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- Basic information
Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 6cwt | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Hepatitis B core-antigen in complex with Fab e21 | ||||||
|  Components | 
 | ||||||
|  Keywords | VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Hepatitis B virus / Fab / Core dimer / Nucleocapsid / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | ||||||
| Function / homology |  Function and homology information microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / T=4 icosahedral viral capsid / viral penetration into host nucleus / host cell / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / structural molecule activity / DNA binding / RNA binding / identical protein binding Similarity search - Function | ||||||
| Biological species |   Oryctolagus cuniculus (rabbit)  Hepatitis B virus subtype adyw | ||||||
| Method |  X-RAY DIFFRACTION /  SYNCHROTRON /  MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.151 Å | ||||||
|  Authors | Eren, E. / Steven, A.C. / Wingfield, P.T. | ||||||
| Funding support |  United States, 1items 
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|  Citation |  Journal: Structure / Year: 2018 Title: Structures of Hepatitis B Virus Core- and e-Antigen Immune Complexes Suggest Multi-point Inhibition. Authors: Eren, E. / Watts, N.R. / Dearborn, A.D. / Palmer, I.W. / Kaufman, J.D. / Steven, A.C. / Wingfield, P.T. | ||||||
| History | 
 | 
- Structure visualization
Structure visualization
| Structure viewer | Molecule:  Molmil  Jmol/JSmol | 
|---|
- Downloads & links
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- Download
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| PDBx/mmCIF format |  6cwt.cif.gz | 432.2 KB | Display |  PDBx/mmCIF format | 
|---|---|---|---|---|
| PDB format |  pdb6cwt.ent.gz | 361.9 KB | Display |  PDB format | 
| PDBx/mmJSON format |  6cwt.json.gz | Tree view |  PDBx/mmJSON format | |
| Others |  Other downloads | 
-Validation report
| Summary document |  6cwt_validation.pdf.gz | 471.5 KB | Display |  wwPDB validaton report | 
|---|---|---|---|---|
| Full document |  6cwt_full_validation.pdf.gz | 492.1 KB | Display | |
| Data in XML |  6cwt_validation.xml.gz | 39.7 KB | Display | |
| Data in CIF |  6cwt_validation.cif.gz | 54.1 KB | Display | |
| Arichive directory |  https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cw/6cwt  ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cw/6cwt | HTTPS FTP | 
-Related structure data
| Related structure data |  6cvkC  6cwdC  4d3cS S: Starting model for refinement C: citing same article ( | 
|---|---|
| Similar structure data | 
- Links
Links
- Assembly
Assembly
| Deposited unit |  
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 
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| Unit cell | 
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- Components
Components
| #1: Antibody | Mass: 24614.475 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.)   Oryctolagus cuniculus (rabbit) / Production host:   Escherichia coli (E. coli) #2: Antibody | Mass: 23047.418 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.)   Oryctolagus cuniculus (rabbit) / Production host:   Escherichia coli (E. coli) #3: Protein | Mass: 16720.025 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: C48A, C107A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.)  Hepatitis B virus subtype adyw / Production host:   Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P03147 Has protein modification | Y |  | 
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method:  X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 | 
|---|
- Sample preparation
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 3.01 Å3/Da / Density % sol: 59.13 % | 
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 20% (w/v) PEG 3350, 0.2 M Potassium thiocyanate 0.1 M Bis-tris propane, pH 6.5 | 
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K | 
|---|---|
| Diffraction source | Source:  SYNCHROTRON / Site:  APS  / Beamline: 22-ID / Wavelength: 1 Å | 
| Detector | Type: MARMOSAIC 325 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jun 24, 2017 | 
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | 
| Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | 
| Reflection | Resolution: 3.15→40 Å / Num. obs: 26112 / % possible obs: 97.2 % / Redundancy: 2.1 % / CC1/2: 0.94 / Rrim(I) all: 0.18 / Net I/σ(I): 12.9 | 
| Reflection shell | Resolution: 3.15→3.21 Å / Redundancy: 5.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 2196 / CC1/2: 0.67 / Rrim(I) all: 1.45 / % possible all: 82.7 | 
- Processing
Processing
| Software | 
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| Refinement | Method to determine structure:  MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4D3C Resolution: 3.151→39.983 Å / SU ML: 0.59 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 36.15 / Stereochemistry target values: ML 
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.151→39.983 Å 
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| Refine LS restraints | 
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| LS refinement shell | 
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION 
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| Refinement TLS group | 
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 Movie
Movie Controller
Controller









 PDBj
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