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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 6cwt | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Hepatitis B core-antigen in complex with Fab e21 | ||||||
Components |
| ||||||
Keywords | VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Hepatitis B virus / Fab / Core dimer / Nucleocapsid / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationmicrotubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / T=4 icosahedral viral capsid / viral penetration into host nucleus / host cell / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / structural molecule activity / DNA binding / RNA binding / identical protein binding Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | ![]() Hepatitis B virus subtype adyw | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.151 Å | ||||||
Authors | Eren, E. / Steven, A.C. / Wingfield, P.T. | ||||||
| Funding support | United States, 1items
| ||||||
Citation | Journal: Structure / Year: 2018Title: Structures of Hepatitis B Virus Core- and e-Antigen Immune Complexes Suggest Multi-point Inhibition. Authors: Eren, E. / Watts, N.R. / Dearborn, A.D. / Palmer, I.W. / Kaufman, J.D. / Steven, A.C. / Wingfield, P.T. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 6cwt.cif.gz | 432.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb6cwt.ent.gz | 361.9 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 6cwt.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 6cwt_validation.pdf.gz | 471.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 6cwt_full_validation.pdf.gz | 492.1 KB | Display | |
| Data in XML | 6cwt_validation.xml.gz | 39.7 KB | Display | |
| Data in CIF | 6cwt_validation.cif.gz | 54.1 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cw/6cwt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cw/6cwt | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 6cvkC ![]() 6cwdC ![]() 4d3cS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
|---|---|
| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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| Unit cell |
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Components
| #1: Antibody | Mass: 24614.475 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #2: Antibody | Mass: 23047.418 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #3: Protein | Mass: 16720.025 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: C48A, C107A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Hepatitis B virus subtype adyw / Production host: ![]() Has protein modification | Y | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 3.01 Å3/Da / Density % sol: 59.13 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 20% (w/v) PEG 3350, 0.2 M Potassium thiocyanate 0.1 M Bis-tris propane, pH 6.5 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-ID / Wavelength: 1 Å |
| Detector | Type: MARMOSAIC 325 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jun 24, 2017 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 3.15→40 Å / Num. obs: 26112 / % possible obs: 97.2 % / Redundancy: 2.1 % / CC1/2: 0.94 / Rrim(I) all: 0.18 / Net I/σ(I): 12.9 |
| Reflection shell | Resolution: 3.15→3.21 Å / Redundancy: 5.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 2196 / CC1/2: 0.67 / Rrim(I) all: 1.45 / % possible all: 82.7 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 4D3C Resolution: 3.151→39.983 Å / SU ML: 0.59 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 36.15 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.151→39.983 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Hepatitis B virus subtype adyw
X-RAY DIFFRACTION
United States, 1items
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