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万見
- PDB-6cpo: Crystal structure of DR15 presenting the RQ13 peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cpo
タイトルCrystal structure of DR15 presenting the RQ13 peptide
要素
  • HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
  • HLA-DRB1 protein
  • RQ13
キーワードIMMUNE SYSTEM / IMMUNE RECEPTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


Synthesis And Processing Of GAG, GAGPOL Polyproteins / host cellular component / host cell nuclear membrane / regulation of interleukin-4 production / regulation of interleukin-10 production / myeloid dendritic cell antigen processing and presentation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class II / autolysosome membrane / regulation of T-helper cell differentiation / positive regulation of CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation ...Synthesis And Processing Of GAG, GAGPOL Polyproteins / host cellular component / host cell nuclear membrane / regulation of interleukin-4 production / regulation of interleukin-10 production / myeloid dendritic cell antigen processing and presentation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class II / autolysosome membrane / regulation of T-helper cell differentiation / positive regulation of CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / MHC class II receptor activity / positive regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell activation / antigen processing and presentation of peptide or polysaccharide antigen via MHC class II / positive regulation of memory T cell differentiation / CD4 receptor binding / positive regulation of monocyte differentiation / positive regulation of kinase activity / inflammatory response to antigenic stimulus / integrase activity / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / intermediate filament / T-helper 1 type immune response / polysaccharide binding / Minus-strand DNA synthesis / Plus-strand DNA synthesis / transport vesicle membrane / 2-LTR circle formation / Uncoating of the HIV Virion / viral budding via host ESCRT complex / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Early Phase of HIV Life Cycle / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / Vpr-mediated nuclear import of PICs / Integration of provirus / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection / humoral immune response / macrophage differentiation / negative regulation of type II interferon production / Generation of second messenger molecules / immunological synapse / PD-1 signaling / epidermis development / Binding and entry of HIV virion / T cell receptor binding / negative regulation of T cell proliferation / detection of bacterium / membrane => GO:0016020 / viral life cycle / Membrane binding and targetting of GAG proteins / MHC class II antigen presentation / trans-Golgi network membrane / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / protein tetramerization / HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / Assembly Of The HIV Virion / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / ER to Golgi transport vesicle membrane / exoribonuclease H activity / Budding and maturation of HIV virion / host multivesicular body / structural constituent of cytoskeleton / protein processing / cognition / viral genome integration into host DNA / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / MHC class II protein complex / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral penetration into host nucleus / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / RNA stem-loop binding / peptide antigen binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / RNA-directed DNA polymerase activity / positive regulation of immune response / Interferon gamma signaling / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / endocytic vesicle membrane / positive regulation of T cell activation / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / host cell / Downstream TCR signaling / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / peptidase activity / T cell receptor signaling pathway / early endosome membrane / viral nucleocapsid / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / DNA recombination / adaptive immune response / positive regulation of MAPK cascade
類似検索 - 分子機能
Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / Gag protein p6 ...Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / Gag protein p6 / Gag protein p6 / : / gag protein p24 N-terminal domain / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Retropepsin-like catalytic domain / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, C-terminal / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / : / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Ribonuclease H superfamily / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Roll / Immunoglobulin-like fold / DNA/RNA polymerase superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIETHYLENE GLYCOL / PHOSPHATE ION / HLA class II histocompatibility antigen DR beta chain / HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain / HLA class II histocompatibility antigen, DRB1 beta chain / Gag-Pol polyprotein / Gag polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
HIV-1 M:B_HXB2R (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Farenc, C. / Gras, S. / Rossjohn, J.
引用ジャーナル: Sci Immunol / 年: 2018
タイトル: CD4+T cell-mediated HLA class II cross-restriction in HIV controllers.
著者: Galperin, M. / Farenc, C. / Mukhopadhyay, M. / Jayasinghe, D. / Decroos, A. / Benati, D. / Tan, L.L. / Ciacchi, L. / Reid, H.H. / Rossjohn, J. / Chakrabarti, L.A. / Gras, S.
履歴
登録2018年3月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年6月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年6月27日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / struct
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct.title
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
B: HLA-DRB1 protein
C: RQ13
D: HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
E: HLA-DRB1 protein
F: RQ13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,94613
ポリマ－89,7216
非ポリマー1,2257
水5,008278
1
A: HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
B: HLA-DRB1 protein
C: RQ13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,5487
ポリマ－44,8603
非ポリマー6884
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8310 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area18520 Å2
手法PISA
2
D: HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
E: HLA-DRB1 protein
F: RQ13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,3986
ポリマ－44,8603
非ポリマー5373
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8100 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area18700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.740, 73.500, 94.940
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.95, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ADBE

#1: タンパク質 HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain / MHC class II antigen DRA


分子量: 21185.930 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-DRA, HLA-DRA1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01903
#2: タンパク質 HLA-DRB1 protein / MHC class II antigen


分子量: 22073.605 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-DRB1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: D7RIH9, UniProt: P01911*PLUS

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タンパク質・ペプチド / 糖 , 2種, 6分子 CF

#3: タンパク質・ペプチド RQ13 / Pr55Gag


分子量: 1600.797 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) HIV-1 M:B_HXB2R (ヒト免疫不全ウイルス)
参照: UniProt: P04591, UniProt: P04585*PLUS
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 281分子

#5: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#6: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 278 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.46 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PBS pH 7.5, Na acetate, PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→48.2 Å / Num. obs: 34562 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9 % / Biso Wilson estimate: 40.08 Å2 / Rpim(I) all: 0.076 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / Num. unique obs: 3604 / Rpim(I) all: 0.408

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4MDO

4mdo


解像度: 2.4→47.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.92 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.887 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.442 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.438 / SU Rfree Blow DPI: 0.254 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.258
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.246 1707 4.94 %RANDOM
Rwork0.203 ---
obs0.205 34562 100 %-
原子変位パラメータBiso mean: 33.31 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.7407 Å20 Å21.101 Å2
2---3.4899 Å20 Å2
3----1.2508 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.32 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.4→47.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6277 0 80 278 6635
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0076540HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.998905HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2238SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes183HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes940HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6540HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.84
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.9
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion823SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact7191SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.47 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 17
Rfactor反射数%反射
Rfree0.285 166 5.56 %
Rwork0.235 2818 -
all0.238 2984 -
obs--99.93 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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