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- PDB-6cmw: Crystal structure of zebrafish Phosphatidylinositol-4-phosphate 5... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cmw
タイトルCrystal structure of zebrafish Phosphatidylinositol-4-phosphate 5- kinase alpha isoform with bound ATP/Ca2+
要素Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase, type I, alpha
キーワードTRANSFERASE / ATP / PIP5ka
機能・相同性
機能・相同性情報


Synthesis of PIPs at the plasma membrane / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / 1-phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase / lipid kinase activity / 1-phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase activity / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Phosphatidylinositol Phosphate Kinase Iibeta; Chain: A, domain 2 / 2-Layer Sandwich / Phosphatidylinositol Phosphate Kinase II Beta / Phosphatidylinositol Phosphate Kinase II Beta / Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase / Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase, core / : / Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase, N-terminal / Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-Kinase / Phosphatidylinositol phosphate kinase (PIPK) domain profile. ...Phosphatidylinositol Phosphate Kinase Iibeta; Chain: A, domain 2 / 2-Layer Sandwich / Phosphatidylinositol Phosphate Kinase II Beta / Phosphatidylinositol Phosphate Kinase II Beta / Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase / Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase, core / : / Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase, N-terminal / Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-Kinase / Phosphatidylinositol phosphate kinase (PIPK) domain profile. / Phosphatidylinositol phosphate kinases / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase, type I, alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Zeng, X. / Sui, D. / Hu, J.
引用ジャーナル: Biochem. J. / 年: 2018
タイトル: Structural insights into lethal contractural syndrome type 3 (LCCS3) caused by a missense mutation of PIP5K gamma.
著者: Zeng, X. / Uyar, A. / Sui, D. / Donyapour, N. / Wu, D. / Dickson, A. / Hu, J.
履歴
登録2018年3月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年3月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2018年3月21日ID: 5C3V
改定 1.12018年3月21日Group: Advisory / Structure summary / カテゴリ: audit_author / pdbx_database_PDB_obs_spr / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年4月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase, type I, alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,4574
ポリマ－44,8691
非ポリマー5873
水00
1
A: Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase, type I, alpha
ヘテロ分子

A: Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase, type I, alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,9138
ポリマ－89,7392
非ポリマー1,1756
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_554-y,-x,-z-1/21
Buried area4160 Å2
ΔGint-75 kcal/mol
Surface area27910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.590, 88.590, 157.484
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase, type I, alpha / Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase / type I / alpha / a


分子量: 44869.309 Da / 分子数: 1 / 変異: C-terminal fusion to HHHHHH / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: pip5k1aa, pip5k1a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q503I3
#2: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.28 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 10 mg/ml protein with 2 mM ATP and 10 mM MgCl2, mixed with 14% PEG8000, 100 mM sodium cacodylate, pH 6.5, 160 mM calcium acetate and 20% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.078 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.078 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.15→40 Å / Num. obs: 11470 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 28.2 % / Biso Wilson estimate: 91.03 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.105 / Χ2: 0.963 / Net I/σ(I): 8.2 / Num. measured all: 323007
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
3.15-3.26290.89310980.9440.1680.9090.818100
3.26-3.3928.90.57411130.9780.1080.5850.854100
3.39-3.5528.90.39611350.990.0750.4030.945100
3.55-3.7328.80.24711080.9950.0470.2521.08100
3.73-3.9728.80.16911270.9970.0320.1720.942100
3.97-4.2728.80.12411340.9980.0240.1270.915100
4.27-4.728.40.10111430.9980.0190.1021.00899.9
4.7-5.3828.20.07811570.9990.0150.0791.048100
5.38-6.7827.60.07111760.9990.0140.0731.049100
6.78-4024.70.046127910.0090.0470.96899.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.8.4_1496精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
DENZOデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4TZ7

4tz7


解像度: 3.15→35.978 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.04
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2602 1152 10.09 %
Rwork0.208 --
obs0.2133 11412 99.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 178.18 Å2 / Biso mean: 81.17 Å2 / Biso min: 35.44 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.15→35.978 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2361 0 33 0 2394
Biso mean--67.81 --
残基数----307
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012452
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3693329
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053364
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006427
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.613875
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
3.1483-3.29150.35651250.305612661391
3.2915-3.46490.31941630.271112161379
3.4649-3.68180.34131400.232512631403
3.6818-3.96580.28361220.233812751397
3.9658-4.36430.26021650.194612441409
4.3643-4.99430.20321580.169912691427
4.9943-6.28690.28291330.204813331466
6.2869-35.98040.22931460.193513941540

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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