[日本語] English
万見
- PDB-6dfj: Crystal structure of anti-Zika antibody Z021 bound to DENV-1 enve... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dfj
タイトルCrystal structure of anti-Zika antibody Z021 bound to DENV-1 envelope protein DIII
要素
  • Dengue 1 Envelope DIII domain
  • anti-Zika antibody Z021, Heavy Chain
  • anti-Zika antibody Z021, Light Chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / antibody / Fab / Zika / Dengue / recurrent / neutralizing
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane => GO:0016020 / host cell endoplasmic reticulum membrane / protein dimerization activity / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #350 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily ...Immunoglobulin-like - #350 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope protein / Envelope protein E
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Dengue virus 1 (デング熱ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.07 Å
データ登録者Keeffe, J.R. / Bjorkman, P.J.
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2018
タイトル: A Combination of Two Human Monoclonal Antibodies Prevents Zika Virus Escape Mutations in Non-human Primates.
著者: Keeffe, J.R. / Van Rompay, K.K.A. / Olsen, P.C. / Wang, Q. / Gazumyan, A. / Azzopardi, S.A. / Schaefer-Babajew, D. / Lee, Y.E. / Stuart, J.B. / Singapuri, A. / Watanabe, J. / Usachenko, J. / ...著者: Keeffe, J.R. / Van Rompay, K.K.A. / Olsen, P.C. / Wang, Q. / Gazumyan, A. / Azzopardi, S.A. / Schaefer-Babajew, D. / Lee, Y.E. / Stuart, J.B. / Singapuri, A. / Watanabe, J. / Usachenko, J. / Ardeshir, A. / Saeed, M. / Agudelo, M. / Eisenreich, T. / Bournazos, S. / Oliveira, T.Y. / Rice, C.M. / Coffey, L.L. / MacDonald, M.R. / Bjorkman, P.J. / Nussenzweig, M.C. / Robbiani, D.F.
履歴
登録2018年5月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年10月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
H: anti-Zika antibody Z021, Heavy Chain
L: anti-Zika antibody Z021, Light Chain
E: Dengue 1 Envelope DIII domain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,3933
ポリマ－59,3933
非ポリマー00
水2,270126
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5420 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area23800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.540, 91.600, 187.140
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

-
要素

#1: 抗体 anti-Zika antibody Z021, Heavy Chain


分子量: 24787.646 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK 293-6E / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 anti-Zika antibody Z021, Light Chain


分子量: 23815.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK 293-6E / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質 Dengue 1 Envelope DIII domain


分子量: 10790.247 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Dengue virus 1 (デング熱ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8BE58, UniProt: Q8BE39*PLUS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.2 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1M sodium citrate pH 4.8, 28% Jeffamine ED-2001 pH 7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.07→93.57 Å / Num. obs: 31907 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 50.34 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Rpim(I) all: 0.022 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 2.07→2.13 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.702 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 14638 / CC1/2: 0.724 / Rpim(I) all: 0.339 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
PHENIX1.13_2998精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.07→50.51 Å / SU ML: 0.2929 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.7063
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2315 1566 4.92 %
Rwork0.1838 --
obs0.1862 31846 99.52 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 67.96 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.07→50.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4065 0 0 126 4191
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00474168
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.75185677
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0505640
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042724
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.50512498
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.07-2.140.33341370.27332708X-RAY DIFFRACTION99.61
2.14-2.220.27461190.2522744X-RAY DIFFRACTION99.44
2.22-2.310.31021450.23992712X-RAY DIFFRACTION99.27
2.31-2.410.29241470.22662718X-RAY DIFFRACTION99.76
2.41-2.540.26531400.23142743X-RAY DIFFRACTION99.86
2.54-2.70.28861270.22542730X-RAY DIFFRACTION99.86
2.7-2.910.28831510.23212739X-RAY DIFFRACTION99.24
2.91-3.20.28621350.23092758X-RAY DIFFRACTION99.66
3.2-3.660.26821410.19352776X-RAY DIFFRACTION99.29
3.66-4.610.19661570.1512787X-RAY DIFFRACTION99.8
4.61-50.520.18171670.14482865X-RAY DIFFRACTION98.99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.506143131732.629568719054.73736815097.297184789695.325786543648.070824757150.2488132568990.191099077825-0.488617090963-0.696079381210.0681969727627-0.0665077209886-0.5239020770420.245760845753-0.3278636161380.795654886087-0.025957482931-0.01322333534710.7696035816640.001908514092590.5273555235638.6582716858753.256379320137.8460786449
23.24711686572-0.0840801642411.419503230063.801533898290.3807769646746.60041424845-0.008596649125360.376185009445-0.529473933624-0.2499011846980.458705798328-0.3036757613840.599834735320.349174204547-0.3955456631560.350698000638-0.0391361224235-0.01727495367850.346421925879-0.07872556183940.39857637727620.319860075752.780078251667.3238579036
31.481481128970.1885263541910.620037849454.02522795291.329072094144.44190640984-0.085216983230.3824885030580.340108158253-0.6497774832170.268351925073-0.0885495083209-0.6686227740150.124226309495-0.1880729003090.415502702681-0.1161267782680.02675711627310.4169575043360.1341737288710.41267780033118.321984139574.677647742164.5428849343
47.75778299165-2.68441816752-0.7894965328163.859845966621.008183340022.53324176642-0.32991595211-0.644887706179-0.4639193460480.8109082687520.1615918651830.6476864593140.733192227487-0.1415571017670.180655981810.6390765022650.0003763024631120.1063820914770.4004064476140.04999549127290.51732693184411.495587503761.473105475395.8739381097
54.64913141399-1.72990187540.1606953310083.496354322950.07072151219234.16622905988-0.582355979771-1.064656743660.7647135261781.242272482680.331559301708-0.6192286499040.077017758544-0.04421104502170.1854712553240.7876906175630.119085949957-0.1444650129780.567504894052-0.1384235253760.60407838087518.769547566773.4588275154102.711863407
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'E' and resid 298 through 396)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'H' and resid 1 through 113)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'L' and resid 2 through 107)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'H' and resid 114 through 214)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain 'L' and resid 108 through 212)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る