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万見
- PDB-6ddr: Crystal Structure Analysis of the Epitope of an Anti-MICA Antibody -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ddr
タイトルCrystal Structure Analysis of the Epitope of an Anti-MICA Antibody
要素
  • (Anti-MICA Fab fragment ...) x 2
  • MHC class I polypeptide-related sequence A
キーワードIMMUNE SYSTEM / Fab fragment-antigen complex / immunoglobulin domain
機能・相同性
機能・相同性情報


Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain ...Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MHC class I chain-related protein A
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Matsumoto, M.L.
引用ジャーナル: MAbs / 年: 2019
タイトル: High-resolution glycosylation site-engineering method identifies MICA epitope critical for shedding inhibition activity of anti-MICA antibodies.
著者: Lombana, T.N. / Matsumoto, M.L. / Berkley, A.M. / Toy, E. / Cook, R. / Gan, Y. / Du, C. / Schnier, P. / Sandoval, W. / Ye, Z. / Schartner, J.M. / Kim, J. / Spiess, C.
履歴
登録2018年5月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年10月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年12月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22019年1月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Anti-MICA Fab fragment light chain clone 13A9
B: Anti-MICA Fab fragment heavy chain clone 13A9
C: MHC class I polypeptide-related sequence A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,47613
ポリマ－57,5783
非ポリマー89810
水4,684260
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: surface plasmon resonance
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7660 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area22770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.549, 61.833, 172.368
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 C

#3: タンパク質 MHC class I polypeptide-related sequence A / MHC class I polypeptide-related sequence A / isoform CRA_c / MICA / Stress inducible class I ...MHC class I polypeptide-related sequence A / isoform CRA_c / MICA / Stress inducible class I homolog / cDNA FLJ60820 / highly similar to Homo sapiens MHC class I polypeptide-related sequence A (MICA) / mRNA


分子量: 10578.635 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: alpha 3 domain of the MICA*008 allele co-expressed with Streptomyces plicatu EndoH in the presence of kifunensine
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MICA, hCG_2001511 / プラスミド: pAcgp67 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q96QC4

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抗体 , 2種, 2分子 AB

#1: 抗体 Anti-MICA Fab fragment light chain clone 13A9


分子量: 23529.072 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: chimeric Fab fragment light chain consisting of murine variable domain with human constant domain
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: Balb/c / プラスミド: pBR322 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): 64B4
#2: 抗体 Anti-MICA Fab fragment heavy chain clone 13A9


分子量: 23470.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: chimeric Fab fragment heavy chain consisting of murine variable domain with human constant domain
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: Balb/c / プラスミド: pBR322 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): 64B4

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非ポリマー , 4種, 270分子

#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 260 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.44 % / Mosaicity: 0.367 °
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.01 M ZnSO4, 0.1 M MES, pH 6.5, 16% PEG 550 MME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→35 Å / Num. obs: 42120 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.093 / Χ2: 1.062 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.9-1.9340.48616350.7240.2540.5510.86274.6
1.93-1.973.80.46417300.7410.2540.5320.85280.1
1.97-2.014.40.40218050.8340.1980.450.9182.8
2.01-2.054.60.38618990.8420.1860.430.90187.5
2.05-2.094.70.35419760.8750.1690.3940.93991
2.09-2.144.70.3320900.8870.1590.3680.93394.2
2.14-2.194.90.30620890.910.1460.340.92997.2
2.19-2.2550.28321500.9310.1350.3150.9997.8
2.25-2.324.90.25821740.9440.1240.2870.9698.6
2.32-2.394.70.23321730.9550.1160.2610.95499.1
2.39-2.485.10.20721920.9620.0980.230.99199.1
2.48-2.585.10.17421960.9740.0830.1931.0199
2.58-2.75.80.14721900.9850.0640.1611.04399.4
2.7-2.845.80.12421920.990.0540.1361.09299.6
2.84-3.025.90.122080.9930.0430.1091.07199.5
3.02-3.255.80.07722320.9950.0340.0841.10199.9
3.25-3.575.70.06322140.9960.0280.0691.14199.6
3.57-4.096.10.05522610.9970.0240.061.23699.7
4.09-5.156.40.05123040.9980.0210.0561.33799.7
5.15-355.80.0524100.9970.0220.0551.36999.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.8.0155精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1A2Y, 4J8R, 1NZ8, 6DDM

1a2y

4j8r

1nz8

6ddm


解像度: 1.9→35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 9.984 / SU ML: 0.139 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.179 / ESU R Free: 0.16
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2468 2050 4.9 %RANDOM
Rwork0.2084 ---
obs0.2103 40023 94.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 81.61 Å2 / Biso mean: 33.709 Å2 / Biso min: 21.45 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.11 Å20 Å20 Å2
2--4.52 Å2-0 Å2
3----2.41 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3945 0 54 260 4259
Biso mean--53.58 38.02 -
残基数----529
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0194163
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023691
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1171.945684
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.82638523
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8785543
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.50124.756164
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.4615596
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.9051512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.2645
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0214802
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02952
LS精密化 シェル解像度: 1.901→1.95 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.323 124 -
Rwork0.314 2295 -
all-2419 -
obs--75.76 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.02160.2206-0.80560.2384-0.23971.3019-0.0429-0.10530.0189-0.0065-0.0158-0.0440.05060.07360.05870.15130.0219-0.0330.01480.00620.15776.3635-10.844-23.6198
20.6670.058-1.02890.2721-0.1542.43790.06470.13530.15810.03870.0438-0.0346-0.1744-0.2434-0.10850.13080.026-0.03750.03480.03760.213-1.53372.7669-30.545
32.0313-0.04461.03611.6191-0.65794.10130.1210.1943-0.1036-0.2979-0.064-0.13880.35750.262-0.05690.12490.03440.03970.03390.01260.075319.5164-3.3481-66.2825
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 214
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 217
3X-RAY DIFFRACTION3C204 - 297

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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