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- PDB-3bdn: Crystal Structure of the Lambda Repressor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bdn
タイトルCrystal Structure of the Lambda Repressor
要素
  • DNA (5'-D(*DAP*DAP*DTP*DAP*DCP*DCP*DAP*DCP*DTP*DGP*DGP*DCP*DGP*DGP*DTP*DGP*DAP*DTP*DAP*DT)-3')
  • DNA (5'-D(*DTP*DAP*DTP*DAP*DTP*DCP*DAP*DCP*DCP*DGP*DCP*DCP*DAP*DGP*DTP*DGP*DGP*DTP*DAP*DT)-3')
  • Lambda Repressor
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / lambda / repressor / allostery / cooperativity / DNA binding / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


maintenance of viral latency / latency-replication decision / positive regulation of viral transcription / negative regulation of transcription by competitive promoter binding / core promoter sequence-specific DNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Umud Fragment, subunit A / Umud Fragment, subunit A / : / LexA-like / Peptidase S24/S26A/S26B/S26C / Peptidase S24-like / LexA/Signal peptidase-like superfamily / Helix-turn-helix / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / lambda repressor-like DNA-binding domains ...Umud Fragment, subunit A / Umud Fragment, subunit A / : / LexA-like / Peptidase S24/S26A/S26B/S26C / Peptidase S24-like / LexA/Signal peptidase-like superfamily / Helix-turn-helix / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / lambda repressor-like DNA-binding domains / Cro/C1-type HTH domain profile. / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Ribbon / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Repressor protein cI
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage lambda (λファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.909 Å
データ登録者Stayrook, S.E. / Jaru-Ampornpan, P. / Hochschild, A. / Lewis, M.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2008
タイトル: Crystal structure of the lambda repressor and a model for pairwise cooperative operator binding
著者: Stayrook, S.E. / Jaru-Ampornpan, P. / Ni, J. / Hochschild, A. / Lewis, M.
履歴
登録2007年11月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: DNA (5'-D(*DAP*DAP*DTP*DAP*DCP*DCP*DAP*DCP*DTP*DGP*DGP*DCP*DGP*DGP*DTP*DGP*DAP*DTP*DAP*DT)-3')
D: DNA (5'-D(*DTP*DAP*DTP*DAP*DTP*DCP*DAP*DCP*DCP*DGP*DCP*DCP*DAP*DGP*DTP*DGP*DGP*DTP*DAP*DT)-3')
A: Lambda Repressor
B: Lambda Repressor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,3644
ポリマ－64,3644
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8950 Å2
ΔGint-54.5 kcal/mol
Surface area30350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.431, 161.099, 135.256
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number21
Space group name H-MC222

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*DAP*DAP*DTP*DAP*DCP*DCP*DAP*DCP*DTP*DGP*DGP*DCP*DGP*DGP*DTP*DGP*DAP*DTP*DAP*DT)-3')


分子量: 6158.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*DTP*DAP*DTP*DAP*DTP*DCP*DAP*DCP*DCP*DGP*DCP*DCP*DAP*DGP*DTP*DGP*DGP*DTP*DAP*DT)-3')


分子量: 6108.967 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 Lambda Repressor / Repressor protein CI


分子量: 26048.596 Da / 分子数: 2 / Mutation: D197G / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage lambda (λファージ)
属: Lambda-like viruses / 株: BL21 DE3 / 遺伝子: CI / プラスミド: pET17B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: P03034

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 4

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.95 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 14% PEG 4000, 0.1 M Sodium Acetate pH 4.6, 0.2 M Ammonium Sulfate, 0.05 M Magnesium Chloride, 20% Glycerol, 1 mM Spermine, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 400011
2Sodium Acetate11
3(NH4)2SO411
4MgCl211
5Glycerol11
6spermine11
7PEG 400012
8Sodium Acetate12
9(NH4)2SO412
10MgCl212
11Glycerol12
12spermine12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2002年11月15日
放射モノクロメーター: Undulator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.909→34.61 Å / Num. all: 7810 / Num. obs: 7238 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 10 % / Biso Wilson estimate: 111 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 21.2
反射 シェル解像度: 3.909→4.14 Å / 冗長度: 9.2 % / Rmerge(I) obs: 0.176 / Mean I/σ(I) obs: 8 / Num. unique all: 629 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
MLPHARE位相決定
REFMAC5.2精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化開始モデル: 1LMB, 1F39

1lmb

1f39


解像度: 3.909→34.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.905 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.826 / Rfactor Rfree error: 0.015 / SU B: 95.243 / SU ML: 1.32 / Data cutoff high absF: 5779853.38 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 1.163 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.37413 350 4.8 %RANDOM
Rwork0.29211 ---
all0.29597 7238 --
obs0.29597 7238 98.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 115.341 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 170.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.14 Å20 Å20 Å2
2--0.89 Å20 Å2
3----0.75 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.82 Å0.67 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.81 Å0.8 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.909→34.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3626 779 0 0 4405
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0245760.022
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.77363422.194
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.1834645
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.50315825.063
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1146910.2
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.00531990.02
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.30429470.2
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2592170.2
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.306450.2
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.29520.2
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.70123871.5
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.13537482
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.16626763
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.52325944.5
LS精密化 シェル解像度: 3.909→4.01 Å / Rfactor Rfree error: 0.046 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.464 23 4.2 %
Rwork0.424 502 -
obs--96.15 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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