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- PDB-6dav: Crystal Structure of Human DHFR complexed with NADP and N10formyl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dav
タイトルCrystal Structure of Human DHFR complexed with NADP and N10formyltetrahydrofolate
要素Dihydrofolate reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Structure-guided Drug Discovery Consortium / dihydrofolate reductase / hDHFR / NADP
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of removal of superoxide radicals / tetrahydrobiopterin biosynthetic process / Metabolism of folate and pterines / tetrahydrofolate metabolic process / response to methotrexate / sequence-specific mRNA binding / axon regeneration / folic acid binding / dihydrofolate metabolic process / G1/S-Specific Transcription ...regulation of removal of superoxide radicals / tetrahydrobiopterin biosynthetic process / Metabolism of folate and pterines / tetrahydrofolate metabolic process / response to methotrexate / sequence-specific mRNA binding / axon regeneration / folic acid binding / dihydrofolate metabolic process / G1/S-Specific Transcription / folic acid metabolic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / NADPH binding / Tetrahydrobiopterin (BH4) synthesis, recycling, salvage and regulation / tetrahydrofolate biosynthetic process / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / one-carbon metabolic process / NADP binding / negative regulation of translation / mRNA binding / mitochondrion / cytosol
類似検索 - 分子機能
Dihydrofolate Reductase, subunit A / Dihydrofolate Reductase, subunit A / Dihydrofolate reductase / Dihydrofolate reductase conserved site / Dihydrofolate reductase (DHFR) domain signature. / Dihydrofolate reductase domain / Dihydrofolate reductase / Dihydrofolate reductase (DHFR) domain profile. / Dihydrofolate reductase-like domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-G3V / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Dihydrofolate reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Mayclin, S.J. / Dranow, D.M. / Lorimer, D.D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Bill & Melinda Gates Foundation 米国
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of Human DHFR complexed with NADP and N10formyltetrahydrofolate
著者: Mayclin, S.J. / Dranow, D.M. / Walpole, C. / Lorimer, D.D.
履歴
登録2018年5月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.d_res_low

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydrofolate reductase
B: Dihydrofolate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,5759
ポリマ－42,9612
非ポリマー2,6147
水5,909328
1
A: Dihydrofolate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,7574
ポリマ－21,4811
非ポリマー1,2763
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Dihydrofolate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,8195
ポリマ－21,4811
非ポリマー1,3384
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.090, 42.740, 72.290
Angle α, β, γ (deg.)91.050, 101.880, 120.000
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Dihydrofolate reductase


分子量: 21480.723 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DHFR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P00374, dihydrofolate reductase
#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-G3V / N-(4-{[(2,4-diaminopteridin-6-yl)methyl](hydroxymethyl)amino}benzene-1-carbonyl)-L-glutamic acid


分子量: 470.439 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H22N8O6
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 328 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Wizard 3/4 H10 (296175h10): 100 mM Tris base/ Hydrochloric acid pH 8.5, 30% (w/v) PEG3350, 30% (v/v) 2-propanol, protein conc. 28.74 mg/mL, protein batch ID XP819, 10 mM NADP, 3.75 mM ...詳細: Wizard 3/4 H10 (296175h10): 100 mM Tris base/ Hydrochloric acid pH 8.5, 30% (w/v) PEG3350, 30% (v/v) 2-propanol, protein conc. 28.74 mg/mL, protein batch ID XP819, 10 mM NADP, 3.75 mM BSI108214, seeded from 293949g10, cryoprotected with 20% eg, puck izs6-6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月12日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→50 Å / Num. obs: 50838 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 2.309 % / Biso Wilson estimate: 21.34 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.031 / Rrim(I) all: 0.04 / Χ2: 1.068 / Net I/σ(I): 13.42
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.55-1.592.3390.3952.1137480.8950.50894.5
1.59-1.632.2320.3532.3936820.9160.45594
1.63-1.682.3550.2723.0736300.9460.3594.7
1.68-1.732.2770.2223.7934610.9610.28695
1.73-1.792.4130.1635.0534070.9780.20995
1.79-1.852.3780.1296.4432890.9830.16694.6
1.85-1.922.270.104831380.9880.13494.7
1.92-22.350.07310.6630200.9950.09494.6
2-2.092.2520.06212.5328920.9950.08193.7
2.09-2.192.3690.05315.327640.9960.06993.8
2.19-2.312.3350.04417.6826100.9970.05793.2
2.31-2.452.210.04119.5224070.9970.05392
2.45-2.622.3280.03323.1622760.9980.04291.7
2.62-2.832.2220.03124.6621520.9980.0492.3
2.83-3.12.3420.02728.9219630.9980.03491.2
3.1-3.472.1850.02630.2117380.9980.03392.1
3.47-42.2990.02333.5216180.9980.02994.9
4-4.92.3270.01934.5813710.9990.02495.7
4.9-6.932.250.0233.610770.9990.02597
6.93-502.3610.01935.35950.9990.02498

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
PHENIX位相決定
Cootモデル構築
精密化解像度: 1.55→36.64 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 26.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2044 2028 3.99 %
Rwork0.1652 --
obs0.1668 50797 93.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 86.18 Å2 / Biso mean: 32.178 Å2 / Biso min: 16.19 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.55→36.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2982 0 176 331 3489
Biso mean--26.81 40.36 -
残基数----372
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.5499-1.58860.27691460.26473462360894
1.5886-1.63160.26781500.25533499364994
1.6316-1.67960.32511260.22983550367694
1.6796-1.73380.30761330.21953480361395
1.7338-1.79580.25661520.20653513366595
1.7958-1.86770.24251390.1873545368495
1.8677-1.95270.22011370.18673538367595
1.9527-2.05560.2231360.17853483361994
2.0556-2.18440.25191330.18363480361394
2.1844-2.3530.23361480.17773440358893
2.353-2.58970.2111630.17363384354792
2.5897-2.96430.2031490.1653402355192
2.9643-3.73420.16771510.14213433358492
3.7342-36.64260.17551650.13593560372597
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.0313-1.77081.63424.3523-0.13252.8644-0.11740.00720.01590.08160.13560.12130.05770.23480.00710.1258-0.02170.01590.15860.00150.1438-1.021611.184122.9352
26.2076-1.30743.09295.8998-6.31047.47930.10760.1857-0.5417-0.41560.06550.11850.79540.0508-0.21560.293-0.01350.00460.1714-0.04470.2681-3.03912.344114.4184
34.69410.43351.45983.483-0.01243.9282-0.06110.2019-0.1422-0.26590.0638-0.02520.20670.0747-0.01070.1744-0.02230.02740.15950.00190.12042.201512.19737.9925
48.77521.1864-1.6791.0318-1.48862.1487-0.04690.19440.432-0.26490.1328-0.2795-0.26270.6558-0.14160.3129-0.0580.00180.29220.07110.25219.995222.78297.0979
52.91512.56711.69084.1950.82542.3802-0.23140.29660.2338-0.46810.17660.3865-0.0391-0.03270.06720.3228-0.0365-0.02270.24860.06160.2676-4.495522.09982.0169
63.2991.17022.71018.97634.45599.3996-0.1781-0.01950.5632-0.2910.0370.762-0.35340.00160.05430.1426-0.03030.0120.1617-0.00210.2755-5.067520.099517.1198
75.9662-4.10422.6495.809-1.78037.0423-0.0050.23790.5091-0.1972-0.1440.1161-0.23530.05420.19990.1546-0.0437-0.01470.17250.03530.2942-11.396214.356819.0543
83.75411.9571-1.76793.4595-3.8914.60010.106-0.444-0.08610.4776-0.0868-0.1224-0.06980.2091-0.0060.23050.03030.00970.303-0.02920.19460.743811.896430.9502
93.96983.56343.47739.13640.68058.9239-0.2378-0.68420.42380.3012-0.02430.4663-0.0625-0.75950.20740.17920.05010.03380.2826-0.00570.2707-16.574818.404125.676
106.6889-3.20452.7713.9227-1.33623.2243-0.0364-0.237-0.3252-0.16980.20750.41410.2096-0.2728-0.21140.2153-0.0480.01010.18040.03780.2442-12.18794.572922.0911
115.7476-0.56861.94382.59340.14324.4054-0.0392-0.0876-0.0217-0.02060.16910.09550.10680.2026-0.11560.14220.02750.02530.1377-0.00570.1205-14.537429.77744.3435
121.6966-0.13130.26011.9553-1.41982.99430.0206-0.1484-0.207-0.01160.13050.00460.75170.2911-0.13260.31520.0644-0.04340.1894-0.00720.2089-14.046917.577848.6084
134.00220.13020.67233.6543-0.52076.66410.0866-0.262-0.2573-0.00640.10710.38330.2852-0.4057-0.17150.2347-0.03140.01570.16960.06520.2069-20.532519.473559.0212
142.7323-2.22711.55253.09650.3993.16820.3514-0.0002-0.2476-0.3216-0.14820.24360.95340.3915-0.04140.31530.04430.00270.2795-0.01430.2188-9.071114.648859.4735
152.7303-1.5018-0.63332.22920.18284.16670.019-0.24150.13650.12250.0659-0.19920.05440.6693-0.05680.1689-0.02110.01410.2361-0.00010.1952-5.924629.689844.9781
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 28 )A2 - 28
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 29 through 40 )A29 - 40
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 41 through 76 )A41 - 76
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 77 through 88 )A77 - 88
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 89 through 112 )A89 - 112
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 113 through 127 )A113 - 127
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 128 through 139 )A128 - 139
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 140 through 149 )A140 - 149
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 150 through 159 )A150 - 159
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 160 through 187 )A160 - 187
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 2 through 28 )B2 - 28
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 29 through 60 )B29 - 60
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 61 through 101 )B61 - 101
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 102 through 118 )B102 - 118
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 119 through 187 )B119 - 187

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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