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- PDB-4z8n: Crystal structure of the erythrocyte-binding domain from Plasmodi... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4z8n | ||||||
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Title | Crystal structure of the erythrocyte-binding domain from Plasmodium vivax reticulocyte-binding protein 2a (PvRBP2a) | ||||||
![]() | Reticulocyte-binding protein 2a | ||||||
![]() | CELL INVASION / reticulocyte-binding / alpha-helical | ||||||
Function / homology | NBD94 domain / Nucleotide-Binding Domain 94 of RH / metal ion binding / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Reticulocyte-binding protein 2 (RBP2), like![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Gruszczyk, J. / Tham, W.H. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structurally conserved erythrocyte-binding domain in Plasmodium provides a versatile scaffold for alternate receptor engagement. Authors: Gruszczyk, J. / Lim, N.T. / Arnott, A. / He, W.Q. / Nguitragool, W. / Roobsoong, W. / Mok, Y.F. / Murphy, J.M. / Smith, K.R. / Lee, S. / Bahlo, M. / Mueller, I. / Barry, A.E. / Tham, W.H. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 252.8 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 213.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 435.7 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 440 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 23.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 32.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 |
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 34486.129 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: Erythrocyte-binding domain (UNP residues 160-455) Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: proteolysed fragment of larger experimental construct Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: Salvador I / Gene: PVX_121920 / Plasmid: pPROEX HTb / Production host: ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 5 types, 200 molecules ![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-CL / | ||||
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#3: Chemical | ChemComp-PEG / | ||||
#4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-CA / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.52 Å3/Da / Density % sol: 51.26 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 / Details: 25% w/v PEG3350, 100 mM HEPES sodium |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jun 18, 2014 | |||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9537 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.12→49.76 Å / Num. obs: 40211 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 14.3 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.134 / Rpim(I) all: 0.037 / Net I/σ(I): 13.3 / Num. measured all: 573213 / Scaling rejects: 46 | |||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 141.29 Å2 / Biso mean: 56.7806 Å2 / Biso min: 25.16 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.124→43.84 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7 / % reflection obs: 100 %
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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