PDB-6coj: Crystal structure of Rhodococcus jostii RHA1 IpdAB E105A COCHEA-C...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6coj

タイトル

Crystal structure of Rhodococcus jostii RHA1 IpdAB E105A COCHEA-COA complex

要素

Probable CoA-transferase alpha subunit
Probable CoA-transferase beta subunit

キーワード

HYDROLASE / Cholesterol / Ring cleaving / virulence factor

機能・相同性

機能・相同性情報

Lyases; Carbon-carbon lyases; Other carbon-carbon lyases / CoA-transferase activity / cholesterol catabolic process / lyase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Rhodococcus jostii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Crowe, A.M. / Workman, S.D. / Watanabe, N. / Worrall, L.J. / Strynadka, N.C.J. / Eltis, L.D.

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: IpdAB, a virulence factor inMycobacterium tuberculosis, is a cholesterol ring-cleaving hydrolase.
著者: Crowe, A.M. / Workman, S.D. / Watanabe, N. / Worrall, L.J. / Strynadka, N.C.J. / Eltis, L.D.

履歴

登録	2018年3月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年3月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年4月11日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2018年4月25日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2018年6月13日	Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.4	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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関連構造データ

関連構造データ	6co6SC 6co9C 6conC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6con-2 1h2u-2 6co9-1 6co6-1 4bdo-d 6due-d 4bdm-d 5xt6-d 4pjn-d 3iyb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Probable CoA-transferase alpha subunit

B: Probable CoA-transferase beta subunit

ヘテロ分子

62.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Probable CoA-transferase alpha subunit

B: Probable CoA-transferase beta subunit

ヘテロ分子

A: Probable CoA-transferase alpha subunit

B: Probable CoA-transferase beta subunit

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
125 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.172, 69.172, 241.873
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-740- HOH

#1: タンパク質	Probable CoA-transferase alpha subunit 分子量: 33735.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rhodococcus jostii (strain RHA1) (バクテリア) 株: RHA1 / 遺伝子: RHA1_ro04651 / 発現宿主: Rhodococcus jostii RHA1 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q0S7P9
#2: タンパク質	Probable CoA-transferase beta subunit 分子量: 27538.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhodococcus jostii (バクテリア) / 株: RHA1 / 遺伝子: RHA1_ro04650 / 発現宿主: Rhodococcus jostii RHA1 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q0S7Q0
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-F8G / S-{(3R,5R,9R)-1-[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-4-hydroxy-3-(phosphonooxy)tetrahydrofuran-2-yl]-3,5,9-trihydroxy-8,8-dimethyl-3,5-dioxido-10,14-dioxo-2,4,6-trioxa-11,15-diaza-3lambda~5~,5lambda~5~-diphosphaheptadecan-17-yl} (5R,10R)-7-hydroxy-10-methyl-2-oxo-1-oxaspiro[4.5]dec-6-ene-6-carbothioate (non-preferred name) 分子量: 975.745 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₂H₄₈N₇O₂₀P₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 708 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.72 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 1.9 M ammonium sulfate, 0.2 M sodium potassium tartrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 0.97874 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2016年12月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97874 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→48.912 Å / Num. obs: 116084 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.1 % / B_iso Wilson estimate: 16.09 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.0541 / Net I/σ(I): 20.62
反射シェル	解像度: 1.4→1.45 Å / R_merge(I) obs: 1.336 / Num. unique obs: 11331 / CC_1/2: 0.624

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
Aimless		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6CO6

6co6

解像度: 1.4→48.912 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.75 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1735	5804	5 %
R_work	0.1525	110245	-
obs	0.1535	116049	99.57 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 203.96 Å² / B_iso mean: 24.6529 Å² / B_iso min: 10.96 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.4→48.912 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4152	0	78	716	4946
B_iso mean	-	-	65.8	39.74	-
残基数	-	-	-	-	543

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.4-1.4159	0.294	188	0.2904	3573	3761	98
1.4159-1.4326	0.2895	189	0.2793	3582	3771	99
1.4326-1.45	0.2542	190	0.2614	3605	3795	99
1.45-1.4684	0.2573	189	0.2506	3592	3781	99
1.4684-1.4877	0.2728	189	0.2414	3602	3791	99
1.4877-1.5081	0.2525	191	0.2267	3618	3809	99
1.5081-1.5297	0.2426	190	0.2213	3610	3800	99
1.5297-1.5525	0.2414	190	0.1979	3613	3803	99
1.5525-1.5767	0.2229	192	0.1916	3636	3828	99
1.5767-1.6026	0.2148	189	0.1875	3606	3795	99
1.6026-1.6302	0.2316	192	0.1718	3635	3827	100
1.6302-1.6599	0.1925	190	0.1682	3613	3803	99
1.6599-1.6918	0.1864	192	0.1605	3640	3832	100
1.6918-1.7263	0.1897	191	0.1627	3632	3823	100
1.7263-1.7639	0.1827	192	0.1549	3648	3840	100
1.7639-1.8049	0.1654	192	0.1523	3646	3838	100
1.8049-1.8501	0.1922	193	0.1539	3667	3860	100
1.8501-1.9001	0.1896	192	0.1562	3658	3850	100
1.9001-1.956	0.2157	194	0.1656	3670	3864	100
1.956-2.0191	0.1527	193	0.145	3669	3862	100
2.0191-2.0913	0.1673	195	0.1394	3705	3900	100
2.0913-2.175	0.1557	195	0.143	3695	3890	100
2.175-2.274	0.1617	192	0.1524	3669	3861	100
2.274-2.3939	0.1645	196	0.1453	3721	3917	100
2.3939-2.5439	0.1794	196	0.1469	3722	3918	100
2.5439-2.7403	0.1668	197	0.144	3736	3933	100
2.7403-3.016	0.1899	197	0.1479	3757	3954	100
3.016-3.4523	0.1501	200	0.1388	3798	3998	100
3.4523-4.3492	0.1301	203	0.1158	3846	4049	100
4.3492-48.9418	0.1557	215	0.1445	4081	4296	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6642	0.5997	0.6037	0.5891	0.6574	2.3083	-0	0.2974	-0.2414	-0.0495	0.0259	-0.1187	0.0509	0.3006	-0.0414	0.1775	-0.0487	0.0249	0.2204	-0.0079	0.149	3.9898	-18.0623	-21.4491
2	1.4952	0.114	-0.0915	0.7377	0.0122	1.3794	-0.0295	0.2795	-0.0505	-0.164	0.0135	0.0139	-0.0702	-0.1039	0.005	0.1792	-0.0514	-0.0041	0.213	-0.0087	0.0886	-13.9376	-8.6497	-25.5276
3	3.4196	-2.2114	0.6978	2.1795	-1.1214	0.7261	-0.0077	-0.0434	-0.097	-0.0237	0.0387	0.0669	0.0686	-0.0892	-0.012	0.1513	-0.0754	-0.0007	0.1611	-0.0039	0.0983	-19.5373	-15.9218	-6.8383
4	2.3924	0.6216	-1.8182	1.242	-2.1456	9.0661	0.0208	-0.0692	-0.0554	-0.0399	0.0682	0.0725	0.245	-0.4321	-0.081	0.1667	-0.1135	-0.026	0.2103	-0.0005	0.1489	-29.6323	-19.4886	-4.0646
5	1.0618	-0.0042	-0.022	0.5445	0.0777	0.8284	-0.0246	0.0134	0.0132	-0.0329	0.009	-0.054	-0.0229	0.0722	0.0153	0.1485	-0.0631	0.0039	0.1574	0.0027	0.0854	-5.1853	-10.7133	-11.4319
6	6.2673	1.2675	1.2448	0.8006	0.1086	4.1622	0.0434	0.1392	0.0345	-0.0795	-0.1142	-0.2172	-0.3745	0.6035	0.043	0.1438	-0.1142	0.0403	0.2175	0.0233	0.0957	7.8705	-8.4987	-12.5159
7	1.1121	-0.8437	0.2187	1.2327	-0.3561	2.0175	-0.0309	-0.0477	-0.0279	0.1694	0.0105	-0.0529	-0.1621	0.0707	0.0344	0.1672	-0.0726	0.0108	0.2251	0.0136	0.1309	3.6142	-10.0781	-6.132
8	2.3944	-2.005	0.602	3.3889	-1.0809	1.3148	0.0116	0.1515	0.2241	-0.156	-0.0564	-0.2429	-0.2269	0.1978	0.0661	0.2197	-0.1037	0.0092	0.2133	0.0173	0.125	0.1858	0.5935	-21.3205
9	2.1084	0.8977	2.1228	1.7609	1.0555	4.0161	-0.2624	0.3946	-0.0865	-0.9159	0.2115	0.0181	-0.543	0.13	0.0541	0.4551	-0.1552	0.0192	0.3575	0.0105	0.1438	-9.0546	1.3155	-37.2091
10	7.9968	-5.8994	-1.1397	2.0097	-0.752	2.6014	-0.0538	0.5096	0.4451	-0.1489	-0.2652	-0.5591	-0.1401	0.1823	0.3436	0.3234	-0.1515	-0.0228	0.3332	0.0392	0.1816	1.8021	5.6613	-34.0055
11	3.8856	-0.6367	1.9021	3.4886	-3.5236	5.7464	-0.038	-0.0707	0.1051	0.2301	0.127	0.2825	-0.2179	-0.3523	-0.083	0.1427	0.0114	0.0278	0.1923	-0.013	0.1692	-33.5833	20.1909	-8.761
12	0.4896	0.067	0.2767	0.8338	0.0586	0.9762	0.0276	0.0666	0.0233	0.0466	0.0061	0.0415	0.0198	-0.0919	-0.0271	0.1248	-0.0449	0.0102	0.1605	0.0089	0.1139	-23.8959	4.5578	-8.2135
13	2.7547	-0.9213	0.5897	4.6755	0.8598	0.3796	0.0849	0.1647	-0.1199	-0.2819	-0.1248	0.4473	0.1824	-0.2632	0.0274	0.119	-0.0875	-0.0139	0.3142	-0.0079	0.1462	-38.3009	-0.4395	-17.6934
14	0.6425	-0.2663	0.0683	2.3383	-0.653	0.4603	0.026	-0.0703	-0.0748	0.1199	0.0005	0.2789	0.149	-0.251	-0.0192	0.176	-0.1001	0.0255	0.3067	-0.0009	0.1706	-39.1848	-0.3896	-5.2598
15	1.7107	0.7635	0.4147	3.9737	0.3659	2.0212	-0.0138	0.1481	0.2956	-0.1221	-0.0496	0.6956	-0.1264	-0.7198	0.043	0.0944	-0.0262	-0.0078	0.4418	0.0159	0.2951	-47.1991	12.3595	-14.5026
16	6.5136	3.9445	-0.6433	3.8404	-0.4273	1.9462	-0.0895	-0.2403	0.5453	0.2424	-0.0252	0.4355	-0.2729	-0.3701	0.0963	0.1635	0.0558	0.0106	0.1736	-0.0329	0.1866	-32.6413	25.653	-4.9809
17	2.7541	2.289	3.5791	7.9587	2.9787	2.0264	-0.1309	0.3557	0.0382	-0.4375	0.2573	0.1213	-0.3775	-0.0732	-0.1794	0.1476	-0.0195	0.0289	0.1997	0.0314	0.1146	-25.4112	21.3448	-16.5383

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 26 )	A	2 - 26
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 27 through 104 )	A	27 - 104
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 105 through 131 )	A	105 - 131
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 132 through 155 )	A	132 - 155
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 156 through 196 )	A	156 - 196
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 197 through 217 )	A	197 - 217
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 218 through 231 )	A	218 - 231
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 232 through 252 )	A	232 - 252
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 253 through 280 )	A	253 - 280
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 281 through 296 )	A	281 - 296
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 6 through 22 )	B	6 - 22
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 23 through 141 )	B	23 - 141
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 142 through 163 )	B	142 - 163
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 164 through 195 )	B	164 - 195
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 196 through 222 )	B	196 - 222
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 223 through 239 )	B	223 - 239
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 240 through 253 )	B	240 - 253

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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