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万見
- PDB-6d07: Crystal structure of the complex between human chromobox homolog ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6d07
タイトルCrystal structure of the complex between human chromobox homolog 1 (CBX1) and H3K9me3 peptide
要素
  • Chromobox protein homolog 1
  • Histone H3.1
キーワードPROTEIN BINDING / Lysine modification / Chromodomain / Bump-hole / Epigenetics
機能・相同性
機能・相同性情報


chromocenter / histone methyltransferase binding / male pronucleus / female pronucleus / site of DNA damage / chromosome, centromeric region / Chromatin modifying enzymes / pericentric heterochromatin / heterochromatin / telomere organization ...chromocenter / histone methyltransferase binding / male pronucleus / female pronucleus / site of DNA damage / chromosome, centromeric region / Chromatin modifying enzymes / pericentric heterochromatin / heterochromatin / telomere organization / methylated histone binding / Interleukin-7 signaling / RNA Polymerase I Promoter Opening / epigenetic regulation of gene expression / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / DNA methylation / Condensation of Prophase Chromosomes / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / HCMV Late Events / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / PRC2 methylates histones and DNA / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / Defective pyroptosis / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / HDACs deacetylate histones / RNA Polymerase I Promoter Escape / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / NoRC negatively regulates rRNA expression / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / HDMs demethylate histones / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / heterochromatin formation / PKMTs methylate histone lysines / Meiotic recombination / Pre-NOTCH Transcription and Translation / RMTs methylate histone arginines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / HCMV Early Events / spindle / Transcriptional regulation of granulopoiesis / structural constituent of chromatin / nucleosome / nucleosome assembly / chromatin organization / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / HATs acetylate histones / gene expression / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Oxidative Stress Induced Senescence / Estrogen-dependent gene expression / chromosome, telomeric region / nuclear body / cadherin binding / protein heterodimerization activity / Amyloid fiber formation / intracellular membrane-bounded organelle / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA damage response / chromatin binding / chromatin / enzyme binding / protein-containing complex / DNA binding / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / nucleus
類似検索 - 分子機能
Chromo shadow domain / Chromo shadow domain / Chromo Shadow Domain / : / Chromo domain subgroup / Chromo domain, conserved site / Chromo domain signature. / Chromo domain / Chromo (CHRromatin Organisation MOdifier) domain / Chromo and chromo shadow domain profile. ...Chromo shadow domain / Chromo shadow domain / Chromo Shadow Domain / : / Chromo domain subgroup / Chromo domain, conserved site / Chromo domain signature. / Chromo domain / Chromo (CHRromatin Organisation MOdifier) domain / Chromo and chromo shadow domain profile. / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / Chromo/chromo shadow domain / Chromatin organization modifier domain / Chromo-like domain superfamily / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone H3.1 / Chromobox protein homolog 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Arora, S. / Horne, W.S. / Islam, K.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R01GM123234 米国
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2019
タイトル: Engineering Methyllysine Writers and Readers for Allele-Specific Regulation of Protein-Protein Interactions.
著者: Arora, S. / Horne, W.S. / Islam, K.
履歴
登録2018年4月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chromobox protein homolog 1
B: Chromobox protein homolog 1
C: Histone H3.1
D: Histone H3.1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,2965
ポリマ－16,2044
非ポリマー921
水1,802100
1
A: Chromobox protein homolog 1
C: Histone H3.1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,1943
ポリマ－8,1022
非ポリマー921
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1390 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area4390 Å2
手法PISA
2
B: Chromobox protein homolog 1
D: Histone H3.1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,1022
ポリマ－8,1022
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1170 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area4060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)32.016, 32.124, 34.053
Angle α, β, γ (deg.)99.05, 106.20, 102.42
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Chromobox protein homolog 1 / HP1Hsbeta / Heterochromatin protein 1 homolog beta / HP1 beta / Heterochromatin protein p25 / M31 / ...HP1Hsbeta / Heterochromatin protein 1 homolog beta / HP1 beta / Heterochromatin protein p25 / M31 / Modifier 1 protein / p25beta


分子量: 6496.267 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 20-73 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CBX1, CBX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P83916
#2: タンパク質・ペプチド Histone H3.1 / Histone H3/a / Histone H3/b / Histone H3/c / Histone H3/d / Histone H3/f / Histone H3/h / Histone ...Histone H3/a / Histone H3/b / Histone H3/c / Histone H3/d / Histone H3/f / Histone H3/h / Histone H3/i / Histone H3/j / Histone H3/k / Histone H3/l


分子量: 1605.885 Da / 分子数: 2 / 断片: H3K9(me)3 peptide (UNP residues 2-16) / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P68431
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.62 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.2 M sodium chloride, 0.1 M Tris, pH 8.0, 30% w/v PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2017年3月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→26.34 Å / Num. obs: 6737 / % possible obs: 93.5 % / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.208 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 86.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3FDT

3fdt


解像度: 2.1→26.336 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.22 / 位相誤差: 30.7 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2569 655 9.73 %
Rwork0.2044 --
obs0.2094 6734 93.42 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→26.336 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1007 0 6 100 1113
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0021028
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5151383
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.12620
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043146
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002175
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1001-2.26220.33321370.23821158X-RAY DIFFRACTION90
2.2622-2.48970.2911230.24491213X-RAY DIFFRACTION92
2.4897-2.84960.31091450.24071219X-RAY DIFFRACTION95
2.8496-3.58880.2271300.19571231X-RAY DIFFRACTION94
3.5888-26.33770.21171200.17071258X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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