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- PDB-6d46: Crystal structure of a DNA polymerase III subunit beta DnaN slidi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6d46
タイトルCrystal structure of a DNA polymerase III subunit beta DnaN sliding clamp from Rickettsia typhi str. Wilmington
要素Beta sliding clamp
キーワードDNA BINDING PROTEIN / structural genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / DNA binding / polymerase / DnaN / griselimycin / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA polymerase III complex / DNA strand elongation involved in DNA replication / 3'-5' exonuclease activity / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA Polymerase III; Chain A, domain 2 / DNA Polymerase III, subunit A, domain 2 / DNA polymerase III, beta sliding clamp / DNA polymerase III, beta sliding clamp, N-terminal / DNA polymerase III, beta sliding clamp, C-terminal / DNA polymerase III, beta sliding clamp, central / DNA polymerase III beta subunit, N-terminal domain / DNA polymerase III beta subunit, central domain / DNA polymerase III beta subunit, C-terminal domain / DNA polymerase III beta subunit ...DNA Polymerase III; Chain A, domain 2 / DNA Polymerase III, subunit A, domain 2 / DNA polymerase III, beta sliding clamp / DNA polymerase III, beta sliding clamp, N-terminal / DNA polymerase III, beta sliding clamp, C-terminal / DNA polymerase III, beta sliding clamp, central / DNA polymerase III beta subunit, N-terminal domain / DNA polymerase III beta subunit, central domain / DNA polymerase III beta subunit, C-terminal domain / DNA polymerase III beta subunit / : / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta sliding clamp
類似検索 - 構成要素
生物種Rickettsia typhi (発疹熱リケッチア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of a DNA polymerase III subunit beta DnaN sliding clamp from Rickettsia typhi str. Wilmington
著者: Edwards, T.E. / Abendroth, J. / Horanyi, P.S. / Lorimer, D.D. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
履歴
登録2018年4月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月6日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details ..._pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta sliding clamp
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,3274
ポリマ－43,9031
非ポリマー4243
水3,243180
1
A: Beta sliding clamp
ヘテロ分子

A: Beta sliding clamp
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,6538
ポリマ－87,8062
非ポリマー8486
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)147.520, 43.050, 83.170
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 121.390, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Beta sliding clamp / Sliding clamp / Beta-clamp processivity factor / DNA polymerase III beta sliding clamp subunit / ...Sliding clamp / Beta-clamp processivity factor / DNA polymerase III beta sliding clamp subunit / DNA polymerase III subunit beta


分子量: 43902.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rickettsia typhi (strain ATCC VR-144 / Wilmington) (発疹熱リケッチア)
株: ATCC VR-144 / Wilmington / 遺伝子: dnaN, RT0405 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q68WW0
#2: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 180 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.09 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 24.49 mg/mL RityA.17987.a.B1.PW38354 against JCSG+ screen condition C6 = 0.1 M phosphate/citrate pH 4.2, 40% PEG 300, direct cryo, 295697c6, ffq4-2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年4月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→41.533 Å / Num. obs: 30248 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 4.118 % / Biso Wilson estimate: 33.98 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rrim(I) all: 0.056 / Χ2: 1.036 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2-2.054.2280.4893.5222390.9370.55998.4
2.05-2.114.2120.3424.8721180.9640.39198.2
2.11-2.174.2120.2845.7521180.9740.32698.6
2.17-2.244.2110.2237.0320380.9820.25698.2
2.24-2.314.2050.1738.6319390.9890.19898.6
2.31-2.394.2130.1479.5419470.9910.16998.5
2.39-2.484.210.12910.9818280.9920.14898.5
2.48-2.584.1870.10112.8617880.9940.11698.7
2.58-2.74.1680.08914.6817190.9940.10298.8
2.7-2.834.1610.071716320.9960.0898.8
2.83-2.984.1210.0612015560.9970.0798.5
2.98-3.164.1190.05122.6814910.9980.05899.2
3.16-3.384.0350.04425.713850.9980.05198.8
3.38-3.653.990.03828.7513220.9980.04499.2
3.65-43.9250.03431.2812080.9980.0499.4
4-4.473.9030.03233.0210960.9980.03799.4
4.47-5.163.860.0333.989690.9980.03599
5.16-6.323.8860.0333.488340.9970.03599.2
6.32-8.943.8020.02833.76510.9990.03298.6
8.94-41.5333.5140.02734.143700.9980.03296.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5w7z

5w7z


解像度: 2→41.533 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 26.04
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2166 1969 6.51 %
Rwork0.1743 --
obs0.1771 30232 98.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 105.83 Å2 / Biso mean: 47.633 Å2 / Biso min: 23.13 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→41.533 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2836 0 27 180 3043
Biso mean--76.78 50.21 -
残基数----377
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2-2.050.29341340.26852022215698
2.05-2.10550.30141400.23951965210599
2.1055-2.16740.29871470.22651992213999
2.1674-2.23740.28061390.2011995213499
2.2374-2.31730.25641320.1871978211099
2.3173-2.41010.2771480.19032005215399
2.4101-2.51980.22991430.19612012215599
2.5198-2.65260.23511170.18792033215099
2.6526-2.81880.25971350.19031995213099
2.8188-3.03630.2411370.19512022215999
3.0363-3.34180.22471580.18082053221199
3.3418-3.82510.20091560.16082004216099
3.8251-4.8180.17041420.132320642206100
4.818-41.54160.17671410.16582123226499
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.8989-1.04260.76483.11571.1086.3404-0.02330.1630.1598-0.0775-0.09430.0415-0.21950.02160.10220.2176-0.0361-0.00440.27720.03110.21325.99530.2957-8.7424
24.43171.0972-1.84431.71350.2874.43990.0628-0.5140.12950.1077-0.09850.10390.0570.04850.04680.226-0.008-0.02420.3076-0.01940.235721.61132.002519.2942
33.87610.0691-0.72480.1481-0.12390.6515-0.0752-0.95930.02550.0260.0470.03420.06250.05340.03630.3274-0.0224-0.00950.5375-0.03520.2439-1.1518-1.068628.4618
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 115 )A0 - 115
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 116 through 230 )A116 - 230
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 231 through 381 )A231 - 381

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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