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万見
- PDB-6cth: Crystal Structure of Pathogenesis-related Protein 1G (PR-1G) Kina... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cth
タイトルCrystal Structure of Pathogenesis-related Protein 1G (PR-1G) Kinase Domain from Cacao
要素Concanavalin A-like lectin protein kinase family protein
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / Transferase-Transferase Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


defense response to oomycetes / transmembrane receptor protein serine/threonine kinase activity / defense response / carbohydrate binding / membrane => GO:0016020 / defense response to bacterium / extracellular region / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Allergen V5/Tpx-1-related, conserved site / CRISP family signature 1. / Cysteine-rich secretory protein-related / SCP / Tpx-1 / Ag5 / PR-1 / Sc7 family of extracellular domains. / CAP domain / Cysteine-rich secretory protein family / CAP superfamily / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 ...Allergen V5/Tpx-1-related, conserved site / CRISP family signature 1. / Cysteine-rich secretory protein-related / SCP / Tpx-1 / Ag5 / PR-1 / Sc7 family of extracellular domains. / CAP domain / Cysteine-rich secretory protein family / CAP superfamily / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Chem-FE7 / Concanavalin A-like lectin protein kinase family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Theobroma cacao (カカオ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Tosarini, T.R. / Profeta, G.S. / dos Reis, C.V. / Counago, R.M. / Massirer, K.B. / Edwards, A.M. / Elkins, J.M. / Structural Genomics Consortium (SGC)
資金援助 ブラジル, 1件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)13/50724-5 ブラジル
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Pathogenesis-related Protein 1G (PR-1G) Kinase Domain from Cacao
著者: Tosarini, T.R. / Profeta, G.S. / dos Reis, C.V. / Counago, R.M. / Massirer, K.B. / Mondego, J.M.C. / Edwards, A.M. / Elkins, J.M.
履歴
登録2018年3月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年4月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Concanavalin A-like lectin protein kinase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2984
ポリマ－34,6981
非ポリマー6003
水2,612145
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area250 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area14060 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)56.798, 56.798, 358.040
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 Concanavalin A-like lectin protein kinase family protein / Pathogenesis-related protein 1G


分子量: 34698.035 Da / 分子数: 1 / 断片: kinase domain (UNP residues 255-560) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Theobroma cacao (カカオ) / 遺伝子: TCM_042446 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): R3 / 参照: UniProt: A0A061FLD4
#2: 化合物 ChemComp-FE7 / N-{(3Z)-2-oxo-3-[phenyl({4-[(piperidin-1-yl)methyl]phenyl}amino)methylidene]-2,3-dihydro-1H-indol-5-yl}ethanesulfonamide / ヘスペラジン


分子量: 516.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H32N4O3S / コメント: 阻害剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 18% PEG8000, 0.2 M magnesium acetate, 0.1 M SSB buffer

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月12日
放射モノクロメーター: Cryo-cooled double crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→30 Å / Num. obs: 39498 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 18.6 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.086 / Net I/σ(I): 17.4
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 18.8 % / Rmerge(I) obs: 1.73 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 2030 / CC1/2: 0.829 / Rpim(I) all: 0.544 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0189精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3UIM

3uim


解像度: 1.7→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 5.977 / SU ML: 0.098 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.108 / ESU R Free: 0.106 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23846 1977 5 %RANDOM
Rwork0.20835 ---
obs0.2098 37364 99.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 41.402 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.52 Å20.26 Å20 Å2
2--0.52 Å20 Å2
3----1.68 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.7→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2255 0 42 145 2442
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0192365
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022209
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6291.9553205
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.01335088
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9545297
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.94323.11893
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.05915390
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.891515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2357
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.022783
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02504
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4062.0721189
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.4032.0711189
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.373.0881486
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.373.0891486
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.6192.2951175
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.6192.2981176
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.6663.3641720
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.89924.9912650
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.85624.572621
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.32 121 -
Rwork0.308 2686 -
obs--99.93 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.46090.3651.01410.07410.19850.5650.0229-0.3197-0.00220.012-0.09870.00810.0579-0.32580.07570.0415-0.07410.02090.52050.02160.1381-13.68655.629314.9476
20.28130.0987-0.28160.0866-0.23711.3419-0.01590.1731-0.03380.0608-0.0422-0.0246-0.0309-0.11570.05810.1575-0.1035-0.00360.41960.00260.12364.26986.755116.7201
30.3139-0.0556-0.32520.53970.15311.09930.05930.1709-0.02090.023-0.1145-0.0233-0.12520.31140.05510.1141-0.0911-0.02440.52630.07960.09921.124613.13178.5168
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A254 - 299
2X-RAY DIFFRACTION2A300 - 417
3X-RAY DIFFRACTION3A418 - 554

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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