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万見
- PDB-1lmb: REFINED 1.8 ANGSTROM CRYSTAL STRUCTURE OF THE LAMBDA REPRESSOR-OP... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1lmb
タイトルREFINED 1.8 ANGSTROM CRYSTAL STRUCTURE OF THE LAMBDA REPRESSOR-OPERATOR COMPLEX
要素
  • DNA (5'-D(*AP*AP*TP*AP*CP*CP*AP*CP*TP*GP*GP*CP*GP*GP*TP*GP*A P*TP*AP*T)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*AP*TP*AP*TP*CP*AP*CP*CP*GP*CP*CP*AP*GP*TP*GP*G P*TP*AP*T)-3')
  • PROTEIN (LAMBDA REPRESSOR)
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX / DOUBLE HELIX / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


maintenance of viral latency / latency-replication decision / positive regulation of viral transcription / negative regulation of transcription by competitive promoter binding / core promoter sequence-specific DNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
: / LexA-like / Peptidase S24/S26A/S26B/S26C / Peptidase S24-like / LexA/Signal peptidase-like superfamily / Helix-turn-helix / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / lambda repressor-like DNA-binding domains / Cro/C1-type HTH domain profile. / Cro/C1-type helix-turn-helix domain ...: / LexA-like / Peptidase S24/S26A/S26B/S26C / Peptidase S24-like / LexA/Signal peptidase-like superfamily / Helix-turn-helix / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / lambda repressor-like DNA-binding domains / Cro/C1-type HTH domain profile. / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Repressor protein cI
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage lambda (λファージ)
手法X線回折 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Beamer, L.J. / Pabo, C.O.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1992
タイトル: Refined 1.8 A crystal structure of the lambda repressor-operator complex.
著者: Beamer, L.J. / Pabo, C.O.
#1: ジャーナル: Science / 年: 1991
タイトル: The DNA Binding Arm of a Lambda Repressor: Critical Contacts from a Flexible Region
著者: Clarke, N.D. / Beamer, L.J. / Goldberg, H.R. / Berkower, C. / Pabo, C.O.
#2: ジャーナル: Science / 年: 1990
タイトル: Conserved Residues Make Similar Contacts in Two Repressor-Operator Complexes
著者: Pabo, C.O. / Aggarwal, A.K. / Jordan, S.R. / Beamer, L.J. / Obeysekare, U.R. / Harrison, S.C.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1983
タイトル: Comparison of the Structures of Cro and Lambda Repressor Proteins from Bacteriophage Lambda
著者: Ohlendorf, D.H. / Anderson, W.F. / Lewis, M. / Pabo, C.O. / Matthews, B.W.
#4: ジャーナル: Cold Spring Harbor Symp.Quant.Biol. / 年: 1983
タイトル: Structure of the Operator-Binding Domain of Bacteriophage Lambda Repressor. Implications for DNA Recognition and Gene Regulation
著者: Lewis, M. / Jeffrey, A. / Wang, J. / Ladner, R. / Ptashne, M. / Pabo, C.O.
#5: ジャーナル: Nature / 年: 1982
タイトル: Homology Among DNA-Binding Proteins Suggests Use of a Conserved Super-Secondary Structure
著者: Sauer, R.T. / Yocum, R.R. / Doolittle, R.F. / Lewis, M. / Pabo, C.O.
#6: ジャーナル: Nature / 年: 1982
タイトル: The Operator-Binding Domain of Lambda Repressor. Structure and DNA Recognition
著者: Pabo, C.O. / Lewis, M.
#7: ジャーナル: Nature / 年: 1982
タイトル: The N-Terminal Arms of Lambda Repressor Wrap Around the Operator DNA
著者: Pabo, C.O. / Krovatin, W. / Jeffrey, A. / Sauer, R.T.
履歴
登録1991年11月5日登録サイト: BNL / 処理サイト: BNL
改定 1.01991年11月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え1993年10月15日ID: 1LRD
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: DNA (5'-D(*AP*AP*TP*AP*CP*CP*AP*CP*TP*GP*GP*CP*GP*GP*TP*GP*A P*TP*AP*T)-3')
2: DNA (5'-D(*TP*AP*TP*AP*TP*CP*AP*CP*CP*GP*CP*CP*AP*GP*TP*GP*G P*TP*AP*T)-3')
3: PROTEIN (LAMBDA REPRESSOR)
4: PROTEIN (LAMBDA REPRESSOR)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,5404
ポリマ－32,5404
非ポリマー00
水2,522140
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)37.220, 68.720, 57.030
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.20, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*AP*TP*AP*CP*CP*AP*CP*TP*GP*GP*CP*GP*GP*TP*GP*A P*TP*AP*T)-3')


分子量: 6158.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*AP*TP*AP*TP*CP*AP*CP*CP*GP*CP*CP*AP*GP*TP*GP*G P*TP*AP*T)-3')


分子量: 6108.967 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 PROTEIN (LAMBDA REPRESSOR)


分子量: 10136.613 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Enterobacteria phage lambda (λファージ)
属: Lambda-like viruses / 参照: UniProt: P03034
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 140 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.29 %
結晶化手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 / 詳細: pH 7.00, VAPOR DIFFUSION
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1WATER11
2PEG 40011
3BIS-TRIS-PROPANE_HCL11
4WATER12
5PEG 40012
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: taken from Jordan, S.R. et al.(1985). Science, 230, 1383-1385.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
120 %(v/v)PEG4001drop
220 %(v/v)PEG4001reservoir
31
41
51

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データ収集

回折平均測定温度: 258 K
検出器タイプ: UCSD MARK II / 検出器: AREA DETECTOR
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射最高解像度: 1.8 Å / Num. obs: 28193 / Observed criterion σ(F): 2
反射
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 8 Å / Num. measured all: 101275 / Rmerge(I) obs: 0.052

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLOR精密化
TNT精密化
精密化解像度: 1.8→8 Å / σ(F): 2 /
Rfactor反射数
Rwork0.189 -
obs0.189 25252
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1380 814 0 140 2334
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 8 Å / Num. reflection obs: 25252 / Rfactor obs: 0.189
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 25.2 Å2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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