PDB-6cwd: Hepatitis B core-antigen in complex with scFv e13

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6cwd

タイトル

Hepatitis B core-antigen in complex with scFv e13

要素

Capsid protein
Single chain variable fragment (scFv) e13

キーワード

VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / core-antigen / nucleocapsid / scFv / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex

機能・相同性

機能・相同性情報

microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / T=4 icosahedral viral capsid / viral penetration into host nucleus / host cell / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / structural molecule activity / DNA binding / RNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Oryctolagus cuniculus (ウサギ)

Hepatitis B virus subtype adyw (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.33 Å

データ登録者

Eren, E. / Steven, A.C. / Wingfield, P.T.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2018
タイトル: Structures of Hepatitis B Virus Core- and e-Antigen Immune Complexes Suggest Multi-point Inhibition.
著者: Eren, E. / Watts, N.R. / Dearborn, A.D. / Palmer, I.W. / Kaufman, J.D. / Steven, A.C. / Wingfield, P.T.

履歴

登録	2018年3月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年8月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年10月17日	Group: Data collection / Database references / Source and taxonomy カテゴリ: citation / entity_src_gen Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name
改定 1.2	2019年12月11日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6cwd.cif.gz	548.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6cwd.ent.gz	457.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6cwd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6cwd_validation.pdf.gz	487 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6cwd_full_validation.pdf.gz	510.4 KB	表示
XML形式データ	6cwd_validation.xml.gz	50.4 KB	表示
CIF形式データ	6cwd_validation.cif.gz	69.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cw/6cwd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cw/6cwd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6cvkC 6cwtC 2kh2S 3v6zS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3ng7-1 4mo2-1 6iil-d 6iim-d 3hk8-d 3hk5-d 6iik-d 9722 3mfq-d 3nk2-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (3) #200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)
#256 - 2021年4月
SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (1)
#62 - 2005年2月
主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex)
類似性 (3)
#200 - 2016年8月
正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses)
類似性 (1)

登録構造単位

B: Single chain variable fragment (scFv) e13

D: Capsid protein

G: Single chain variable fragment (scFv) e13

H: Capsid protein

A: Single chain variable fragment (scFv) e13

C: Capsid protein

E: Single chain variable fragment (scFv) e13

F: Capsid protein

174 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Single chain variable fragment (scFv) e13

D: Capsid protein

G: Single chain variable fragment (scFv) e13

H: Capsid protein

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, equilibrium centrifugation
87.1 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Single chain variable fragment (scFv) e13

C: Capsid protein

E: Single chain variable fragment (scFv) e13

F: Capsid protein

登録者が定義した集合体
87.1 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	219.540, 65.100, 148.210
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 101.65, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: 抗体	Single chain variable fragment (scFv) e13 分子量: 26810.732 Da / 分子数: 4 / 変異: C48A, C147A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質	Capsid protein / Core antigen / Core protein / HBcAg / p21.5 分子量: 16720.025 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Hepatitis B virus subtype adyw (ウイルス) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03147
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.71 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 12% (w/v) PEG 20000, 0.1M Imidazole pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.33→19.92 Å / Num. obs: 30123 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 2.1 % / CC_1/2: 0.96 / R_rim(I) all: 0.25 / Net I/σ(I): 5
反射シェル	解像度: 3.33→3.45 Å / 冗長度: 2.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 3029 / CC_1/2: 0.67 / R_rim(I) all: 0.82 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3V6Z, 2KH2

3v6z

2kh2

解像度: 3.33→19.918 Å / SU ML: 0.5 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.15 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2821	4379	6.64 %
R_work	0.2424	-	-
obs	0.2451	30118	97.71 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.33→19.918 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10853	0	0	0	10853

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	11118
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.953	15172
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.129	6491
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	1763
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1903

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.3301-3.3721	0.3969	147	0.3407	2059	X-RAY DIFFRACTION	98
3.3721-3.4163	0.3271	142	0.3215	1976	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4163-3.4628	0.3214	139	0.3091	1988	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4628-3.512	0.3452	140	0.3003	1988	X-RAY DIFFRACTION	99
3.512-3.5642	0.3972	143	0.3215	1997	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5642-3.6195	0.3546	144	0.3141	1998	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6195-3.6785	0.3076	140	0.3082	1997	X-RAY DIFFRACTION	98
3.6785-3.7415	0.288	139	0.2858	1975	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7415-3.8091	0.3531	148	0.2753	2044	X-RAY DIFFRACTION	98
3.8091-3.8818	0.3016	139	0.272	1928	X-RAY DIFFRACTION	98
3.8818-3.9605	0.3375	141	0.2677	2026	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9605-4.0459	0.2794	141	0.2575	1999	X-RAY DIFFRACTION	98
4.0459-4.1392	0.3316	140	0.251	1959	X-RAY DIFFRACTION	98
4.1392-4.2417	0.2511	145	0.2358	1984	X-RAY DIFFRACTION	97
4.2417-4.3553	0.26	145	0.2298	1984	X-RAY DIFFRACTION	97
4.3553-4.482	0.2663	140	0.2139	1965	X-RAY DIFFRACTION	98
4.482-4.6249	0.2362	143	0.2049	1972	X-RAY DIFFRACTION	97
4.6249-4.788	0.2516	134	0.2116	1942	X-RAY DIFFRACTION	97
4.788-4.9769	0.2344	143	0.2182	1978	X-RAY DIFFRACTION	97
4.9769-5.1995	0.2958	139	0.2148	1953	X-RAY DIFFRACTION	97
5.1995-5.4683	0.2812	143	0.226	1997	X-RAY DIFFRACTION	97
5.4683-5.8029	0.2412	140	0.2107	1947	X-RAY DIFFRACTION	97
5.8029-6.2382	0.2497	140	0.2268	1946	X-RAY DIFFRACTION	98
6.2382-6.8427	0.2757	141	0.2262	1976	X-RAY DIFFRACTION	98
6.8427-7.7807	0.2947	135	0.2136	1981	X-RAY DIFFRACTION	97
7.7807-9.6157	0.1769	137	0.1763	1964	X-RAY DIFFRACTION	97
9.6157-19.9179	0.2469	136	0.192	1923	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8765	0.2594	-1.0181	1.7021	0.9023	1.7476	0.0042	-0.2487	-0.0326	0.257	-0.0485	-0.0462	0.1789	0.054	0.0143	0.5129	-0.0173	-0.0398	0.2258	0.023	0.2249	187.4164	-68.1282	333.4715
2	0.973	0.0461	-1.1111	2.5049	-1.0449	3.6571	0.1585	-0.2137	0.2642	0.0841	0.0072	-0.004	-0.4972	0.2802	-0.1515	0.5491	-0.0246	0.0369	0.2491	-0.087	0.4106	180.1417	-43.3299	340.8099
3	2.3997	0.7635	-0.1719	2.3266	0.1719	1.5539	0.1564	-0.1473	0.1058	0.0835	-0.0126	0.1809	-0.0055	-0.08	-0.1494	0.3251	0.0391	-0.0113	0.3384	-0.0134	0.2461	157.123	-20.3791	379.1363
4	4.3558	-0.2066	1.266	2.3524	1.6025	3.1618	0.0941	0.2344	0.2182	-0.4698	0.0619	-0.1505	-0.0242	-0.0452	-0.2012	0.3873	-0.019	0.0559	0.2946	0.0035	0.2705	177.5132	-33.1487	366.9413
5	3.1003	-0.2711	0.8728	1.3867	-0.1716	2.0133	0.0325	-0.1684	0.0712	0.1364	0.0679	-0.1522	-0.0518	0.051	-0.1183	0.3976	0.0026	0.0309	0.3183	-0.023	0.2584	143.0323	-59.7172	327.8134
6	4.2491	-0.2527	-1.1317	2.7013	-0.0982	3.3449	-0.1638	0.0142	-0.1305	-0.4682	-0.0538	0.1043	0.2004	-0.2674	0.1908	0.4193	-0.0278	-0.0327	0.2199	0.0071	0.3237	126.0812	-43.8164	314.6306
7	1.7196	0.6098	0.6495	2.4554	-0.142	2.1911	0.0292	0.0335	0.0853	-0.3116	-0.0841	-0.0015	-0.0788	-0.032	0.0345	0.9618	0.0445	0.0179	0.2818	-0.0387	0.4117	127.6213	-7.9011	278.811
8	1.1507	-1.0576	-0.2969	1.571	0.5598	4.2575	0.0826	0.0608	-0.0919	-0.1578	-0.0909	0.0284	-0.2625	-0.1234	-0.0014	0.6488	-0.0318	0.0218	0.2154	0.0259	0.4036	131.7446	-32.9074	288.2246

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain 'B' and resid 3 through 251)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain 'D' and resid 7 through 145)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain 'G' and resid 3 through 251)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain 'H' and resid 5 through 145)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain 'A' and resid 3 through 251)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain 'C' and resid 7 through 145)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain 'E' and resid 3 through 249)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain 'F' and resid 7 through 143)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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