[日本語] English
万見
- PDB-6dcv: Crystal structure of human anti-tau antibody CBTAU-27.1 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dcv
タイトルCrystal structure of human anti-tau antibody CBTAU-27.1
要素
  • Light chain of CBTAU27.1 Fab
  • heavy chain of CBTAU-27.1 Fab
キーワードIMMUNE SYSTEM / Tau / Fab / naturally occurring human antibody / common motif
機能・相同性
機能・相同性情報


IgD immunoglobulin complex / IgA immunoglobulin complex / IgM immunoglobulin complex / IgE immunoglobulin complex / Fc-gamma receptor I complex binding / CD22 mediated BCR regulation / complement-dependent cytotoxicity / IgG immunoglobulin complex / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / antibody-dependent cellular cytotoxicity ...IgD immunoglobulin complex / IgA immunoglobulin complex / IgM immunoglobulin complex / IgE immunoglobulin complex / Fc-gamma receptor I complex binding / CD22 mediated BCR regulation / complement-dependent cytotoxicity / IgG immunoglobulin complex / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / antibody-dependent cellular cytotoxicity / immunoglobulin receptor binding / immunoglobulin complex, circulating / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / immunoglobulin mediated immune response / FCGR activation / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / complement activation, classical pathway / Role of phospholipids in phagocytosis / Scavenging of heme from plasma / antigen binding / FCERI mediated Ca+2 mobilization / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / Regulation of Complement cascade / Cell surface interactions at the vascular wall / B cell receptor signaling pathway / FCGR3A-mediated phagocytosis / FCERI mediated MAPK activation / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / FCERI mediated NF-kB activation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / antibacterial humoral response / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / blood microparticle / adaptive immune response / Potential therapeutics for SARS / immune response / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold ...: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin kappa constant / Immunoglobulin heavy constant gamma 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Zhu, X. / Zhang, H. / Wilson, I.A.
引用ジャーナル: Acta Neuropathol Commun / 年: 2018
タイトル: A common antigenic motif recognized by naturally occurring human VH5-51/VL4-1 anti-tau antibodies with distinct functionalities.
著者: Apetri, A. / Crespo, R. / Juraszek, J. / Pascual, G. / Janson, R. / Zhu, X. / Zhang, H. / Keogh, E. / Holland, T. / Wadia, J. / Verveen, H. / Siregar, B. / Mrosek, M. / Taggenbrock, R. / ...著者: Apetri, A. / Crespo, R. / Juraszek, J. / Pascual, G. / Janson, R. / Zhu, X. / Zhang, H. / Keogh, E. / Holland, T. / Wadia, J. / Verveen, H. / Siregar, B. / Mrosek, M. / Taggenbrock, R. / Ameijde, J. / Inganas, H. / van Winsen, M. / Koldijk, M.H. / Zuijdgeest, D. / Borgers, M. / Dockx, K. / Stoop, E.J.M. / Yu, W. / Brinkman-van der Linden, E.C. / Ummenthum, K. / van Kolen, K. / Mercken, M. / Steinbacher, S. / de Marco, D. / Hoozemans, J.J. / Wilson, I.A. / Koudstaal, W. / Goudsmit, J.
履歴
登録2018年5月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年6月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年6月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.country / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
L: Light chain of CBTAU27.1 Fab
H: heavy chain of CBTAU-27.1 Fab
A: Light chain of CBTAU27.1 Fab
B: heavy chain of CBTAU-27.1 Fab
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,0867
ポリマ－98,8104
非ポリマー2763
水11,476637
1
L: Light chain of CBTAU27.1 Fab
H: heavy chain of CBTAU-27.1 Fab
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,5894
ポリマ－49,4052
非ポリマー1842
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4470 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area20040 Å2
手法PISA
2
A: Light chain of CBTAU27.1 Fab
B: heavy chain of CBTAU-27.1 Fab
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,4973
ポリマ－49,4052
非ポリマー921
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4380 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area19830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.411, 60.578, 169.472
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.52, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11L-467-

HOH

21H-446-

HOH

-
要素

#1: 抗体 Light chain of CBTAU27.1 Fab


分子量: 24432.914 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell (発現宿主): HEK 293-F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01834*PLUS
#2: 抗体 heavy chain of CBTAU-27.1 Fab


分子量: 24971.930 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell (発現宿主): HEK 293-F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01857*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 637 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.86 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M Hepes, pH 7.5, 20% PEG8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 72579 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 5.7 % / CC1/2: 0.998 / Rpim(I) all: 0.05 / Rsym value: 0.12 / Net I/σ(I): 17.3
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique all: 3509 / CC1/2: 0.78 / Rpim(I) all: 0.48 / Rsym value: 0.82

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3QOS

3qos
PDB 未公開エントリ


解像度: 1.9→46.533 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.53
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2286 3644 5.03 %
Rwork0.186 --
obs0.1881 72457 99.02 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→46.533 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6852 0 18 637 7507
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0077045
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1699563
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7272508
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0471060
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051222
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8971-1.9220.2981230.29462458X-RAY DIFFRACTION92
1.922-1.94840.34181180.2712550X-RAY DIFFRACTION97
1.9484-1.97620.33581240.26572614X-RAY DIFFRACTION98
1.9762-2.00570.27761360.25612572X-RAY DIFFRACTION97
2.0057-2.0370.28551340.24012612X-RAY DIFFRACTION98
2.037-2.07040.27951530.22692614X-RAY DIFFRACTION98
2.0704-2.10610.23741480.21662572X-RAY DIFFRACTION99
2.1061-2.14440.2581310.22092693X-RAY DIFFRACTION99
2.1444-2.18570.25721520.21442586X-RAY DIFFRACTION100
2.1857-2.23030.28691390.20662694X-RAY DIFFRACTION100
2.2303-2.27880.22611220.20062632X-RAY DIFFRACTION100
2.2788-2.33180.231530.20582699X-RAY DIFFRACTION100
2.3318-2.39010.28761470.20952620X-RAY DIFFRACTION100
2.3901-2.45470.28581340.19842649X-RAY DIFFRACTION100
2.4547-2.52690.25551740.20012679X-RAY DIFFRACTION100
2.5269-2.60850.23681370.1972650X-RAY DIFFRACTION100
2.6085-2.70170.24031450.18952629X-RAY DIFFRACTION100
2.7017-2.80990.21671300.19212692X-RAY DIFFRACTION100
2.8099-2.93770.2481420.18862705X-RAY DIFFRACTION100
2.9377-3.09260.24161650.18952655X-RAY DIFFRACTION100
3.0926-3.28630.21921310.18162674X-RAY DIFFRACTION100
3.2863-3.540.22021410.16772671X-RAY DIFFRACTION100
3.54-3.8960.22371330.15552686X-RAY DIFFRACTION100
3.896-4.45940.17541450.14632694X-RAY DIFFRACTION100
4.4594-5.61690.161430.14292735X-RAY DIFFRACTION100
5.6169-46.54710.21711440.18812778X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.31070.5118-0.8541.9675-0.72365.2327-0.05170.30820.039-0.59020.12940.1974-0.2465-0.0997-0.0210.5026-0.0409-0.11340.33280.02470.2779-6.4944-15.140750.9122
21.7445-0.0872-0.74091.0229-0.11572.2355-0.06790.4326-0.0435-0.78160.14590.0930.03820.013-0.04450.4929-0.0549-0.03410.3423-0.01060.165-1.8824-22.187752.663
34.17111.25433.10792.11441.47384.97430.0475-0.0609-0.03960.2472-0.0196-0.05070.05590.1058-0.02140.16980.00520.03410.1812-0.00630.1658-1.6899-23.677187.3764
41.64710.78220.97562.30511.71283.86640.0879-0.20390.03960.2922-0.1114-0.0250.0431-0.12150.02450.2422-0.010.01360.2333-0.00530.1982-0.9684-17.959689.598
53.77480.85953.71761.91791.15075.10150.1007-0.6640.3810.4672-0.2670.19270.1929-0.31250.12840.2952-0.01720.08610.421-0.0740.1981-7.5153-19.567496.4098
67.49110.51072.9327.05660.80415.0870.3211-0.8378-1.30970.97490.1433-0.55671.0889-0.3564-0.39970.5924-0.06710.0020.41090.1140.31920.0718-25.8836104.2698
71.6145-0.2210.00181.38960.14062.75870.0160.4142-0.4079-0.43530.0469-0.54770.31680.1084-0.06110.3962-0.03590.16450.3578-0.07410.38818.1437-20.002258.5004
81.9544-0.36070.23361.34610.38962.00820.02390.9134-0.0243-0.95770.0819-0.5286-0.33140.4233-0.10990.6004-0.08560.23640.6378-0.07620.433918.889-16.461352.3053
90.37060.0305-0.0582.4487-0.55760.8039-0.0074-0.04370.00850.0899-0.0654-0.2223-0.06650.08410.0640.1749-0.0031-0.00140.2373-0.00160.20649.8645-26.419582.8809
103.54583.042-2.20425.9809-6.35817.3493-0.22440.2325-0.0552-0.3418-0.272-1.38270.02440.21830.46550.25580.02730.03720.29420.01590.518221.3671-25.867780.5643
113.35071.40751.19161.9467-2.41266.60430.11-1.01970.31861.67620.22430.48010.179-0.019-0.28430.93130.08070.10650.45980.05270.28179.6983-36.069298.6511
122.2072-0.3854-1.58342.76231.48134.95320.0838-0.515-0.0640.38940.1785-0.171-0.07290.2802-0.26950.33090.0716-0.1340.3903-0.07180.321333.4587-41.017231.5126
131.576-0.0787-0.6361.31270.32162.0221-0.0194-0.4288-0.01080.51070.0914-0.09390.1015-0.0713-0.08650.37410.0837-0.05650.3861-0.04620.200728.8485-48.065829.7307
143.8435-1.27193.40521.8239-1.32065.05970.14210.1092-0.0001-0.2171-0.06630.00430.1597-0.0115-0.04550.1491-0.00250.01840.16110.01080.254728.5619-49.7364-5.0356
151.583-0.76511.09931.8847-1.86244.43770.0460.17380.1285-0.2569-0.0143-0.035-0.0033-0.0054-0.01780.206-0.0017-0.0150.1510.02050.248227.8383-44.0486-7.2232
165.7698-1.42514.67352.6822-1.45976.61630.0660.69860.3162-0.4984-0.2493-0.27070.07910.37870.14420.20660.02110.05630.21070.05570.237534.4289-45.6572-14.0365
175.18120.10281.51738.1460.76034.77390.1250.4683-0.965-0.94760.29690.6370.4745-0.0415-0.14270.52090.0342-0.05710.3711-0.01660.294326.9038-51.9912-21.7852
183.2999-0.00950.21392.2267-0.15332.986-0.0191-0.5394-0.22210.41380.03610.48440.3834-0.2527-0.00940.33030.0030.11830.33180.00370.38218.8121-45.900923.9799
193.4557-0.3230.52171.8967-0.31773.0060.1214-0.94390.04980.92820.0480.6623-0.2639-0.3531-0.14150.5140.00560.18310.5491-0.03490.45848.1442-42.285630.1214
200.7695-0.2689-0.40221.83250.76421.0790.04530.05930.0486-0.1109-0.06730.0623-0.0365-0.10360.01950.15840.0013-0.03570.16770.00880.310117.0342-52.5077-0.4751
211.6159-2.2938-1.46845.97375.025.54230.01550.1028-0.60870.315-0.29591.52120.1155-0.46930.51810.1944-0.0453-0.03280.2688-0.05250.52475.4485-51.97581.8425
224.3231-2.09930.49145.9522.4671.5303-0.00051.32640.3306-1.20290.1746-0.43240.6149-0.097-0.23390.4385-0.07280.03810.43640.02630.350717.0893-62.0318-16.1368
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'L' and (resid 1 through 28)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'L' and (resid 29 through 104 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'L' and (resid 105 through 144 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'L' and (resid 145 through 186 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'L' and (resid 187 through 206 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'L' and (resid 207 through 214 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'H' and (resid 1 through 47 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'H' and (resid 48 through 101 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'H' and (resid 102 through 210 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'H' and (resid 211 through 221 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'H' and (resid 222 through 231 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 1 through 28)
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'A' and (resid 29 through 104 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'A' and (resid 105 through 144 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'A' and (resid 145 through 186 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'A' and (resid 187 through 206 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'A' and (resid 207 through 214 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 1 through 47 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 48 through 101 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'B' and (resid 102 through 210 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'B' and (resid 211 through 221 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'B' and (resid 222 through 231 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る