zucker, F. / Schoenfeld, ...Authors: Holmes, M.A. / Buckner, F.S. / Van Voorhis, W.C. / Mehlin, C. / Boni, E. / Earnest, T.N. / DeTitta, G. / Luft, J. / Lauricella, A. / Anderson, L. / Kalyuzhniy, O. / Zucker, F. / Schoenfeld, L.W. / Hol, W.G. / Merritt, E.A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 1zso.cif.gz | 80.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb1zso.ent.gz | 64.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 1zso.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zs/1zso ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zs/1zso | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Details | asymmetric unit contains a dimer, which is probably the biological unit |
-Components
#1: Protein | Mass: 19927.502 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Plasmodium falciparum (malaria parasite P. falciparum) Gene: MAL13P1.257 / Plasmid: pET3a / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q8IDI8 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.18 Å3/Da / Density % sol: 43.64 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8 Details: 0.4 ul protein 12.4 mg/ml, 0.4 ul crystallization buffer, 1.0M LiCl, 25% PEG 6000, 0.025M Mg nitrate, 0.1M Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 8.2.2 / Wavelength: 0.9795, 0.9797, 0.9537 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Oct 13, 2004 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: MAD / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength |
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Reflection | Resolution: 2.15→50 Å / Num. obs: 18151 / % possible obs: 92.8 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing | Method: MAD | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing set |
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Phasing MAD set |
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Phasing MAD set site |
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Phasing dm | FOM : 0.63 / FOM acentric: 0.62 / FOM centric: 0.65 / Reflection: 12385 / Reflection acentric: 10628 / Reflection centric: 1757 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing dm shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MAD / Resolution: 2.17→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 11.685 / SU ML: 0.164 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.284 / ESU R Free: 0.211 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 30.798 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.17→20 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.17→2.221 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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